新技術助力多種腫瘤內細胞豐度的精準預測
11月8日，中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所副研究員李雪飛團隊與香港浸會大學副教授田亮團隊展開合作的最新成果發表于《美國科學院院刊》。合作團隊開發了一種基于深度學習與公開單細胞數據集的解卷積算法，能夠較精確地估算19種實體腫瘤中16種細胞類型的豐度。腫瘤微環境是一個由多種類型細胞組成的復雜生態系統。實體腫瘤內，除了癌細胞之外，還存在數量可觀的血管內皮細胞、成纖維細胞、以及多種免疫細胞。大量研究表明，這些不同類型細胞的比例，在多種癌癥類型中與患者的病情進展密切相關。因此，精準量化腫瘤微環境中各類細胞的比例，對于深入理解腫瘤的發生與發展規律、優化癌癥診療策略等具有重要意義。在現有的技術中，流式細胞術和單細胞RNA測序等實驗方法能夠直接測定腫瘤微環境中的細胞比例，但這些方法通常成本較高。該研究整合了來源于6種實體腫瘤類型的12個單細胞RNA測序數據集，為后續合成虛擬腫瘤批量RNA測序數據（訓練集）提供了更為全面的參考數據。......閱讀全文
單個循環腫瘤細胞RNA測序結果
由麻省總醫院，哈佛大學主持的一項最新研究發現了前列腺癌細胞對一種常見的癌癥治療方法產生抗性的原因，研究人員完成了前列腺癌單個循環腫瘤細胞的RNA測序，其中找到了非經典Wnt信號所起的關鍵作用。 這一研究成果公布在9月18日的Science雜志上。 Androgendeprivationthe
Science公布單個循環腫瘤細胞RNA測序結果
由麻省總醫院，哈佛大學主持的一項最新研究發現了前列腺癌細胞對一種常見的癌癥治療方法產生抗性的原因，研究人員完成了前列腺癌單個循環腫瘤細胞的RNA測序，其中找到了非經典Wnt信號所起的關鍵作用。 這一研究成果公布在9月18日的Science雜志上。 Androgendeprivationthe
單細胞RNA測序發現新的免疫細胞
最近在《Nature Immunology》發表的一項新研究，詳細檢測了一組新發現的免疫細胞（被稱為ILC）。通過對單個扁桃體細胞的基因表達進行分析，瑞典卡羅林斯卡學院的科學家們，發現了三個以前未知的ILC子群，并揭示了關于“這些細胞在人體中如何發揮功能”的更多信息。 先天淋巴細胞（ILC）是
干細胞先驅發表單細胞RNA測序新成果
人多能干細胞是研究人類胚胎發育的理想模型，可以揭示譜系分化背后的細胞和分子機制。不過，人們還不清楚單個干細胞如何退出多能狀態并轉化為相應的前體細胞。 Morgridge研究院的科學家們使用單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術，對來自人胚胎干細胞的譜系特異性前體細胞進行了轉錄組分析，揭示了
計算小RNA分子的單細胞測序新法
最近，卡羅林斯卡學院的研究人員開發出了一種單細胞程序，測量了單個胚胎干細胞中短的非編碼RNA序列的絕對數量。這種新方法可以加深我們對于“基因是如何被調節、不同的細胞類型如何發展”的理解。相關研究結果發表在10月31日的《Nature Biotechnology》。當我們基因中的信息被使用時――例如構
單細胞RNA測序，眾多研究都pick它
多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。 多細胞測序和單細胞測序，你pick誰？如今，大多數研究人員也許會選擇后者，因為不一樣的角度，會帶來不一樣的見解。單細胞測序的最初動力來自癌癥研究，可幫助人們了解腫瘤異質性和腫瘤微環
雙RNA測序技術
在發表于《自然》（Nature）雜志上的一篇研究論文中， 由來自德國、奧地利和美國的研究人員組成的一個研究小組發現，采用一種允許在感染過程中同時研究細菌與宿主小RNA的新技術，可以揭示出兩者轉錄譜的改變。該研究小組描繪了他們的技術、該技術如何更多地幫助了解細菌感染機制，以及在研究中獲得的重要發現
Nature重磅！利用單細胞RNA測序構建人類肝臟細胞圖譜
肝臟是人體最大、功能最多的器官之一，在人體的新陳代謝及免疫過程中發揮著關鍵作用。更值得關注的是，肝臟還是人體唯一一種僅需原體積的25%，就能夠完全再生的內臟器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在內的各類肝病是當今世界最大的健康問題之一，也是導致死亡的主要原因。 盡管肝臟對人類健康極為重要，但健康
Nature重磅！利用單細胞RNA測序構建人類肝臟細胞圖譜
肝臟是人體最大、功能最多的器官之一，在人體的新陳代謝及免疫過程中發揮著關鍵作用。更值得關注的是，肝臟還是人體唯一一種僅需原體積的25%，就能夠完全再生的內臟器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在內的各類肝病是當今世界最大的健康問題之一，也是導致死亡的主要原因。 盡管肝臟對人類健康極為重要，但健康
單細胞測序，解密小RNA分子的未知功能
隨著科研人員對各種遺傳疾病和癌癥的深入挖掘，單細胞基因組方法捕獲的信息變得越來越重要。卡羅林斯卡學院（ Karolinska Institute）的研究人員近日公布了一種新方法，這種方法可以讀取個體胚胎干細胞中短的、非編碼RNA序列，有助于人們更好地理解基因如何調控不同細胞類型的發展。相關結
更便宜、更全面的單細胞RNA測序技術
康奈爾大學生物醫學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不僅推動了單細胞基因組學發展，而且為感染和免疫生物學研究提供了一條新途徑。這篇題為“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing
淺談單細胞RNA測序的技術與分析難點
如今，單細胞生物學是一個熱門話題。而在這一領域中，最前沿的則是單細胞RNA測序（scRNA-seq）。傳統“批量的”RNA測序方法（RNA-seq）可以一次處理成千上萬個細胞，并得到變異的平均水平。但是沒有兩個細胞是完全相同的，而scRNA-seq則可以揭示出每個細胞獨特的微妙變化，甚至可以揭示全新
單細胞測序揭示肺癌腫瘤免疫細胞亞型的細胞圖譜
最近免疫療法的出現標志著多種癌癥的研究和護理發生了巨大變化，給世界各地的患者和家庭帶來了新的希望。對于那些對治療有反應的人來說，結果可能是激動人心的。激活病人的癌癥免疫系統可以殺死或縮小腫瘤，在某些情況下，會導致完全緩解。 盡管取得了重大進展，但只有少數人從免疫治療中獲益，原因尚不清楚。 免
單細胞－RNA－測序揭示了體內不同的細胞異質性
植入體內的生物材料和設備具有廣泛的臨床應用，如組織再生和細胞移植。在細胞微環境的組成部分中，結構特征（宏觀，微觀和納米特征）在指導細胞行為方面起著至關重要的作用。 2021年5月26日，四川大學滿毅團隊在Science Advances 在線發表題為“Dissecting the microe
單細胞RNA測序發現新視網膜神經節細胞亞型
單細胞測序技術填補了生命科學領域的許多空白，依靠這項技術，康涅狄格大學健康中心和杰克遜實驗室（JAX）的研究人員已經鑒定出了40種視網膜神經節細胞（retinal ganglion cells，RGCs）亞型，以及用于區分它們的遺傳標記和轉錄因子。 得益于液滴單細胞RNA測序技術（drople
單細胞RNA測序發現新視網膜神經節細胞亞型
單細胞測序技術填補了生命科學領域的許多空白，依靠這項技術，康涅狄格大學健康中心和杰克遜實驗室（JAX）的研究人員已經鑒定出了40種視網膜神經節細胞（retinal ganglion cells，RGCs）亞型，以及用于區分它們的遺傳標記和轉錄因子。 得益于液滴單細胞RNA測序技術（drople
環狀－RNA－測序案例分析
案例：以結腸癌，卵巢癌，特發性肺纖維化及正常的人組織為例探討 circular RNAs 的富集與增殖的相關性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是構成生物體 RNA 網絡的一部分，而且研究者們推測 circular RNAs 與 miRNAs 一樣具有生物學功能。 目的
核糖核酸（RNA）測序
RNA在細胞中的穩定性較差，在實驗中也更容易受到核酸酶的攻擊。因為RNA是由DNA轉錄產生的，所以信息已經存在于細胞的DNA中。然而，有時也需要對RNA分子進行測序。雖然DNA測序給出了生物體的遺傳圖譜，但RNA測序卻反映了細胞中活躍表達的序列。為了給RNA測序，通常的方法是首先對從樣品中提取的
RNA甲基化測序
1、NSUN2影響m5C在HEK293細胞中整體分布情況NSUN2被報道是RNA甲基轉移酶，能使tRNAs和mRNA發生m5C甲基化修飾。為了探究NSUN2對HEK293細胞mRNA m5C甲基化修飾的影響。作者利用CRISP/Cas9技術敲減NSUN2（NSUN2-/-HEK293細胞）后進行
基于單細胞測序繪制腫瘤微環境相關細胞代謝圖譜
腫瘤作為一個異常復雜的“生態系統”，不同類型的腫瘤細胞與非腫瘤細胞共同構成了腫瘤微環境。腫瘤存在腫瘤間異質性和腫瘤內異質性，可以說腫瘤內每種細胞都存在于不同的微環境中，每種細胞都可能有不同的代謝狀態。由于異質性，腫瘤細胞會通過改變自身代謝模式（即“代謝重編程”）來適應不同的微環境，以滿足其對能量
基因測序腫瘤檢測
臨床醫生在腫瘤治療中發現，人體腫瘤千差萬別，即使是同一個部位的腫瘤，治療效果和方法也應因人而異，這種因人、因病而采取的不同疾病治療方法稱為“個體化治療”。因此在癌癥治療過程中，只有同病異治，因人而異，實施個體化治療，才能針對不同類型的病人選擇合適他們的藥物。下圖中給出的是在乳腺癌中HER2基因的表達
單細胞測序技術在腫瘤研究中的應用
單細胞測序技術在腫瘤研究中有以下多方面的應用：腫瘤細胞異質性研究鑒定腫瘤內不同的細胞亞群，包括具有不同基因突變、轉錄組特征和表型的細胞。揭示腫瘤細胞之間的差異對腫瘤進展、轉移和治療反應的影響。腫瘤微環境分析解析腫瘤微環境中免疫細胞、基質細胞等的組成和功能狀態。研究腫瘤細胞與微環境中其他細胞的相互作用
利用單細胞RNA測序技術闡明機體多種類型味覺細胞機制
日前，一項刊登在國際雜志Scientific Reports上的研究報告中，來自美國濱州莫奈爾中心(Monell Center)的研究人員通過研究開發出了一種新技術能夠鑒別出了任何味覺受體細胞的一整套基因，相關研究或能幫助研究人員闡明味覺感受器細胞發揮特殊功能的分子機制。 研究者Sunil S
Nature子刊：RNA測序鑒定小膠質細胞獨特表達基因
馬薩諸塞州綜合醫院(MGH)的研究者采用一種新的測序方法，鑒定了一組被腦免疫細胞——稱為小膠質細胞—— 用來感知需要其做出反應的致病組織、毒素或損傷細胞的基因。這些基因的鑒定，能使我們更好地理解小膠質細胞在正常大腦和神經退行性疾病中的作用，為保護諸如阿爾茨海默氏病和帕金森氏綜合癥引起的損傷帶
《Nature－Methods》更便宜、更全面的單細胞RNA測序技術
微流控技術革新促進了單細胞RNA測序發展，它為單細胞基因組學提供了一種低成本、高通量的方法。然而，這種方法捕獲完整RNA轉錄信息的能力有限。（圖片來源：Cornell） 康奈爾大學生物醫學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck課題組開發了一款更健全的、低成本的方法解決了這個問題，不
Science：利用單細胞RNA測序分析黑色素瘤
單細胞分析是一種開創性方法，如今在整個生物領域中正被用來研究一個共同的問題：如何研究異質細胞群體中的細胞多樣性。這種多樣性能夠對細胞存活和增殖、對藥物療法和干預作出的反應以及很多其他的生物過程產生深刻影響。單細胞技術已被用于眾多研究---比如，研究自身免疫疾病中的免疫反應異質性，研究傳染病中的宿
“RNA測序”通用模板新突破
通過檢測血液或尿液中少量的RNA來診斷或治療疾病是一個新興領域。隨著技術的進步，研究人員可以對RNA片段進行測序，但不同的人使用不同的方法來測序RNA，有時會得到不同的結果，這是影響成功的一個重大障礙，使得此領域很難取得進展。近來，密歇根大學Tewari教授的實驗室領導了美國和荷蘭的9個實驗室組
單細胞測序技術在腫瘤研究中的應用案例
以下是一些單細胞測序技術在腫瘤研究中的應用案例：??**案例一：乳腺癌** 研究人員利用單細胞測序技術對乳腺癌腫瘤組織進行分析，發現了不同亞型乳腺癌細胞之間的基因表達差異和腫瘤細胞的異質性。他們鑒定出了具有干細胞特性的腫瘤細胞亞群，這些細胞可能與腫瘤的復發和耐藥性有關。這為開發更有針對性的治療
Predica與華大智造攜手開啟腫瘤精準醫療新紀元：高通量測序平臺賦能靶向RNA測序技術
7月11日，腫瘤診斷領域的領先創新者Predica Diagnostics與華大智造宣布達成合作，共同在華大智造高通量測序平臺上開發Predica的靶向RNA測序技術，助力精準醫療。 此次合作旨在通過實現早期癌癥檢測和促進個性化靶向治療策略，通過將Predica Diagnostics的先進測
張鋒團隊開發出高通量的單細胞RNA測序方法
去年，Broad研究所的研究人員在《Science》上發表了一種稱為sNuc-Seq的單核RNA測序方法。這種方法讓人們能夠研究那些難以分離的單細胞中的基因表達譜。如今，Broad研究所領導的團隊克服了sNuc-Seq應用的一大障礙：規模。 8月28日，研究人員在《Nature Methods