遺傳發育所等解析鹽芥全基因組序列
鹽芥是十字花科鹽芥屬的一種鹽生植物，與雙子葉植物研究中所常用的模式植物擬南芥親緣關系較近。鹽芥具有作為模式植物的一系列良好特征，如個體較小、生活周期短、自花授粉、種子量大、基因組較小，而且易于轉化。最重要的是，鹽芥具有對高鹽、干旱和低溫等非生物脅迫極高的耐受能力，這使其成為研究植物耐受非生物脅迫逆境機理的理想材料。 中國科學院遺傳與發育生物學研究所植物基因組學國家重點實驗室的謝旗研究員研究組、王秀杰研究員研究組、陳受宜研究員研究組、儲成才研究員研究組和深圳華大基因研究院王俊研究員、美國伊利諾伊大學厄巴納-香檳分校的Han Bohnert教授以及美國普渡大學朱健康教授所領導的研究團隊密切合作，成功解析了鹽芥的全基因組序列，并找到了一些鹽芥耐受極端環境機制的一些線索。 研究人員突破性地利用一種層級拼接方法，對Illumina GA II測序技術所得到的短序列進行了成功的拼裝，將其中80%的序列整合到鹽芥的7條......閱讀全文
擬南芥基因組DNA的提取
實驗概要本實驗介紹了用CTAB法提取擬南芥基因組DNA。主要試劑CTAB提取液(2%CTAB，50mMEDTA，50mM Tris-HCl，PH 8.0，0.84M NaCI，0.05%巰基乙醇)，氯仿，無水酒精，70%的酒精主要設備1.5 mL離心管，65℃水浴鍋，高速離心機，研缽實驗材料擬南芥葉
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
中科院PNAS發表測序新成果
來自中國科學院遺傳與發育生物學研究所、深圳湖大基因研究所、美國伊利諾伊大學厄巴納-香檳分校和美國普渡大學的研究人員聯合發表了題為 “Insights into salt tolerance from the genome of Thellungiella salsuginea”的論文，解
遺傳發育所等解析鹽芥全基因組序列
鹽芥是十字花科鹽芥屬的一種鹽生植物，與雙子葉植物研究中所常用的模式植物擬南芥親緣關系較近。鹽芥具有作為模式植物的一系列良好特征，如個體較小、生活周期短、自花授粉、種子量大、基因組較小，而且易于轉化。最重要的是，鹽芥具有對高鹽、干旱和低溫等非生物脅迫極高的耐受能力，這使其成為研究植物耐受非生物脅迫
擬南芥轉化
實驗概要本實驗以擬南芥為試材介紹了轉化及篩選的過程。主要試劑1. 滲透培養基:(1L)1/2xMurashige-Skoog5%蔗糖0. 5克MES用KOH調至pH5. 7再加:10微升lmg/ml的6-BA母液200微升Silwet L-77Top agar0. 1%瓊脂PNS或水溶液2. 篩選培
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
華大基因再發PNAS文章
作為基因組測序領域的排頭兵，近期深圳華大基因研究院與中科院系統，以及韓國，美國等處的科學家合作，發表了題為“Insights into salt tolerance from the genome of Thellungiella salsuginea(《小鹽芥基因組研究揭示其耐逆奧妙》
擬南芥葉綠體基因組DNA雙鏈斷裂修復的全新分子機制
2021年6月16日，清華大學生命學院/清華-北大生命科學聯合中心孫前文實驗室在Nucleic Acids Research雜志在線發表題為“RNase H1C與單鏈DNA結合蛋白WHY1/3和重組酶RecA1在擬南芥葉綠體中協作完成DNA損傷修復 (RNaseH1C collaborates
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
多國實施全基因組分析計劃
由于基因測序可以探查與特定疾病相關的基因，該療法正在成為日益受歡迎的診斷方法。 英國計劃到2017年對10萬人進行基因組測序。 美國加州一對龍鳳胎出生后，他們的父母非常憂慮：兩個嬰兒不僅發育緩慢，而且肌肉松軟無力。大腦掃描結果顯示，男嬰或存在大腦性麻痹；然而醫生對造成女嬰震顫和癲癇的原因卻不
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
全血基因組提取操作步驟
操作步驟（（２００ul全血））* 第一次使用前請先在15ml漂洗液WB中加入60ml無水乙醇! 1. 取200ul新鮮、冷凍或加入各種抗凝劑的血液，放入1.5ml離心管。對如果全血起始量小于200μl，則用緩沖液BB補足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之間，則后續操作需要按照比例增
全基因組研究解碼口吃根源
口吃跨越不同語言和血統，影響著全球約7000萬人。過去，許多人認為口吃能夠通過自主控制來改善。但數十年來的研究表明，口吃實際上是一種高度遺傳的不可控疾病，其原因復雜且模糊。而一項7月28日發表于《自然-遺傳學》上的研究讓口吃的部分原因變得清晰。 研究人員利用基因檢測服務公司23andMe的龐大
昆蟲全基因組DNA的提取
實驗概要利用改進的CTAB 法提取昆蟲全基因組DNA。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司生產]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2ED
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
擬南芥的培養
實驗概要本實驗方法就擬南芥的培養技術進行了簡單介紹。主要試劑1. PNS營養液:每升含2.5m1 1M磷酸緩沖液(pH5.5)5ml 1M KN03，2m1 1M MgSO4.7H20，2m1 1M Ca(N03)a.4H20，2.5m1 20mM? Fe.EDTA，1 ml MS微量兀素。2. 人
擬南芥的轉化
實驗概要本實驗采用花浸泡法利用農桿菌介導將目的基因轉入擬南芥。主要試劑YEB液體培養基，LB培養基，0.1 M CaCl2，0.05 M MgSO4，花浸泡緩沖液(0.5XMS，5%蔗糖，0. 03%Silwet L-77 )，Rif，Kan主要設備搖床，離心機，培養缽，溫室，托盤，塑料薄膜實驗材料
碳離子束輻射對擬南芥基因組誘變效應研究獲進展
重離子輻射誘變育種是植物品種改良的重要手段，輻射誘變效應及分子機制的研究是涉及多學科交叉的重要共性課題。目前，對重離子輻射誘變效應的研究集中在表型、染色體畸變、遺傳物質多態性及特定基因序列分析等方面，而分子水平的突變特征研究仍相對薄弱，欠缺全基因組水平大視角、多方位及大樣本量數據支持。 中國科
研究揭示擬南芥基因組加倍導致的三維染色質結構
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物分子遺傳國家重點實驗室方玉達研究組題為The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
“863”腫瘤全基因組研究獲進展
7月14日，“十一五”國家“863”重大專項“食管癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”和“肺癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”成果匯報會在京召開。 日前，遺傳學權威期刊《自然—遺傳學》刊登了我國科學家食道癌和肺癌研究的重要進展。由中國醫學科學院腫瘤研究所分子腫瘤學國家重點實驗室教授林東昕
中國樹鼩全基因組解析完成
中科院昆明動物研究所張云研究員課題組與深圳華大基因研究院合作，解析了新型實驗動物中國樹鼩的全基因組，系統評估了樹鼩作為藥物研發實驗動物的特征和優勢。研究近日發表于《公共科學圖書館·綜合》。 研究不僅為中國樹鼩用于新藥研發的藥效學、藥理學和毒理學評價提供了系統的基礎信息數據和科學依據，而且揭示了
中國種茶樹全基因組密碼破解
記者從安徽農業大學獲悉，該校茶樹生物學與資源利用國家重點實驗室宛曉春教授研究團隊，聯合深圳華大基因等單位，破解了世界上分布最廣的中國種茶樹的全基因組信息，成果日前在線發表于《美國科學院院刊》上。 世界主栽茶樹分屬兩個變種：即中國種和阿薩姆種，前者葉小，分布廣泛，適制綠茶等六大茶類；后者葉大，主
我國率先完成菊花全基因組測序
中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心對外發布消息稱，由他們共同發起的科研團隊，在菊花全基因組計劃獲重大進展的同時，還完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。此舉使我國成為世界上首次完成菊屬植物菊花全基因組測序的國家。 據了解，菊屬植物染色體結構復雜，包含從2n=18到
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
白菜甘藍油菜全基因組序列測定
? 由中國科學家領銜的白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目取得階段性重大成果,獲得了白菜全基因組的精細圖,甘藍和油菜全基因組的框架圖。 研究表明，白菜、甘藍和油菜的基因組大小分別約為5億、6.5億和11億個堿基對,白菜和甘藍含有的基因總數目分別約4.2萬和4.5萬個,油菜基因覆蓋度85%以上。該
我國率先完成棗樹全基因組測序
在科技部“十一五”和“十二五”科技支撐計劃項目的持續資助下，河北農業大學劉孟軍教授研究團隊在世界上率先完成了棗樹的高質量全基因組測序，組裝出總長4.38億個堿基的棗基因組序列，達估測基因組的98.6%，使棗樹成為世界鼠李科植物（近千種）和我國干果樹種中第一個完成基因組測序的物種。 相關論文
關于全基因組測序的內容介紹
1998年，克萊格·凡特的塞雷拉基因組公司成立，而且宣布將在2001年完成測序工作。隨后國際團隊也將完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及國際合作團隊的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美國總統柯林頓的陪同下發表演說，宣布人類基因組的概要已經
Cell新文章：癌癥全基因組測序
根據華盛頓大學醫學院的一項新研究，具有吸煙史的肺癌患者相比于不吸煙的肺癌患者腫瘤中的遺傳突變要多10倍。這一研究在線發表在9月13日的《細胞》(Cell)雜志上。 論文的資深作者、華盛頓大學基因組研究所主任Richard K. Wilson 說：“吸煙者基因組具有比不吸煙的肺癌患者基因