OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序

鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。

鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同鞭蟲的全基因組、全轉錄組分析，鑒定出了許多鞭蟲繁殖期和生活期所特有的基因，以及與鞭蟲特有形態相關的基因信息。此外，通過對被鞭蟲感染動物模型的RNA測序，也對鞭蟲慢性感染的TH1樣免疫反應調控進行了有史以來最詳細的分析。在模擬篩選中鑒定出了許多新的鞭蟲病潛在藥物靶點。這些研究的基礎，都得益于高質量鞭蟲全基因組測序的完成，在這里面我們又一次看到了OPGEN全基因組圖譜系統的卓越表現。

鞭蟲的全基因組測序基本工作在Illumina平臺以及454平臺上完成。接下來，桑格研究院利用OpGen全基因組圖譜系統對鞭蟲測序骨架進行了拼接和質量提升，得到了最長達17.5Mb的超級骨架。Scaffold N50從1.58Mb提高了3倍，達到4.83Mb。借助OpGen基因組圖譜，封閉的缺口總長度達到4.5Mb，其中甚至包括了許多長度超過10kb的缺口。

本研究的鞭蟲基因組以及相關功能數據將有助于更好的闡明寄生蟲、宿主之間發生相互關系的分子機制，對于鞭蟲的防治有著深遠的意義。

關于OpGen全基因組圖譜技術

OpGen全基因組圖譜技術，利用全自動、高通量的方法，能夠對DNA單分子進行限制性內切酶圖譜分析，并將DNA單分子圖譜組裝成染色體水平甚至基因組水平的圖譜，即全基因組圖譜。利用該圖譜，可以進行基因組完成圖序列拼接、比較基因組分析、微生物菌株分型等研究。其成功應用物種已超過300種，發表文獻超過180篇，包括《Lancet》、《Nature》、《Science》、《PNAS》等頂級期刊，證明了它無可比擬的可靠性和穩定性。

OPGEN全基因組圖譜的部分典型應用：

鴕鳥：Science , Complex evolutionary trajectories of sex chromosomes across bird taxa,
鞭蟲：Nature Genetics, Whipworm genome and dual-species transcriptome analyses provide molecular insights into an intimate host-parasite interaction
無油樟：Nature, Plant genomics: A genome conserved and a genome expanded
倉鼠：Nature Biotechnology, Genomic landscapes of Chinese hamster ovary cell lines as revealed by the Cricetulus griseus draft genome
絳蟲：Nature, The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism
家山羊：Nature Biotechnology, Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat
梅花：Nature Communications, The genome of Prunus mume