全基因組測序的診斷價值

　　根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。

　　這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解釋。通過基因組測序，他們診斷出五分之一的病例，其中三分之一以上被認為是孟德爾疾病。

　　作者在文中寫道：“我們的結果證明了基因組測序在常規的臨床診斷中的價值，但也突出了許多尚未解決的挑戰。”這篇文章的通訊作者是牛津大學Wellcome Trust人類遺傳學中心的Gilean McVean。

　　McVean及其同事考慮了156個個體或家庭，他們患有原因不明的孟德爾疾病或免疫疾病。研究人員以平均32倍的覆蓋度對每個個體的基因組進行測序。對于88%以上的蛋白質編碼序列，平均覆蓋深度至少為20倍。

　　研究小組追蹤到33個病例中的致病變異，剛好超過21%。孟德爾疾病的診斷率更高。對于68個病例中的23個，他們發現了致病突變，診斷率接近34%。此外，對于14個家系中的8個，他們也能成功診斷，比例達到57%。

　　當研究人員深入探討可能影響成功診斷的技術特征時，他們發現，基因組中不同區域的覆蓋度變化似乎并沒有明顯影響他們追蹤致病變異的能力。

　　另一方面，研究小組又強調了在檢出和鑒定致病變異時分析方法的重要性。例如，他們發現，采用兩階段的變異檢出過程，即本地數據庫過濾和多種算法注釋基因組相結合，能夠有效地鑒定變異，實現更加準確的診斷。

　　盡管本研究中大部分的疾病元兇落在蛋白質編碼區域，可通過外顯子組測序來拷問，但研究人員指出，完整的基因組序列有助于發現疾病的非編碼因素，并確定基因內疾病相關異常的遺傳模式。

　　不過，研究人員也提醒，在診斷顯性遺傳的疾病，或其他家庭成員、遺傳模式或臨床特征的信息不足時，全基因組測序可能太過復雜，或是不必要的時間浪費。

　　“最終，如果特定變異，或同一基因中的另一個變異，在患有相同疾病的其他個體中鑒定出，則全基因組測序將能夠可靠地評估這個變異的診斷和預測價值，”McVean及其他作者談道。