Science發布蛋白質組研究重大成果
學家們在新研究中揭示了人類巨細胞病毒(HCMV)令人驚訝的、復雜蛋白質編碼能力，該發現是朝著了解感染過程中這一病毒操控人類細胞的機制所邁出的重要的第一步。20多年前研究人員首次對HCMV基因組進行了測序，現在他們又對這一常見病原體的蛋白質組(proteome，整套的表達蛋白)進行了研究。 HCMV是一種獲得驚人成功的病毒，它能夠感染地球上大多數的人類。但已知的出生缺陷及疾病僅分別出現在新生嬰兒及免疫系統受損的成年人中。這種病原體具有公諸于眾的最大的病毒基因組，包含24萬個DNA堿基對。與之相比，脊髓灰質炎病毒基因組只包含大約7500個堿基對。 加州大學舊金山分校的Noam Stern-Ginossar和來自美國、德國的同事將核糖體分析(ribosome profiling)和質譜法(mass spectrometry)相結合，研究了HCMV的蛋白質組。這一方法也可用于研究其他病毒生成的蛋白質。 研究結果......閱讀全文
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
蛋白質組學之逆襲，深度注釋基因組
申請課題缺創新點？撰寫論文沒思路？急著畢業時間緊？別怕，對于吉凱，一切都是套路！更有甚者，對于宇宙終極難題：“屌絲如何逆襲白富美？”老司機黃博也有一套經典案例分享給大家。 從前，在生物學研究領域，有一個白富美叫基因組學（Genomics），她有一項強大的技能：DNA測序，憑借這項技能，她完
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（一）
申請課題缺創新點？撰寫論文沒思路？急著畢業時間緊？別怕，對于吉凱，一切都是套路！更有甚者，對于宇宙終極難題：“屌絲如何逆襲白富美？”老司機黃博也有一套經典案例分享給大家。從前，在生物學研究領域，有一個白富美叫基因組學（Genomics），她有一項強大的技能：DNA測序，憑借這項技能，她完成了對多種物
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（三）
人類尚未充分認識復雜的癌癥基因組是如何轉化為導致復發和死亡的驅動生物學的，將蛋白質組學與基因組學結合在一起能夠讓我們獲得對癌癥的新認識，同時提供一種有價值的資源以便科學界能夠用來提出關于這些疾病的新假設，以及治療它的手段。蛋白質基因組學終有一天會被證明是一種強大的臨床工具，使得人類能夠橫跨癌癥基因組
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（二）
針對一些乳腺癌亞型和攜帶常見突變如PIK3CA和TP53突變的腫瘤，分析結果揭示出了一些新的蛋白質標記物和信號通路。另外將一些基因中的拷貝數改變與蛋白質水平聯系一起，從而鑒別出了10個新的候選調控因子。其中兩個候選基因SKP1和 CETN3可能與癌基因EGFR有關聯。EGFR是一種特別具有侵
《基因組蛋白質組與生物信息學報》：蛋白質組學技術面臨
《基因組蛋白質組與生物信息學報》：蛋白質組學技術面臨挑戰 2003年4月人類基因組圖譜基本繪制完成，但對基因的調節與功能問題仍未能解讀。由于基因的功能主要是通過其編碼的蛋白質來實現，蛋白質才是生命活動真正的執行者，所以越來越多的科學家致力于蛋白質的研究，試圖找出人類疾病的致病機理，最終解決人類
組學期刊三巨頭：《基因組、蛋白質組與生物信息學報》
近年來GPB的中國風封面 馮麗妃攝 從編委到現任執行副主編，美國費城兒童醫院和賓夕法尼亞大學教授邢毅與《基因組蛋白質組與生物信息學報》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，以下簡稱GPB）期刊結緣已近10年。前些年，該刊編輯部不時找他約稿子，以解“缺米之炊”
PNAS：特殊蛋白質可控制機體“基因組衛士”
近日，發表在國際雜志PNAS上的一篇研究報告中，來自蒙特利爾臨床研究學院的科學家通過研究鑒別出了免疫反應已知機制的一種新的作用亮點，研究人員發現了一種新型特殊蛋白，其可以控制“基因組衛士”—p53腫瘤抑制蛋白的活性。 文章中，研究者對T細胞和B細胞的發育也進行了深入研究，這兩種細胞均是保護機體
逐次修正基因組法：有效提高非模式生物蛋白質組鑒定...
逐次修正基因組法：有效提高非模式生物蛋白質組鑒定的新策略隨著高通量測序技術的不斷崛起，全基因組測序也逐步普及。越來越多的物種基因組予以公布。目前，主要有兩種獲得研究物種參考基因組的策略：de novo 基因組拼接和基于mapping算法的基因組序列修正，mapping是指將所有測序讀段通過序列比對定
基因組學與蛋白質組學兩大巨頭建立合作
AB Sciex和Illumina公司近日聯手推出OneOmics? 計劃，其目的是在云計算環境中結合新一代蛋白質組學（NGP）和新一代測序（NGS）的工具。作為此計劃的一部分，Illumina的應用商店BaseSpace將托管AB Sciex的SWATH? 蛋白質組學云工具，這使得BaseSp
蛋白質、基因組與人類疾病有了關聯圖
據《科學》雜志近日發表的一項最新研究，研究人員將人體血液中的數千種蛋白質數據與遺傳數據相結合，繪出了蛋白質、基因組與人類疾病的網絡關系圖，顯示了影響這些蛋白質的遺傳差異如何將多種多樣的相關疾病聯系在一起。通過創建基因組蛋白質組圖，科學家們發現了不同人類疾病之間的數百種新聯系。 蛋白質故障會導
Nat－Rev－Cancer綜述：腫瘤蛋白質基因組學
導 讀? ? ? ?腫瘤蛋白質基因組學（Cancer proteogenomics）是將基于質譜（MS）的蛋白質豐度和翻譯后修飾（PTM）信息與臨床前腫瘤模型和腫瘤樣本的基因組、表觀基因組和轉錄組數據相結合的組學技術。基因組學和表觀基因組學為解釋可能發生的生物過程提供了基礎知識，蛋白質組學是對已經發
蛋白質、基因組與人類疾病有了關聯圖
據《科學》雜志近日發表的一項最新研究，研究人員將人體血液中的數千種蛋白質數據與遺傳數據相結合，繪出了蛋白質、基因組與人類疾病的網絡關系圖，顯示了影響這些蛋白質的遺傳差異如何將多種多樣的相關疾病聯系在一起。 通過創建基因組蛋白質組圖，科學家們發現了不同人類疾病之間的數百種新聯系。 蛋白質故障會
核糖體蛋白質的分類
核糖體蛋白質（ribosomal protein）是指構成核糖體的蛋白質。由于核糖體蛋白質需要高濃度的鹽溶液和強解離劑（如含高濃度Mg2+的67%的CH3COOH或3mol/L LiCl~4mol/L (NH2)2CO）才能將其分離，所以這類蛋白質相對于“核糖體相關蛋白質”也被稱為“真核糖體蛋白
核糖體蛋白質的定義
核糖體蛋白質（ribosomal protein）是指構成核糖體的蛋白質。由于核糖體蛋白質需要高濃度的鹽溶液和強解離劑（如含高濃度Mg2+的67%的CH3COOH或3mol/L LiCl~4mol/L (NH2)2CO）才能將其分離，所以這類蛋白質相對于“核糖體相關蛋白質”也被稱為“真核糖體蛋白
誰在先？“雞基因組”和“雞蛋基因組”
是先有雞還是先有雞蛋？這個問題相當惱人，恐怕很難說清楚。現在，研究人員回答了與這個問題一樣惱人的問題：是人類基因組中的成千上萬的長重復DNA片段中，那個是第一個產生的？那些被復制了？ 這個答案發表在10月7日的《自然·遺傳學》雜志上。該研究給出了人類基因組中DNA重復片段復制的第一個進化證據，這種
修正基因組法有效提高非模式生物蛋白質組鑒定的新策略
隨著高通量測序技術的不斷崛起，全基因組測序也逐步普及。越來越多的物種基因組予以公布。目前，主要有兩種獲得研究物種參考基因組的策略：de novo 基因組拼接和基于mapping算法的基因組序列修正，mapping是指將所有測序讀段通過序列比對定位到參考基因組上。De novo 基因組拼接是利用短
基因組學做不了的事－蛋白質組學更精準打擊癌癥
近日，國際人類蛋白質組組織公布了2020年度權威獎勵獲獎名單，中國科學院院士、軍事科學院軍事醫學研究院研究員賀福初榮獲蛋白質組學杰出成就獎。 賀福初院士率先提出人類蛋白質組計劃的科學目標與技術路線，倡導并領銜了人類第一個關于組織、器官的蛋白質組計劃，揭示了人體首個器官（肝臟）蛋白質組。2014年
葉綠體基因組
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能的重要細胞器，葉綠體中進行的光合作用是嚴格地受到遺傳控制的。早在20世紀初，人們就已知葉綠體的某些性狀是呈非孟德爾式遺傳的，但直到60年代才發現了葉綠體DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。葉綠體基因組是一個裸露的環狀雙鏈DNA分子，其大小在1
基因組測序
如果樓主指的是人類基因組計劃，那時用的方法叫做雙脫氧終止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成過程中，DNA聚合酶能夠使用ddNTP(雙脫氧核苷酸）來作為原料，但它的反應會在加入ddNTP的時候終止。具體實驗是通過PCR來完成的，但與普通PCR不同，它只需要一個引物而不是一對。在4個相同的
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
GenomeResearch發表基因組研究新發現基因組
多倫多大學的科學家們發現，作為基因組看門人的C2H2-鋅指蛋白（C2H2-ZF）實際上肩負著更加多樣化的職責。這項發表在Genome Research雜志上的研究，有助于我們更準確地解讀個人基因組。C2H2-ZF有大約七百個成員，是規模最大的一種人類蛋白。然而，人們對這些蛋白一直知之甚少。C2H2-
構成核糖體的蛋白質
與rRNA或核糖體亞基結合的蛋白質有二類。：一類與rRNA或核糖體亞基緊密連接，需高濃度鹽和強解離劑(如3mol/LLiCl或4mol/L尿素)才能將其分離,這類蛋白質稱為"真"核糖體蛋白質("realribosomalproteins")或簡稱為核糖體蛋白質。如E.coli30S亞基上的21種
“十二五”基因組和蛋白質組技術發展戰略研究啟動
6月9日至10日，科技部中國生物技術發展中心在深圳組織召開了“基因組和蛋白質組技術發展戰略研討會”，標志著該領域的“十二五”發展戰略規劃研究正式啟動。國內從事基因組學和蛋白質組學研究的院士、專家、學者共40多人參加了會議。科技部基礎司張先恩司長應邀出席會議，生物中心馬宏建副主任、深圳市委常委、常
十二五基因組和蛋白質組技術發展戰略研究啟動
6月9日至10日，科技部中國生物技術發展中心在深圳組織召開了“基因組和蛋白質組技術發展戰略研討會”，標志著該領域的“十二五”發展戰略規劃研究正式啟動。國內從事基因組學和蛋白質組學研究的院士、專家、學者共40多人參加了會議。科技部基礎司張先恩司長應邀出席會議，生物中心馬宏建副主任、深圳市委常委、常
蛋白質組和蛋白質組學分析
?隨著人類基因 組計劃研究成果的公布，人們對基因的認識逐漸清晰，但基因數量的有限性和基因結構的相對穩定性，與生命現象的復雜性和多樣性之間存在巨大反差。如何了解眾多的基因與危害人類身心健康的疾病之間的關系，對生命科學研究者來說仍是一項長期而艱巨的任務。因此，作為生命活動的直接承擔者――蛋白質，成為后基
中國新生兒基因組、胚胎基因組計劃啟動
為從根本上實現新生兒遺傳病的早發現、早診斷、早干預，7日，中國遺傳學會遺傳咨詢分會聯合復旦大學附屬兒科醫院在上海發起中國新生兒基因組計劃。 中國新生兒基因組計劃將在未來的5年內開展10萬例樣本的新生兒基因檢測，旨在構建中國新生兒基因組數據庫，建立新生兒遺傳病基因檢測標準，促進新生兒遺傳病基因檢
《基因組研究》：首張貓基因組草圖繪就
貓是研究人類失明和艾滋病模型之一，因此測序結果大有用處 一只名為“肉桂”（Cinnamon）的4歲雌性阿比西尼亞貓有幸成為第一只完成基因組測序草圖的貓。它也因此加入了包括狗、小鼠、大鼠以及黑猩猩等在內的基因組“俱樂部”。相關論文11月1日在線發表于《基因組研究》（Genome Research）雜
日科學家發現可抑制基因組損傷的蛋白質
日本科學家發表于最新一期《自然》雜志網絡版的論文說，他們經動物實驗發現，人類以及許多動物體內都有的Zuc蛋白質在抑制轉位子造成的基因組損傷過程中發揮著重要作用，這項研究成果將有助于解開不孕癥發病的機制。 日本科學技術振興機構和東京大學15日聯合發表新聞公報介紹了上述成果。公報說，動物基因組
蛋白質結構在結構基因組學中的應用介紹
已經測定了釀酒酵母（Saccharomyces cereuisiae）、線蟲（Caenorhabditis elegans）、果蠅（Drosophilamelanogaster）、擬南芥（Arabidopsis thaliana）等模式生物的基因組序列.。特別值得一提的是，隨著人類基因310福建