植物蛋白質組學和糖基化實驗（四）
3.3 我的糖基化蛋白在哪實驗人員可通過這個方法獲得關于糖苷在蛋白骨架上的分布及糖苷本身的結構信息。這類實驗可在純化的糖蛋白或者從 1D 或 2D 電泳膠上分離出來的蛋白上進行，首先，用蛋白內切酶消化蛋白質，通過高效液相色譜（HPLC) 分離消化后的肽和糖肽混合物。對含有糖苷的收集組分進行糖組分分析（見 25.3.2 節 2 ) ，接著分別對肽 N-糖苷酶 A 處理前后的糖肽組分進行 MALDI- TOF 質譜分析 [ 見 25.3.2 節 3)] 。( 1 ) 將 1 mg 純化得到的蛋白質樣品溶解在 500 μl 的 50 mmol/L 碳 酸氫銨溶液（pH 8.0 ) 中，100°C 加熱 3 min。( 2 ) 加入 50 μg TPCK 處理胰酶，在 37°C 處理 2 h。( 3 ) 再次加入 50 μg TPCK 處理胰酶，37°C 處理 2 h。( 4 ) 如果進行雙酶切處理，用 50 mmol/L ......閱讀全文
植物蛋白質組學和糖基化實驗（四）
3.3 我的糖基化蛋白在哪實驗人員可通過這個方法獲得關于糖苷在蛋白骨架上的分布及糖苷本身的結構信息。這類實驗可在純化的糖蛋白或者從 1D 或 2D 電泳膠上分離出來的蛋白上進行，首先，用蛋白內切酶消化蛋白質，通過高效液相色譜（HPLC) 分離消化后的肽和糖肽混合物。對含有糖苷的收集組分進行糖
植物蛋白質組學和糖基化實驗
實驗材料鏈霉親和素-過氧化物酶 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? 牛胰核糖核酸酶 B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
植物蛋白質組學和糖基化實驗1
實驗材料鏈霉親和素-過氧化物酶牛胰核糖核酸酶 B甲基比喃甘露糖苷卵清白蛋白試劑、試劑盒DIG 糖鏈檢測試劑TTBS 緩沖液Lectin- biotinTBS 緩沖液實驗步驟3.1 這個蛋白質是糖蛋白嗎只有一種方法能全面的回答“這個蛋白質是糖蛋白嗎?”這個問題。這需要使用能檢測并定量印記上糖蛋白的總糖
植物蛋白質組學和糖基化實驗2
3. 糖基釋放后的蛋白質分析1 ) 糖基釋放的化學處理方法還原性氨化反可應選擇性的解離糖蛋白上的 O-糖苷（見注釋 10) 。去糖基化的蛋白用 1D SDS-PAGE 分析，將其遷移情況與其糖基化形式的蛋白進行比較，電泳遷移率的增加是 O-連糖苷出現在蛋白上的證據（見注釋 11)。( 1 ) 將 1
植物蛋白質組學和糖基化實驗（一）
實驗材料?鏈霉親和素-過氧化物酶牛胰核糖核酸酶 B甲基比喃甘露糖苷卵清白蛋白試劑、試劑盒?DIG 糖鏈檢測試劑TTBS 緩沖液Lectin- biotinTBS 緩沖液實驗步驟 3.1 這個蛋白質是糖蛋白嗎只有一種方法能全面的回答“這個蛋白質是糖蛋白嗎?”這個問題。這需要使用能檢測并定量印記上糖蛋白
植物蛋白質組學和糖基化實驗（五）
1. 含高甘露糖型 N-糖苷糖蛋白的鑒定本方法是我們實驗室以油菜籽為實驗材料建立的，本方法也適用于其他植物材料。( 1 ) 將 6 g 植物材料放入 4°C 預冷的研缽中，加入 50 ml 預冷的 TBS 緩沖液，研磨萃取蛋白質（見注釋 13)，接著 10000 g 離心萃取物 30 min，去
植物蛋白質組學和糖基化實驗（二）
刀豆球蛋白 A (ConA)- 過氧化物酶方法（根據參考文獻 20 修改的方法)。( 1 ) 通過 1D 或 2D 電泳分離，并轉移到硝酸纖維素膜上。( 2 ) 用 TTBS 緩沖液浸泡印跡膜 1 h。( 3 ) 將印跡膜在含有 ConA ( 25 μg/ml）的 TTBS 緩沖液中，室溫下溫育 2
植物蛋白質組學和糖基化實驗（三）
3. 糖基釋放后的蛋白質分析1 ) 糖基釋放的化學處理方法還原性氨化反可應選擇性的解離糖蛋白上的 O-糖苷（見注釋 10) 。去糖基化的蛋白用 1D SDS-PAGE 分析，將其遷移情況與其糖基化形式的蛋白進行比較，電泳遷移率的增加是 O-連糖苷出現在蛋白上的證據（見注釋 11)。( 1 ) 將 1
植物蛋白質組學和糖基化（二）
4. 注釋( 1 ) 每個實驗均使用新鮮的 3 mol/L 甲醇- HCl 和硅烷化試劑。( 2 ) 要仔細識別蛋白質印跡，因為 WGA 既能識別 N-糖苷的 GlcNAc，也能識別 O-GlcNAc。( 3 ) 用于在硝酸纖維素印跡膜上封閉結合位點的溶液應避免糖蛋白污染。所以我們建議在這一步驟中使
植物蛋白質組學和糖基化（一）
?1. 前言與其他真核細胞一樣，植物細胞中，糖基化通常發生在分泌蛋白質上，雖然在細胞質蛋白和核蛋白上也發現一些糖基化反應。根據寡糖部分和蛋白質骨架之間的連接方式，可將糖基化分為兩種類型：N -糖基化和 O-糖基化。植物中 N-糖基化研究最多。1.1 N-糖基化與其他真核細胞一樣，在植物細胞中，N-糖
植物蛋白質組學中的雙向電泳技術實驗（四）
3.3 第二向：多重垂直 SDS-PAGESDS-PAGE 可以在水平或垂直系統上進行 [29] 。水平設備適用于預制膠（ExcelGel SDS；Amersham Biosciences/ GE Healthcare) 。而垂直系統則應用于多塊膠平行進行的電泳中，尤其是大規模的蛋白質組分析
頑拗性植物組織的蛋白質組學研究實驗
頑拗性植物組織的蛋白質組學研究（苯酚法提取蛋白質）實驗材料植物組織 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?試劑、試劑盒苯酚 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
蛋白質組學實驗技術大全
每一個領域的發展都是基于技術的進步和革新，蛋白質組學亦然。蛋白質的可變性和多樣性等特殊性質導致了蛋白質研究技術遠遠比核酸技術要復雜和困難得多，但正是這些特性參與和影響著整個生命過程。在開始實驗之前，先看看這篇技術簡介吧。一?蛋白質與DNA相互作用在許多的細胞生命活動中，例如DNA復制、mRNA轉錄與
植物蛋白質組學中的雙向電泳技術實驗
試劑、試劑盒尿素裂解溶液 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? IPG 干膠條水化液 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
植物蛋白質組學中的雙向電泳技術實驗
試劑、試劑盒尿素裂解溶液IPG 干膠條水化液IPG 膠條平衡液SDS 凝膠緩沖液電極緩沖液儲液丙烯酰胺 甲叉雙丙烯酰胺溶液過硫酸銨溶液瓊脂糖溶液儀器、耗材等電聚焦儀IPGphor多重垂直 SDS 電泳儀實驗步驟3.1 第一向：在 IPG 膠條中進行等電聚焦（ IPG-IEF)采用 IPG ( IPG
2DE－蛋白質組學的－PROTICdb－數據庫實驗（四）
4. 質譜鑒定報告文件上傳PROTICdb 兼容以制表分隔的文本格式輸出的 Sequest 鑒定報告（見注釋 13) 。( 1 ) 為演示，訪問 http: //location 一 of/your/proticdb/home/demo. php。點擊? “formto? obtain? the
甜蜜而富有挑戰性的糖基化蛋白質組學研究
寫在前面的話：對于研究糖基化蛋白質組學的學者們來講，很多人喜歡用sweet這個詞來形容自己的研究課題。我個人也很喜歡這個單詞，這是一個讓人感到幸福而溫暖的詞語，會讓你對你的課題充滿了愛意。但回頭想想，當初懵懵懂懂讀到研究生，誤打誤撞進入蛋白質組學圈，好像也就是隨大流的主動抑或是被動選擇了博士階
植物蛋白質組學中的雙向電泳技術實驗（三）
使用 IPGphor 進行 IEF 的典型工作條件見表13-2和 表 13-3 。正如前文指出的那樣 ，為了使高分子質量的蛋白質更好地進入聚丙烯酰胺膠內，水化時應在膠條兩端加低電壓（30~50 V ) ，否則將給水化上樣造成困難[ 15，28] 。然后電壓逐步升高至 8000 V。如果 IP
植物蛋白質組學中的雙向電泳技術實驗（一）
試劑、試劑盒?尿素裂解溶液IPG 干膠條水化液IPG 膠條平衡液SDS 凝膠緩沖液電極緩沖液儲液丙烯酰胺 甲叉雙丙烯酰胺溶液過硫酸銨溶液瓊脂糖溶液儀器、耗材?等電聚焦儀 IPGphor多重垂直 SDS 電泳儀實驗步驟 3.1 第一向：在 IPG 膠條中進行等電聚焦（ IPG-IEF)采用 IPG (
植物蛋白質組學中的雙向電泳技術實驗（二）
2. 在平板儀器上進行 IPG-IEF ( Multiphor ll Unit)滿足下列條件時，水化后的 IPG 膠條可以直接放在 IEF 儀器的冷卻板上：① 如果運行時間不超過 12 h ( 經常發生在寬的或中等 pH 范 圍 IPG，如 IPG 3~10 或 4~7 ) 。② 如果 pH 梯
植物表型成像系統植物表型和植物表型組學的概念
植物表型分析是理解植物基因功能及環境效應的關鍵環節，隨著植物功能基因組學和作物分子育種研究的深入，傳統的表型觀測已經成為制約其發展的主要瓶頸，而高通量的植物表型組分析技術和植物表型組學研究是解決這一困境的有效途徑。雖然植物表型組分析正在成為國內外研究的熱點，相關概念仍然較為模糊，阻礙了這一新興學
實質等同性（轉錄組學）實驗（四）
3.9 芯片數據介紹對簡單的實質等同性實驗來說，一個比較轉基因系與對照之間基因表達的散點圖就已足夠了。文獻 [ 5 ] 中參與兩個實驗的樣品都標注在圖15. 2中。結果用 GeneSpring 軟件包顯示，繪制了每組比較小麥系之間每個基因成對的平均強度，并突出顯示少數感興趣的基因（統計上顯著
蛋白質組學揭示植物干旱脅迫的分子機制
?Significant and unique changes in phosphorylation levels of four leaf phosphoproteins in two apple rootstock genotypes under drought stress.干旱脅迫對
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（四）
無論是相對定量還是絕對定量方法,DIA很好地克服了DDA鳥槍法和SRM目標監測的種種不足, 在定量蛋白質組學中具有良好的應用前景。然而,目前DIA 方法的循環時間仍然較長,只能與納流液相聯用,并使用較長的梯度以獲得足夠的色譜峰寬,限制了DIA 的應用范圍。這也是DIA 技術下一步需要解決
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
實質等同性（蛋白質組學）實驗
實驗材料ESI-MSMALDI - MS試劑、試劑盒提取緩沖液儀器、耗材SDS- 聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗步驟眾所周知，在實驗室內和實驗室間難以保證雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳的重復性。在我們實驗室，強制性地要求嚴格遵守標準操作程序（sop ) , 以確保不同的操作者可以獲得可重復的分離結果。小麥白面粉樣品
實質等同性（蛋白質組學）實驗
實驗材料ESI-MSMALDI - MS試劑、試劑盒提取緩沖液儀器、耗材SDS- 聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗步驟眾所周知，在實驗室內和實驗室間難以保證雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳的重復性。在我們實驗室，強制性地要求嚴格遵守標準操作程序（sop ) , 以確保不同的操作者可以獲得可重復的分離結果。小麥白面粉樣品
實質等同性（蛋白質組學）實驗
實驗材料：ESI-MS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?MALDI - MS? 試劑、試劑盒：提取緩沖液儀器、耗材：SDS- 聚丙烯酰胺凝膠電泳 ? ? ???實驗步驟：眾所周知，在實驗室內和實驗室間難
蛋白質糖基化的檢測實驗——化學脫糖基化
實驗材料蛋白樣品試劑、試劑盒TFMS苯甲醚儀器、耗材玻璃器皿實驗步驟1. 在冰上預冷干凈、干燥的玻璃器皿。用帶有 Teflon-絲帽的玻璃試管混合試劑。2. 打開或混合試劑前，在冰上預冷所有的溶液。從冰冷的原液中，TFMS:苯甲醚 ( Sigma) 以 2:1 (v/v) 的比例混合。緩慢的向試管內
蛋白質糖基化的檢測實驗——酶脫糖基化
實驗方法原理用酶或化學脫糖基化、通過選擇性標記或通過凝集素親和層析法是檢測蛋白糖基化常用方法。實驗材料蛋白樣品試劑、試劑盒磷酸鈉緩沖液蛋白溶液β-巰基乙醇NP-40 溶液儀器、耗材SDS-PAGE玻璃器皿植物凝集素柱實驗步驟一、用 PNGaseF（N-多糖酶）處理1. 以 0.1 mol/L 磷酸鈉