GenBank數據庫概述(三)
結構: 1、 結構主頁 — 關于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃,另外也可以訪問分子模型數據庫(MMDB)和用來搜索和顯示結構的相關工具。 2、 MMDB:分子模型數據庫 — 一個關于三維生物分子結構的數據庫,結構來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brookhaven蛋白數據庫(PDB)三維結構的一部分,排除了那些理論模型。MMDB重新組織和驗證了這些信息,從而保證在化學和大分子三維結構之間的交叉參考。數據的說明書包括生物多聚體的空間結構,這個分子在化學上是如何組織的,以及聯系兩者的一套指針。利用將化學,序列,和結構信息整合在一起,MMDB計劃成為基于結構的同源模型化和蛋白結構預測的資源服務。MMDB的記錄以ASN.1格式存儲,可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage來顯示。另外,數據庫中類似的結構已經被用VAST確認,新的結構可以用VASTsearch來同數據庫進......閱讀全文
GenBank數據庫概述(三)
結構: 1、 結構主頁 — 關于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃,另外也可以訪問分子模型數據庫(MMDB)和用來搜索和顯示結構的相關工具。 2、 MMDB:分子模型數據庫 — 一個關于三維生物分子結構的數據庫,結構來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brook
GenBank數據庫概述(一)
1. GenBank屬于一個序列數據庫的國際合作組織,包括EMBL和DDBJ。是NIH遺傳序列數據庫,一個所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學實驗室的DNA數據庫共同構成了國際核酸序列數據庫合作。唯一人類基因序列集合(UniGene),人類基因組基因圖
GenBank數據庫概述(四)
NCBI站點地圖---其他基因組數據介紹:1、 小鼠基因組 1) 小鼠基因組資源向導 :把從各個中心來的各種小鼠相關的資源整合在一起,包括序列,圖譜,和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。 2) 小鼠基因組測序:小鼠基因組計劃的測序進展,HTG序列contigs(可以用大小和染色體號來瀏覽)由
GenBank數據庫概述(二)
FTP GenBank and Daily Updates:1. GenBank普通文件格式 — 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述,下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。 2. ASN.1格式 — 摘要句法記號1,國際標準組織(ISO)數據表示格式,下載
NCBI-GenBank數據庫的起源、功能和常遇問題及解答
GenBank數據庫功能為一、提交獲取的基因序列;二、查找已知基因的序列生物學特性信息,例如編碼區,科學命名等。那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢? GenBank數據庫起源 GenBank數據庫是1982年由美國國立生物技術信息中心(NCBI)建
Using-GenBank
GenBank(R) is a comprehensive database of publicly available DNA sequences for more than 205,000 named organisms and for more than 60,000 within t
Using-GenBank-for-Genomic-Authentication:-A-Tutorial
The GenBank? database is perhaps one of the most important repositories of genetic information. A researcher working in the field of genomic authe
-震驚!Genbank參考基因組序列多處錯誤!
?震驚!Genbank參考基因組序列多處錯誤! 隨著基因組測序技術的飛速發展以及測序成本的快速降低,全基因組數據也在急速增加。盡管參考基因組數據是非常有價值的資源,但是由于測序過程中的外源污染或者研究者對數據組裝方法的誤用,使得基因組數據面臨很多問題。 近日,約翰霍
核酸序列的檢索實驗
實驗方法原理掌握核酸序列檢索的操作方法;熟悉GenBank數據庫序列格式及其主要字段的含義;了解EMBL數據庫序列格式及其主要字段的含義;熟悉GenBank數據庫序列格式的FASTA序列格式顯示與保存;實驗材料電腦儀器、耗材筆記本筆實驗步驟1. ?使用Entrez信息查詢系統檢索核酸序列BC0608
生命科學國外重要數據庫
EMBL數據庫結構EMBL數據庫的基本單位也是序列條目,包括核甘酸堿基排列順序和注釋兩部分。序列條目由字段組成,每個字段由標識字起始,后面為該字段的具體說明。有些字段又分若干次子字段,以次標識字或特性表說明符開始,最后以雙斜杠“//”作本序列條目結束標記。條目的關鍵字包括ID(序列名稱),DE(序列
我國發現世界首例缺失型α地中海貧血突變基因
記者5日從廣西壯族自治區人民醫院獲悉,經過近2年的研究,該院檢驗科主管技師李友瓊等醫務人員發現了世界首例缺失型α地中海貧血突變基因,并于日前在美國DNA數據庫成功注冊。這一新突變基因的發現,不僅豐富了世界地中海貧血突變基因數據庫,同時為在臨床上避免地貧患兒的降生及科學研究提供了新的參考信息。
中國發現世界首例缺失型α地中海貧血突變基因
從廣西壯族自治區人民醫院獲悉,經過近2年的研究,該院檢驗科主管技師李友瓊等醫務人員發現了世界首例缺失型α地中海貧血突變基因,并于日前在美國DNA數據庫成功注冊。這一新突變基因的發現,不僅豐富了世界地中海貧血突變基因數據庫,同時為在臨床上避免地貧患兒的降生及科學研究提供了新的參考信息。 據介
RNAi技術專有名詞(2)
21.Homologous Chromosome:同源染色體一對染色體,分別來自父本和母本,染色體上有著相同的線性基因序列。 22.Recombinant Clone:重組克隆將不同來源的DNA片段合成在一個DNA分子中,這種技術稱為重組,得到的分子為重組克隆。 23.Ribonucleic
色譜法概述(三)
第十一課 離子色譜法?離子色譜法?離子色譜法是利用離子交換原理和液相色譜技術測定溶液中 陰離子和陽離子的一種分析方法。離子色譜是液相色譜的一種。離子色譜是利用不同離子對固定相親合力的差別來實現 分離的。離子色譜的固定相是離子交換樹脂,離子交換樹脂是苯乙烯- 二乙烯基苯的共聚物。樹脂核外是一層可離解的
層析技術概述(三)
柱層析的基本裝置及基本操作目前,最常用的層析類型是各種柱層析,下面就簡述柱層析的基本裝置及操作方法,薄層層析的裝置和操作將在后面詳細討論。1. 柱層析的基本裝置柱層析的基本裝置示意圖如圖3-3 所示:2. 柱層析的基本操作柱層析的基本操作包括以下一些步驟:⑴ 裝柱柱子裝的質量好與差,是柱層析法能否成
基因敲除技術概述(三)
2.1.2.2 誘導性基因敲除法誘導性基因敲除也是以Cre/loxp 系統為基礎,但卻是利用控制Cre 表達的啟動子的活性或所表達的Cre 酶活性具有可誘導的特點,通過對誘導劑給予時間的控制或利用Cre 基因定位表達系統中載體的宿主細胞特異性和將該表達系統轉移到動物體內的過程在時間上的可控性
血型與輸血概述(三)
4.分泌型:ABH抗原不僅存在于紅細胞膜上,月細胞,血小板及其它組織細胞上也可發現ABH抗原。事實上,組織細胞也能合成分泌可溶性ABH抗菌素原,所發ABH血型特異物質能在所有與ABH基因遺傳有關的分泌物中發現,而存在于許多體液中,職唾液、尿液、淚液、胃液、膽法、羊水、血清等,但腦脊液中沒有。這些
甘油三酯代謝概述
? 甘油三酯是人體內含量最多的脂類,大部分組織均可以利用甘油三酯分解產物供給能量,同時肝臟、脂肪等組織還可以進行甘油三酯的合成,在脂肪組織中貯存。 一、甘油三酯的分解代謝 脂肪組織中的甘油三酯在一系列脂肪酶的作用下,分解生成甘油和脂肪酸,并釋放入血供其它組織利用的過程,稱為脂動員。? 在這一
血液輻照儀概述(三)
劑量控制界面中顯示如下參數:1)???? 轉臺的位置、倉門的狀態、轉臺自轉和源上下運動狀態。2)???? 輻照劑量輸入區域。用手指觸摸cGy前面的方框處,可彈出一小數字鍵盤,通過鍵盤可設置輻照劑量,當輸入完畢后,按小鍵盤上的“Ent”鍵,即可預置劑量,輸入完畢后,右邊預置劑量處,可進行所設劑量的顯示
安全輸血概述(三)
8、新克—雅氏病:本病首先在英國發現的人腦海綿體病,經瘋牛病病牛組織污染的食物傳播給人。由于已在病人或病牛的淋巴組織和血液中發現其病原體,并在動物實驗中證實其可經輸血傳播。所幸至今在人類尚無證據證明其可經輸血傳播。美國、加拿大和香港已發出禁令:在英國居留六個月以上者不能參加獻血。英國、加拿大、葡萄牙
生物信息學應用:序列分析,電子克隆等初探
生物信息學可指利用信息技術管理和分析生物學數據。這就意味著生物信息學所涉及的范圍相當廣泛,從人工智能、機器人一直到基因組(genome)分析。就基因組分析這一角度來看,生物信息學主要是指核酸和蛋白質序列數據的計算機處理和分析。近年來,蛋白質結構數據的快速增長,使蛋白質三維結構的處理分析也歸入到生物信
三角試驗的概述
三角試驗是對肩峰、肱骨大結節、喙突三個部位進行檢查,檢查是否為等腰三角形,提示肩關節脫位、肱骨外科頸骨折、肩峰骨折和喙突撕脫性骨折等疾病。
三合診的概述
三合診就是經直腸、陰道、腹部聯合檢查。一般用食指進陰道,中指進直腸,另手置下腹部協同觸摸。這種方法可以查清骨盆腔較后部及子宮直腸窩的情況。
TC熱電偶概述(三)
三種貴金屬材料熱電偶都適合高溫下且高精度的工控環境中使用,如塑料制作成型、高精度模具制造、化工所用的催化劑等,不屬于常用熱電偶類型。K型抗氧化性能強,比較適合在氧化性、惰性氣氛中連續使用,在所有熱電偶中使用最廣泛;J型可用于氧化性氣氛,也可用于還原性氣氛,并且耐H2及CO氣體腐蝕,多用于化工及煉油;
三白草科的概述
三白草科(Saururaceae),多年生草本植物,高從15厘米到60厘米左右。具有蔓延的根莖,葉子通常呈現心型狀。花成穗狀。一般來說,該種植物都生長在水田,路邊旁或林蔭濕地。原生于東亞和北美,包括4屬共6種植物[1]。4屬,約7種,分布于亞洲東部和北美洲。我國有3屬,4種,主產中部以南各省區。
三分七的概述
三分七(學名:Anisodus acutangulus var. breviflorus)是茄科山莨菪屬三分三的變種。分布于中國大陸的云南、四川等地,生長于海拔2,890米至3,100米的地區,一般生長在林緣、荒地、灌木草叢中以及田邊石堆中,目前尚未由人工引種栽培。
概述核苷三磷酸的代謝
鑒于它們在細胞中的重要性,核苷三磷酸的合成和降解受到嚴格的控制。本概述著重于人類核苷三磷酸代謝,但該過程在物種間是相當保守的。三磷酸核苷不能被很好地吸收,因此所有的核苷三磷酸鹽通常是從頭合成的。ATP和GTP(嘌呤)的合成不同于CTP、TTP和UTP(嘧啶)的合成。嘌呤和嘧啶合成都使用磷酸核糖焦
脂肪酸代謝概述(三)
? 3.軟脂酸的生成 軟脂酸的合成實際上是一個重復循環的過程,由1分子乙酰CoA與7分子丙二酰CoA經轉移、縮合、加氫、脫水和再加氫重復過程,每一次使碳鏈延長兩個碳,共7次重復,最終生成含十六碳的軟脂酸(圖5-16)。 在原核生物(如大腸桿菌中)催化此反應的酶是一個由7種不同功能的酶與一種酰基
三葉委陵菜的概述
三葉委陵菜(植物拉丁名:PotentillafreynianaBomm.),中藥名,別名三爪金、地蜘蛛,為薔薇科委陵菜屬植物三葉委陵菜的全草。味苦,性微寒。[1] 三葉委陵菜具有清熱解毒、散瘀止血的功效,常用于骨結核、口腔炎、瘰疬、跌打損傷、外傷出血等病癥。《常見混淆中草藥的識別》有記載:“清
血清甘油三酯的概述
中文名稱: 血清甘油三酯 英文名稱: TG 化驗介紹: 血酯的含量可隨膳食的改變而改變,而且變動范圍很大。另外其含量隨年齡增長而上升,尤其是體重超過標準的中老年人往往偏高。