FTP GenBank and Daily Updates：
1. GenBank普通文件格式 — 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
2. ASN.1格式 — 摘要句法記號1，國際標準組織（ISO）數據表示格式，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。
3.
FASTA格式 —
定義行號后只跟隨序列數據（示例），參見描述數據庫的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸數據庫，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST,
STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白質），est.Z, gss.Z, htg.Z,
sts.Z,和其它文件。
分子數據庫：
1. 核酸序列
1、 Entrez核酸： 用accession
number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術語來搜索核酸序列記錄（在GenBank +
PDB中）。更多的關于Entrez的信息見下。如果要檢索大量數據，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
2、
RefSeq ： NCBI數據庫的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNA
contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx,
NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。
3、 dbEST ：表達序列標簽數據庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列。也包括來自于差異顯示和RACE實驗的cDNA序列。
4、 dbGSS ：基因組調查序列的數據庫，短的、單次（測序）閱讀的cDNA序列，exon trap獲得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
5、 dbSTS ：序列標簽位點的數據庫，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產生作圖位點。
6、 dbSNP ：單核苷酸多態性數據庫，包括SNPs，小范圍的插入/缺失，多態重復單元，和微衛星變異。
2. 完整的基因組 ：
1、 參見下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，瘧原蟲，細菌，病毒，viroids，質粒。
2、
發UniGene ：
被整理成簇的EST和全長mRNA序列，每一個代表一種特定已知的或假設的人類基因，有定位圖和表達信息以及同其它資源的交叉參考。序列數據可以以cluster形式在Unigene網頁下載，完整的數據可以從FTP站點repository/UniGene目錄下下載。
1) 人類：UniGene
2) 小鼠：UniGene
3) 大鼠：UniGene
4) 斑馬魚：UniGene
3、 BLAST ：將你的序列同核酸庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細的信息見下面Tools/Sequence相似搜索部分）
蛋白序列 ：
1、
Entrez蛋白 ：用accession
number,作者姓名，物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術語來搜索蛋白序列記錄（在GenPept + Swiss-Prot + PIR +
RPF + PDB中）。更多的關于Entrez的信息見下。如果要檢索大量數據，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
RefSeq — NCBI數據庫的參考序列。Curated, 非冗余集合包括基因組DNA
contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在將來，整個的染色體。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx,
NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式來表示。 FTPGenPept —
下載“genpept.fsa.Z”文件，這個文件包含了從GenBank/EMBL/DDBJ記錄中翻譯過來的FASTA格式的氨基酸序列，這些記錄都有一到兩個CDS特性的描述。
2、 完整基因組 ：參見下面Genome和Maps部分，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲，瘧原蟲，細菌，病毒，viroids，質粒。
1)
Entrez基因組
：提供了一個編碼區的概要和各種物種的分類表（TaxTable）。編碼區概要列出了在基因組中所有的的蛋白，并提供鏈接到FASTA文件和BLAST。分類表總結了蛋白BLAST分析的結果，建議他們的可能功能，并用顏色編碼的圖來顯示物種同其它物種之間的關系（參見下面''''Genomes和Maps,''''部分Entrez基因組的一般描述）
2) FTP基因組蛋白 ：從ftp站點的genbank/genomes目錄下下載各種物種的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。參見readme文件。蛋白表也可以在Entrez基因組中看到。
3、 PROW ： Web上的蛋白資源，關于大約200種人類的CD細胞表面分子的簡短官方向導。互相檢索，為每個CD抗原提供大約20中標準信息的分類（生化功能，配體，等等）
4、 BLAST ： 將你的序列同蛋白庫中的的序列比較，檢索相似的序列。（更詳細的信息見下面Tools/Sequence相似搜索部分）