首個野生大豆高質量參考基因組被解析
近日，香港中文大學林漢明教授團隊及華大基因等多家國內外機構合作完成了全球首個野生大豆高質量參考基因組解析，該成果為挖掘野生大豆遺傳資源和改良、優化栽培大豆品種提供了重要工具。相關研究成果近日在線發表于《自然-通訊》。圖片來源于網絡 基因組信息是當前作物改良計劃的重要基礎。過往大豆基因組研究主要依賴美國科學家完成的栽培大豆Williams 82 的參照基因組進行，未能深入研究野生大豆獨有的基因信息。雖然有野生大豆的基因組測序報告，但組裝成的基因組包括大量碎片段，具有可讀的基因序列連續性低，未有高質量、可作為野生大豆參考基因組的產生。 “大豆的基因組含大量的重復區，組裝時困難重重，我們整合了幾種最新測序方法產生的大量數據，才最終把問題解決。”林漢明告訴《中國科學報》。 他帶領的團隊在2010年率先完成了31個野生大豆和栽培大豆的測序，說明野生大豆的生物多樣性和基因組研究對了解大豆的重要性；隨后在2014年首次成功利用基因測......閱讀全文
首個野生大豆高質量參考基因組被解析
近日，香港中文大學林漢明教授團隊及華大基因等多家國內外機構合作完成了全球首個野生大豆高質量參考基因組解析，該成果為挖掘野生大豆遺傳資源和改良、優化栽培大豆品種提供了重要工具。相關研究成果近日在線發表于《自然-通訊》。圖片來源于網絡 基因組信息是當前作物改良計劃的重要基礎。過往大豆基因組研究主要
香港中文大學等解析全球首個野生大豆高質量參考基因組
香港中文大學林漢明團隊和華大基因等多家機構合作，完成全球首個野生大豆高質量參考基因組解析。該成果為挖掘野生大豆遺傳資源和改良、優化栽培大豆品種提供了重要依據。相關成果近日在線發表于《自然—通訊》。 “大豆的基因組含有大量重復區，組裝時困難重重。我們整合了幾種最新測序方法產生大量數據，才最終把問
我國率先構建野生大豆泛基因組
中國農業科學院作物科學研究所與諾禾致源等合作，在國際上率先構建和分析了一年生野生大豆的泛基因組，為作物種質資源研究和利用提供了新的方法和啟示。該研究成果9月14日在線發表于國際著名學術期刊《自然—生物技術》。 項目牽頭人、中國農科院作科所研究員邱麗娟介紹，大豆是重要的油料和高蛋白糧飼兼用作物。
大豆基因組重測序表明:野生大豆遺傳多樣性更高
“中原有菽，庶民采之。”五千年前，華夏始祖將野生大豆馴化，變成今天的“五谷”之一。而今，一項被稱為“大豆回家”的基因組研究計劃在其故鄉中國取得突破。 11月15日，由香港中文大學、華大基因研究院、農業部基因組重點實驗室、中國農業科學院等單位合作完成的《31個大豆基因組重測序揭示遺傳多樣性和
我國科學家獲多年生野生大豆高精度基因組圖譜
日前，國際植物學領域著名期刊《自然—植物》在線發表了山東農業大學張大健教授課題組在大豆基因組研究領域取得的新成果。該團隊首次獲得了多年生野生大豆的高精度基因組圖譜，填補了大豆屬泛基因組的空白，解析了大豆進化歷程，高效準確挖掘了大豆基因組的結構變異，拓寬了大豆分子育種可利用的基因資源，為大
大豆“走失”的基因“回家”了
左上為栽培大豆種子，其余為多年生野生大豆種子。山東農大供圖?多年生野生大豆植株? ? ? ? ? ?山東農大供圖從又黑又小的野生大豆，到又黃又大的栽培大豆，3月15日《自然—植物》在線發表的論文證實，在這個過程中丟失了約70%的基因位點。現在，科學家讓這些豐富的遺傳資源“回家”了。論文通訊作者、山東
馮獻忠課題組等在大豆基因組解析研究中取得進展
中國科學院東北地理與農業生態研究所研究員馮獻忠課題組等選擇1份東北野生大豆、7份我國代表性栽培種，結合平均50×的三代測序和Hi-C測序，組裝了高質量大豆參考基因組。組裝的8個大豆基因組大小范圍為986.1-1001.3Mb，Contig N50=1.4-6.1Mb，BUSCO完整性評估為96.
首個葡萄完整參考基因組發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503617.shtm近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所作物組學大數據與應用創新團隊聯合國外科研團隊，繪制了首個葡萄完整參考基因組圖譜。研究成果以封面文章發表在《園藝研究》（Horticulture
首個葡萄完整參考基因組發布
記者從中國農科院獲悉， 該院的深圳農業基因組研究所作物組學大數據與應用創新團隊聯合國外科研團隊，于近日繪制了首個葡萄完整參考基因組圖譜。 該研究成果作為封面文章發表在《園藝研究（Horticulture Research）》上，以致敬沃森和克里克提出DNA雙螺旋結構模型七十周年。 據介紹，該
科學家通過對野生大豆基因研究發現新型耐鹽基因
由香港中文大學、華大基因等單位聯合完成的野生大豆W05的全基因組測序工作，通過對野生大豆重要農業性狀關聯基因研究，發現了新的耐鹽基因。7月10日，最新研究成果于《自然通訊》雜志在線發表。 大約6000至9000年前，我國就開始進行野生大豆的馴化。馴化過程中，大豆的栽培種丟失了很多與環境適應相關
我國已完成31個大豆基因組重測序
由香港中文大學、華大基因研究院、農業部、中國科學院等單位合作的“大豆回家”項目研究成果，“31個大豆基因組重測序揭示遺傳多樣性和進化選擇模式”11月14日在國際著名雜志《自然—遺傳學》上在線發表。 該研究首次對野生大豆和栽培大豆全基因組進行了大規模遺傳多態性分析，為全球大豆的遺傳學研
－震驚！Genbank參考基因組序列多處錯誤！
?震驚！Genbank參考基因組序列多處錯誤！ 隨著基因組測序技術的飛速發展以及測序成本的快速降低，全基因組數據也在急速增加。盡管參考基因組數據是非常有價值的資源，但是由于測序過程中的外源污染或者研究者對數據組裝方法的誤用，使得基因組數據面臨很多問題。 近日，約翰霍
Nature：系統解析斑馬魚參考基因組
斑馬魚(Zebrafish)是研究發育生物學的新興模式動物。斑馬魚由于具有飼育容易、胚胎透明、體外受精、突變種多、遺傳學工具成熟等諸多優點，近年來已成為研究脊椎動物發育與人類遺傳疾病的新興模式動物。 近日，英國桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)
高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析完成
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支撐。
單分子測序輕松升級參考基因組
現代基因組學的最大需求之一，就是得到人類和模式生物的高質量完成基因組。目前，人們利用二代測序技術對越來越多的物種(從原核生物到真核生物)進行了基因組測序，取得了許多重要的研究成果。 不過大部分物種的基因組還中存在有大量的缺口gap，就目前的數據來說，各種已測序物種的基因組中缺口gap所占的
一種全新的人類參考基因組
人類基因組計劃是人類最偉大的勝利之一。這項計劃所產生的基因組圖譜也成為參考基因組，沿用至今。然而，據MIT Technology Review報道，一些研究人員認為這種方法已經過時了。 如今，科學家正在醞釀一種新的通用圖譜。他們表示，這將結合數百人甚至數千人的基因組來創造一個能反映全人類的真正
染色體水平冬瓜參考基因組發布
近日，廣東省農業科學院蔬菜研究所發布了染色體水平冬瓜參考基因組。相關研究發表于Scientific Data，廣東省農業科學院蔬菜研究所副研究員羅文龍和副研究員閆晉強為該論文共同第一作者，廣東省農業科學院蔬菜研究所研究員江彪為通訊作者。廣東省農業科學院蔬菜研究所于2019年對黑皮大冬瓜B227進行基
我國科研團隊發布水稻完整參考基因組
水稻是重要的糧食作物，其基因組組裝對水稻育種意義重大。23日，記者從中國農業科學院深圳農業基因組研究所獲悉，該所聯合崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要
無缺口組裝！水稻完整參考基因組發布
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合海南崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要大數據基礎。相關研究成果發表在《分子植物》（Molecular
染色體級別的銀杏參考基因組公開
銀杏果實 曹福亮供圖 作為裸子植物銀杏綱唯一的孑遺物種，銀杏不僅具有特殊的科學研究價值，而且具有重要的應用價值。 近日，南京林業大學聯合中國農業科學院農業基因組研究所在《自然—植物》在線發表了染色體級別的銀杏參考基因組，是目前已發表的組裝質量最高的裸子植物參考基因組。 論文共同通訊作者、中國工
我國牽頭完成高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支
破譯對蝦基因組－獲國際首個高質量對蝦基因組參考圖譜
由中國科學院海洋研究所相建海和李富花研究組主導的研究團隊，與國內外多家單位共同合作，歷時十年成功破譯凡納濱對蝦基因組，獲得國際首個高質量對蝦基因組參考圖譜，研究成果于1月21日在《自然-通訊》（Nature communications）在線發表，為甲殼動物研究及對蝦基因組育種和分子改良提供了重
研究揭示我國大豆馴化改良進化史
近日，中國農業科學院作物科學研究所大豆優異基因資源發掘與創新利用團隊聯合國內外科研機構，通過解析大豆地理擴張與育種的全基因組特征，提出大豆進化路線，發掘了大豆不同進化階段受到選擇的候選基因，并從中克隆了一個重要的開花基因GmSPA3c。近日，研究成果在線發表于《中國科學：生命科學》（SCIENC
高精度亞洲豬參考基因組圖譜繪制成功
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所動物基因工程與種質創新科技創新團隊聯合北京相關生物企業等單位成功繪制了梅山豬高質量基因組圖譜。該圖譜是迄今為止精度最高的亞洲豬基因組圖譜，為我國地方豬種質資源保護和開發利用奠定了基礎。相關成果發表于《分子生態資源（Molecular Ecology Reso
全球首個個人參考基因組服務計劃（PRGSP）正式啟動
北京時間2018年3月31日晚間，北京希望組生物科技有限公司（以下簡稱“希望組”）在南京舉行的第五屆NGS創新開發者大會，與北京基云惠康科技有限公司（以下簡稱“基云惠康”）共同宣布啟動“個人參考基因組服務計劃（Personal Reference Genome Service Project）”
我國學者攻破高質量角苔參考基因組
苔蘚類包括苔、蘚和角苔三大分支，是現存最早的陸生植物，代表了植物演化過程中從水生到陸生的過渡類群。長久以來關于早期陸地植物的起源與植物登陸一直存在諸多爭論和未解之謎。近年來，人們利用組學數據將早期陸地植物的系統位置爭論聚焦到了角苔類上。角苔類以其難解的系統位置、衍生與原始兼具的形態特征、與細菌和
PacBio構建目前最高質量的植物基因組參考序列
來自中科院遺傳與發育生物學研究所，四川農業大學的研究人員發表了題為“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，對一個秈稻基因組蜀恢498（R498）進行PacBio單分子測序，結合遺傳圖譜和
水生所發布高質量AB品系斑馬魚參考基因組
斑馬魚是生命科學、健康科學和環境科學等研究領域的重要模式生物之一。常見的兩種實驗室斑馬魚品系分別是Tubingen品系和AB品系。其中，AB品系斑馬魚被國內外很多實驗室作為研究對象。然而，卻缺乏一個高質量的AB品系斑馬魚參考基因組。 由于不同品系斑馬魚來源不同，各品系之間存在著大量基因序列上的
Frontiers－in－Genetics首個非性逆轉黃鱔高質量基因組參考圖譜
中國水產科學研究院長江水產研究所水產養殖與遺傳育種研究室科研人員在國際期刊《遺傳學前沿》（Frontiers in Genetics）發表題為《Chromosome-Scale, Haplotype-Resolved Genome Assembly of Non-Sex-Reversal Fem
大豆進化與馴化表觀遺傳調控規律獲揭示
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454973.shtm 近日，南京農業大學多倍體團隊在《植物細胞》上發表研究論文。該研究整合三維基因組、染色質可及性、組蛋白修飾、DNA甲基化和轉錄組，深入解析了在大豆多倍化、二倍化與人工馴化過程中，三