Cell重磅發布15萬人體微生物基因組！揭示微生物新物種
微生物宏基因組是當今世界最熱門的科研領域之一。越來越多的研究表明，人體微生物發揮著重要的健康作用，但大部分多樣性仍未得到充分探索，尤其是在除腸道以外的身體部位及非西方人群。 在今日發表在Cell期刊的一項研究中，由意大利特倫托大學Nicola Segata領導的研究團隊利用來自不同地理位置、生活方式和年齡人群的9,428個宏基因組，突破性地重建了154,723個人體微生物基因組（45％高質量），其中很多代表了此前未發現的新物種。值得關注的是大多數新發現的微生物存在于在非西方化人群中。此外，研究揭示了近5,000個菌種水平的基因組分箱（species-level genome bins，SGBs），其中約77％是全新的。研究人員在SGBs中注釋大量基因，其中許多與嬰兒發育或西方化有關，進一步拓展了對全人類微生物組的理解和認知。研究人員表示，這一發現重新定義了科學家對人類微生物群的理解，并可能有助于了解過敏、自身免疫性疾病和其......閱讀全文
宏基因組及宏轉錄組測序揭示極端環境微生物的生態學作用
中山大學與千年基因合作應用宏基因組及宏轉錄組測序對極端環境酸性礦山廢水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落進行研究，相關成果于11月7日發表于The ISME Journal雜志。 本研究是繼2012年11月發表于The ISME Journal雜志的微生物群落多樣
華大基因完成腸道微生物基因組關聯分析
從物種、功能及生態群落上展示腸道微生物與結直腸腺瘤及結直腸癌的關聯特征，這是深圳華大基因研究院、奧地利因斯布魯克醫科大學、奧本多夫醫院、丹麥哥本哈根大學、華南理工大學等多家單位最新的聯合取得的科研進展。3月11日，國際學術期刊《自然通訊》雜志發表了這項研究成果。該研究對結直腸腺瘤、結直腸癌的早期
迄今最久微生物基因組草圖出爐
英國《自然》雜志日前在線發表的一項演化學研究報告，近乎完整地構建出了一種口腔細菌的基因組，這個有48000年歷史的微生物的基因組，是迄今為止歷史最悠久的微生物基因組草圖，研究同時揭示了尼安德特人的飲食結構。 尼安德特人的DNA序列和現代人類的DNA序列非常相似。他們是現代歐洲人祖先的近親，從1
華大基因參與全球最大微生物基因組研究項目
華大基因3月22日宣布將參與全球最大微生物基因組研究項目EarthMicrobiomeProject(簡稱“EMP”)，將負責EMP亞洲地區所有樣本的收集和鑒定，并對整個項目提供DNA提取、擴增、建庫、宏基因組測序，以及研發生物信息學分析流程所需的計算資源。 EMP將對來自全球的20萬個樣本進
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
全球微生物模式基因組測序計劃獲進展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在線發表了國家微生物科學數據中心（中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心）關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的論文。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。 模式菌株（t
青藏高原水生微生物基因組和基因目錄初步建立
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517774.shtm 中國科研人員搜集來自青藏高原濕地、淡水湖、鹽水湖、河流、溫泉和冰川等六種水生生態系統的498個水體環境DNA樣本，并進行宏基因組測序，初步建立了青藏高原水生微生物基因組和基因目錄
微生物所等發表植物基因組編輯研究綜述
序列特異性核酸酶使得基因組編輯成為可能，快速推動了基礎和應用生物學的發展。CRISPR-Cas9系統自出現以來，作為可轉化植物的基因組編輯工具已得到廣泛應用。CRISPR-Cas9對基因組靶位點進行定向切割，造成DNA雙鏈斷裂。DNA雙鏈斷裂主要通過兩種高度保守的機制進行修復，即非同源末端連接(
宏基因組學：查明微生物身份新手段
背景 《美國醫學會雜志》(JAMA)近期刊發了一篇題為《利用不需培養的宏基因組學測序技術研究產志賀毒素大腸桿菌O104∶H4暴發株》的研究論文，引起了學界和社會的廣泛關注。這篇論文中應用了一種稱為“宏基因組學”的技術方法，不通過培養，直接從病人樣品中檢測分析其攜帶的病原微生物，甚至可以
微生物宏基因組測序可以解釋地球氮循環？
微生物（細菌和古細等）是全球生物地球化學循環的重要驅動者。闡明微生物生物地理分布及其驅動過程對于預測環境變化將如何影響生物地球化學循環非常重要。以往微生物生物地理學的研究常常聚焦在物種的層面。然而，越來越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能變化通常與其物種組成變化是解耦
口腔、腸道微生物菌群元基因組關聯分析
2015年7月28日，北京協和醫院和華大基因等機構的研究人員共同合作完成了類風濕關節炎（RA）口腔和腸道微生物元基因組研究。本項研究揭示口腔和腸道微生物菌群異常是RA病理生理和疾控的重要環節，并且為元基因組學輔助的RA個性化診療方案提供基礎。研究成果于今日發表在《自然醫學》雜志。 RA是一種致
研究人員構建人類陰道微生物基因組庫
6月21日，深圳市寶安中醫院（集團）副院長黃鏈莎、轉化醫學中心助理研究員孫文與大連醫科大學副教授鄢秋龍等課題組的最新合作成果發表于《自然—微生物學》。人類女性陰道是一個包括細菌、真菌和病毒在內的復雜微生態系統，各微生物之間是相互制約、相互作用、相互依賴、對立統一的關系，其間的平衡關乎女性生殖健康及胎
“萬種微生物基因組計劃”在深圳啟動
由深圳華大基因研究院聯合中國微生物領域頂尖研究機構、院校和企業組成的“萬種微生物基因計劃”，八月一日在深圳啟動。 據悉，該計劃是深圳華大基因研究院在“國際千人基因組計劃”后啟動的又一重大基因組計劃，目前該計劃的地位為亞洲第一、世界第三。 該計劃預計在三年內完成一萬種微生物物種全基因組
誰在先？“雞基因組”和“雞蛋基因組”
是先有雞還是先有雞蛋？這個問題相當惱人，恐怕很難說清楚。現在，研究人員回答了與這個問題一樣惱人的問題：是人類基因組中的成千上萬的長重復DNA片段中，那個是第一個產生的？那些被復制了？ 這個答案發表在10月7日的《自然·遺傳學》雜志上。該研究給出了人類基因組中DNA重復片段復制的第一個進化證據，這種
基因組測序
如果樓主指的是人類基因組計劃，那時用的方法叫做雙脫氧終止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成過程中，DNA聚合酶能夠使用ddNTP(雙脫氧核苷酸）來作為原料，但它的反應會在加入ddNTP的時候終止。具體實驗是通過PCR來完成的，但與普通PCR不同，它只需要一個引物而不是一對。在4個相同的
葉綠體基因組
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能的重要細胞器，葉綠體中進行的光合作用是嚴格地受到遺傳控制的。早在20世紀初，人們就已知葉綠體的某些性狀是呈非孟德爾式遺傳的，但直到60年代才發現了葉綠體DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。葉綠體基因組是一個裸露的環狀雙鏈DNA分子，其大小在1
動物、植物、微生物中提取高質量的基因組DNA
基因組DNA的提取通常用于構建基因組文庫、Southern雜交(包括RFLP)及PCR分離基因等。利用基因組DNA較長的特性,可以將其與細胞器或質粒等小分子DNA分離。加入一定量的異丙醇或乙醇，基因組的大分子DNA即沉淀形成纖維狀絮團飄浮其中, 可用玻棒將其取出，而小分子DNA則只形成顆粒狀沉淀
我國科學家參與全球最大微生物基因組研究項目
近日，深圳華大基因研究院宣布，我國科學家將參與全球最大微生物基因組研究項目，對來自全球的20萬個樣本進行環境DNA測序或宏基因組測序，從而建立一個全球性的基因圖譜，并承擔核心工作。該項目旨在全方位、系統性研究全球范圍內微生物群落功能及進化多樣性，以便更好地造福社會及人類。 與以往的微
中美攜手合作“十萬食源性病原微生物基因組計劃”
5月28日，北京諾賽基因組研究中心（國家人類基因組北方研究中心）、北京師范大學、中國科學院微生物研究所與美國加州大學戴維斯分校在北京師范大學就“十萬食源性病原微生物基因組計劃”達成合作協議。據悉，中美雙方將共同參與十萬食源性病原微生物基因組計劃的研發，建立重要的食源性致病微生物基因序列綜合數據庫
動物、植物、微生物中提取高質量的基因組DNA
概 述 基因組DNA的提取通常用于構建基因組文庫、Southern雜交(包括RFLP)及PCR分離基因等。利用基因組DNA較長的特性,可以將其與細胞器或質粒等小分子DNA分離。加入一定量的異丙醇或乙醇，基因組的大分子DNA即沉淀形成纖維狀絮團飄浮其中, 可用玻棒將其取出，而小分子DNA則
－千山藥機擬控股宏灝基因－相中基因檢測技術
千山藥機3月13日晚間公告，擬出資3818萬元收購宏灝基因41.5%股權，后對其增資2142萬元，完成后公司持有宏灝基因52.57%的股份，成為該公司的控股股東。 宏灝基因成立于2004年，主營III類醫療器械：6840體外診斷試劑生產銷售;藥品、生物試劑研究;基因健康咨詢服務等，截至20
紀宏斌《自然》發現新抑癌基因
來自美國波士頓和北卡羅萊納州的研究人員合作發現一種特殊的基因能夠抑制小鼠肺癌進程的關鍵步驟。研究人員將這些發現公布在8月5日的《自然》雜志的網絡版上。這種叫做LKB1的基因在小鼠中不但是非小細胞肺癌的一種腫瘤抑制基因，而且其功能還可能比其他已知的抑制因子更加強大。? 原文檢索：Nature 44
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
GenomeResearch發表基因組研究新發現基因組
多倫多大學的科學家們發現，作為基因組看門人的C2H2-鋅指蛋白（C2H2-ZF）實際上肩負著更加多樣化的職責。這項發表在Genome Research雜志上的研究，有助于我們更準確地解讀個人基因組。C2H2-ZF有大約七百個成員，是規模最大的一種人類蛋白。然而，人們對這些蛋白一直知之甚少。C2H2-
Cell重磅發布15萬人體微生物基因組！－揭示微生物新物種
微生物宏基因組是當今世界最熱門的科研領域之一。越來越多的研究表明，人體微生物發揮著重要的健康作用，但大部分多樣性仍未得到充分探索，尤其是在除腸道以外的身體部位及非西方人群。 在今日發表在Cell期刊的一項研究中，由意大利特倫托大學Nicola Segata領導的研究團隊利用來自不同地理位置、生
中國新生兒基因組、胚胎基因組計劃啟動
為從根本上實現新生兒遺傳病的早發現、早診斷、早干預，7日，中國遺傳學會遺傳咨詢分會聯合復旦大學附屬兒科醫院在上海發起中國新生兒基因組計劃。 中國新生兒基因組計劃將在未來的5年內開展10萬例樣本的新生兒基因檢測，旨在構建中國新生兒基因組數據庫，建立新生兒遺傳病基因檢測標準，促進新生兒遺傳病基因檢
《基因組研究》：首張貓基因組草圖繪就
貓是研究人類失明和艾滋病模型之一，因此測序結果大有用處 一只名為“肉桂”（Cinnamon）的4歲雌性阿比西尼亞貓有幸成為第一只完成基因組測序草圖的貓。它也因此加入了包括狗、小鼠、大鼠以及黑猩猩等在內的基因組“俱樂部”。相關論文11月1日在線發表于《基因組研究》（Genome Research）雜
動物、植物、微生物中提取高質量的基因組DNA（二）
5. 仔細移取上清液至另一50ml離心管,加入1倍體積異丙醇,混勻,室溫下放置片刻即出現絮狀DNA沉淀。 6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用鉤狀玻璃棒撈出DNA絮團,在干凈吸水紙上吸干,轉入含TE的離心管中,DNA很快溶解于TE。 7. 如DNA不形成絮狀沉淀,則可用500