引物退火溫度
一般低4、5度就好了。如果你用軟件設計的引物,比如oligo6什么的,它會在tm之外給你一個operate t,就是操作溫度,用這個就好了。......閱讀全文
引物退火溫度
一般低4、5度就好了。如果你用軟件設計的引物,比如oligo6什么的,它會在tm之外給你一個operate t,就是操作溫度,用這個就好了。
引物的熔解溫度與退火溫度
primer的一個重要參數是熔解溫度(Tm)。這是當50%的primer和互補序列表現為雙鏈DNA分子時的溫度.Tm對于設定PCR退火溫度 是必需的。在理想狀態下,退火溫度足夠低,以保證primer同目的序列有效退火, 同時還要足夠高,以減少非特異性結合。合理的退火溫度從55℃到70℃。退火溫度一般
根據引物合成單如何設定PCR退火溫度?
問題:引物單上數據如下上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%)Tm(1M Na+):68.2Tm(50mM Na+):46.6下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%)Tm(1M Na+):66.2Tm(50mM Na+):44.6順便問下大家,Tm(1M
根據引物合成單如何設定PCR退火溫度?
PCR退火溫度應如何設置? 問題:引物單上數據如下 上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%) Tm(1M Na+):68.2 Tm(50mM Na+):46.6 下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%) Tm(1M Na+):
退火溫度與引物的TM值有什么聯系
退火溫度與引物的TM值的關系主要和DNA聚合酶與其buffer有關。有些退火溫度要比TM低5度、3度,有些還會高3度,有些是一模一樣的。主要參考不同公司所生產的DNA聚合酶的說明書。
shrna引物退火原理
1. 載體取2-5ug,在25ul體系中,用2.5ul的酶切30min-1h,回收載體:載體:---2ul(2-5ug)酶---------2.5ulBuf--------2.5ul水---------18ul回收的時候希望濃度高點。2. Oligo退火形成雙鏈若為2OD=5.4nmol的話,則每個
為什么引物中GC含量越高,需要設定更高的退火溫度?
GC堿基互補配對時形成三個氫鍵,非特異性配對后需要較高的溫度才能打開氫鍵,從而促進特異性配對。
tm值與退火溫度
我用primer 5設計出來的Tm值從來都是直接當退火溫度用。用引物primer-blast的話我都是直接貼序列上去。有其他菌的匹配很正常,有些進化親緣性很近的,只要在同一物種中沒有匹配上的問題應該不大!
梯度PCR退火溫度的設計
溫度梯度PCR是指在退火溫度不太明確時,為了找到最優退火溫度,在一臺PCR儀上同時做多管PCR,每一管放在儀器?內不同列(有的是不同行)上,分別進行PCR(如50℃~60℃可以分6管,分別為50,52,54,56,58,60度),最后看看哪個溫度的效果最好。總之是用來進行退火溫度優化的。
PCR的退火溫度怎么設定
PCR中退火的那步是引物與模板結合,一般來說,退火溫度比Tm值要低上5度左右。另外,也可以根據你設計引物的軟件比如primer5.0或Olige 6 推薦的溫度。但這些都不是絕對的。你要是在他的推薦溫度下沒有目的條帶,你可以試試做一個溫度梯度,摸索一下退火溫度。
pcr退火溫度太高有什么缺點
說影響得看情況,退火溫度太高肯定會影響引物的結合效率的。但是,實際上,好的引物一般是上下游引物的退火溫度比較接近。有時候,我們可能會通過犧牲特異性的手段(當GC含量過高時,減少引物長度)來平衡兩條引物的退火溫度。高的退火溫度是不利于復性的,所以不會因為使模板復性而降低擴增效率,倒是可能因為影響引物結
PCR的退火溫度對反應的影響
引物退火溫度是影響PCR的主要因素之一,一般來說每個引物都對應著各自的退火溫度。影響:以文獻作參考,在一定的溫度范圍內,退火溫度越高,擴增的特異性也就越高。退火溫度越低,擴增產物的特異性也就降低。如果退火溫度過高,引物與模板結合差,電泳條帶差,甚至沒有擴增。如果溫度過低,擴增特異性差,雜帶較多,背景
pcr退火溫度是根據什么原則設計?
在模板變性后溫度快速冷卻至40℃~60℃(某個退火溫度?)的時候,可使引物和模板發生結合。由于模板DNA?比引物復雜得多,引物和模板之間的碰撞結合機會遠遠高于模板互補鏈之間的碰撞,這就使PCR后期的過程成為可能。退火溫度與時間,取決于引物的長度、堿基組成及其濃度,還有靶基序列的長度。對于20個核苷酸
PCR的退火溫度對反應的影響
引物退火溫度是影響PCR的主要因素之一,一般來說每個引物都對應著各自的退火溫度。影響:以文獻作參考,在一定的溫度范圍內,退火溫度越高,擴增的特異性也就越高。退火溫度越低,擴增產物的特異性也就降低。如果退火溫度過高,引物與模板結合差,電泳條帶差,甚至沒有擴增。如果溫度過低,擴增特異性差,雜帶較多,背景
pcr退火溫度一般為多少
唉,這種題就是中國特色,完全理論脫離實際。PCR退火溫度是一個范圍,一般是50度到65度,或者到70度做兩步法PCR。其中,模板的GC含量、模板的組成(單一模板還是cDNA還是全基因組DNA還是別的什么)等等條件都會影響tm值。沒有一個確定的說是多少比較好,都是具體情況具體分析。有的時候引物設計回來
退火溫度低會對PCR產生什么影響
通常來說,退火溫度是由引物的GC%含量決定的,但是反應體系的條件改變也會影響引物的退火溫度(如Mg,Na等離子濃度)。建議你去http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/分析一下你的PCR體系中的引物退火溫度,而不是僅僅由公式計
熒光定量pcrct值太高,怎么調退火溫度
標準曲線按照標準曲線計算般都相量則用delta delta CT計算舉例: 照組基ACT值20 內參(比βactin)CT值15實驗組基A CT值18內參CT值14 首先算加量:delta CT=15-14=1212說
變性、退火溫度對PCR熱循環的影響
PCR退火溫度應如何設置? 在PCR自動熱循環中,最關鍵的因素是變性與退火的溫度。如操作范例所示,其變性、退火、延伸的條件是:94℃60s, 37℃60s, 72℃120s,共25~30個循環,擴增片段500bp。在這里,每一步的時間應從反應混合液達到所要求的溫度后開始計算。在自動熱循環儀
變性、退火溫度對PCR熱循環的影響
PCR退火溫度應如何設置?在PCR自動熱循環中,最關鍵的因素是變性與退火的溫度。如操作范例所示,其變性、退火、延伸的條件是:94℃60s, 37℃60s, 72℃120s,共25~30個循環,擴增片段500bp。在這里,每一步的時間應從反應混合液達到所要求的溫度后開始計算。在自動熱循環儀內由混合液原
引物片段退火后不能連接到載體上是什么問題?
連接反應需要引物的5’磷酸基團。如果需要將合成的引物退火直接連接相應的載體上,引物需要磷酸化。磷酸化的產物如果還不能連接載體上,需要檢查載體的酶切效果,需要改善引物退火的條件。SiRNA分子具有特殊的對稱結構,退火的難度較大,退火時需要提高退火溫度。
退火爐溫度控制系統的發展現狀
真空退火是隨著精密機械制造、航天、國防等尖端工業而發展起來的新型熱處理方法,特別是近些年來,對零件性能、精度要求的提高使真空退火爐越來越受到人們的重視。國際上從上世紀70年代開始就開始了退火爐計算機控制的研究,近年來由于計算機技術以及新的控制技術的迅速發展,退火爐的計算機控制得到了迅速的發展,退火爐
PCR反應退火溫度的高低與什么因素有關
退火溫度是影響PCR反應特異性的重要因素。引物與模板復性所需要的退火溫度取決于引物的長度、堿基組成及其濃度。引物長度越短,引物中G+C的含量越低,所需的退火溫度越低。雖然降低退火溫度可能增加擴增產量,但引物與模板間的錯配現象也會增多,導致非特異性擴增上升。相反,提高退火溫度雖然可以提高反應的特異性,
退火和真空快速退火爐
退火是一種金屬熱處理工藝,指的是將金屬緩慢加熱到一定溫度,保持足夠時間,然后以適宜速度冷卻,有時是自然冷卻,有時是控制速度冷卻的熱處理方法。?退火的目的:?1. 降低硬度,軟化工件,改善切削加工性。2. 改善或消除鋼鐵在鑄造、鍛壓、軋制和焊接過程中造成的各種組織缺陷以及殘余應力,減少工件變形、開裂或
引物與模板鏈正確連接的保證因素
?1. 退火溫度很重要。? ? (1)引物與模板結合的溫度參數。要保證退火溫度足夠低,保證引物與目的序列的有效結合;退火溫度又要足夠高,以減少非特異性結合。? ? (2)退火溫度與堿基比例關系很大。? ? ①GC(40%-60%),比例太高會使退火溫度過高,從而無法實現引物與模板結合。? ? ②兩種
退火的目的
(1) 降低硬度,改善切削加工性.(2)降低殘余應力,穩定尺寸,減少變形與裂紋傾向;(3)細化晶粒,調整組織,消除組織缺陷。(4)均勻材料組織和成分,改善材料性能或為以后熱處理做組織準備。在生產中,退火工藝應用很廣泛。根據工件要求退火的目的不同,退火的工藝規范有多種,常用的有完全退火、球化退火、和去
定量PCR儀引物長度設定
① 引物長度 一般引物長度為18~30堿基。總的說來,決定引物退火溫度(Tm值)最重要的因素就是引物的長度。有以下公式可以用于粗略計算引物的退火溫度。 在引物長度小于20bp時:[4(G+C)+2(A+T)]-5℃ 在引物長度大于20bp時:62.3℃+0.41℃(%G-C)-
定量PCR儀引物長度設定
① 引物長度 一般引物長度為18~30堿基。總的說來,決定引物退火溫度(Tm值)最重要的因素就是引物的長度。有以下公式可以用于粗略計算引物的退火溫度。 在引物長度小于20bp時:[4(G+C)+2(A+T)]-5℃ 在引物長度大于20bp時:62.3℃+0.41℃(%G-C)-
如何做好熒光定量PCR實驗?(二)
2.4 實時多重PCR探針的選擇:多重實時PCR的多種含意有兩種:一為選擇保守的探針和引物,利用不同的染料標記探針,在檢測時可根據熒光的顏色來判定不同的產物。另一種為選擇保守的引物,擴增不同長度的目的片段,反應中加入SYBRN染料,最后根據不同目的片段的Tm值來判定不同的物品。多重實時PCR的熒光探
如何提高擴增效率和PCR的特異性
引物引物設計:引物長度適當,18-24mers,并保證序列獨特性,以降低序列在非目的片段中存在的可能性,但長度大于24核苷的引物并不意味著有更高的特異性,較長的序列可能會與錯誤配對序列雜交,反而降低特異性,而且長序列比短序列雜交慢,影響產量; 引物濃度:引物的濃度會影響特異性。最佳的引物濃度一般在0
PCR反應技術的反應基本步驟
PCR 全過程包括三個基本步驟,即雙鏈 DNA 模板加熱變性成單鏈(變性);在低溫下引物與單鏈DNA互補配對(退火);在適宜溫度下 Taq DNA 聚合酶以單鏈 DNA 為模板,利用4種脫氧核苷三磷酸(dNTP)催化引物引導的 DNA 合成(延伸)。這三個基本步驟構成的循環重復進行,可使特異性 DN