臨床代謝組學研究常見問題（一）
分享一些我們舉辦完第一期微信公開課——臨床代謝組學研究策略后，所收集到的常見問題，供大家學習和參考。 Q：如何設置驗證集和測試集？ A：按我理解你想問的問題是：training set訓練集和test set測試集的設置問題。我們做分析化學、生物化學或者分子生物學的初學者通常會混淆這幾個數據集概念，通常是我們中文翻譯產生的歧義。 機器學習中，數據通常分為三類：Training Set訓練集，Validation Set驗證集，和Test Set測試集。B.D. Ripley在他的‘Pattern Recognition and Neural Networks’ Cambridge University Press, 1996, ISBN 0-521-46086-7 書中做了如下定義和分類。 訓練集Training Set: A set of examples used for learning, wh......閱讀全文
臨床代謝組學研究常見問題（一）
分享一些我們舉辦完第一期微信公開課——臨床代謝組學研究策略后，所收集到的常見問題，供大家學習和參考。 Q：如何設置驗證集和測試集？ A：按我理解你想問的問題是：training set訓練集和test set測試集的設置問題。我們做分析化學、生物化學或者分子生物學的初學者通常會混淆這
臨床代謝組學研究常見問題（一）
分享一些我們舉辦完第一期微信公開課——臨床代謝組學研究策略后，所收集到的常見問題，供大家學習和參考。 Q：如何設置驗證集和測試集？ A：按我理解你想問的問題是：training set訓練集和test set測試集的設置問題。我們做分析化學、生物化學或者分子生物學的初學者通常會混淆這
臨床代謝組學研究常見問題
分享一些我們舉辦完第一期微信公開課——臨床代謝組學研究策略后，所收集到的常見問題，供大家學習和參考。Q：如何設置驗證集和測試集？A：按我理解你想問的問題是：training set訓練集和test set測試集的設置問題。我們做分析化學、生物化學或者分子生物學的初學者通常會混淆這幾個數據集概念，通常
代謝組學研究對象及定量代謝組學介紹
什么是代謝組學？代謝組學是用來解決什么問題的？ 代謝組學（Metabonomics/Metabolomics）是20世紀90年代末期發展起來的一門新興學科，是研究關于生物體被擾動后（如基因的改變或環境變化后）其代謝產物（內源性代謝物質）種類、數量及其變化規律的科學。代謝組學著重研究的是生
代謝組學研究對象及定量代謝組學介紹
什么是代謝組學？代謝組學是用來解決什么問題的？ 代謝組學（Metabonomics/Metabolomics）是20世紀90年代末期發展起來的一門新興學科，是研究關于生物體被擾動后（如基因的改變或環境變化后）其代謝產物（內源性代謝物質）種類、數量及其變化規律的科學。代謝組學著重研究的是生
代謝組學研究對象及定量代謝組學介紹
什么是代謝組學？代謝組學是用來解決什么問題的？ 代謝組學（Metabonomics/Metabolomics）是20世紀90年代末期發展起來的一門新興學科，是研究關于生物體被擾動后（如基因的改變或環境變化后）其代謝產物（內源性代謝物質）種類、數量及其變化規律的科學。代謝組學著重研究的是生
代謝組學研究對象及定量代謝組學介紹
什么是代謝組學？代謝組學是用來解決什么問題的？? ? ? ?代謝組學（Metabonomics/Metabolomics）是20世紀90年代末期發展起來的一門新興學科，是研究關于生物體被擾動后（如基因的改變或環境變化后）其代謝產物（內源性代謝物質）種類、數量及其變化規律的科學。代謝組學著重研究的是生
代謝組學、脂質組學在病毒研究中的應用（一）
在疫情逐步可控的情形下，一線的醫務工作者和科研人員將有更多精力和時間對冠狀病毒進行更深一步的研究和認識。我們此次調研了基于Orbitrap超高分辨的代謝組學，脂質組學，以及藥物治療在病毒學研究中的應用。致敬白衣天使和深耕醫學研究的學者。?目前的研究顯示，新型病毒進入細胞的路徑與SARS冠狀病毒一樣，
代謝組學的研究方法
代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似，通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色譜-質譜聯用（LC-MS）的方法，比較不同血樣中各自的代謝產物以確定其中所有的代謝產物。從本質上來說，代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產物的質譜
代謝組學的研究方法
代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似，通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色譜-質譜聯用（LC-MS）的方法，比較不同血樣中各自的代謝產物以確定其中所有的代謝產物。從本質上來說，代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產物的質譜
代謝組學與臨床醫學的研究進展
人體是一個復雜的系統，存在于這一系統中的生物分子相互關聯、互相依賴。近年來，人們已經意識到生物學的整體復雜性以及基因構成與環境因素之間的復雜交互作用，而對這些交互作用的理解已經不能單單從基因組學、蛋白質組學或轉錄組學水平去揭示。關注生物分子之間途徑及網絡的動態變化和關系的系統生物學（system
代謝組學與臨床醫學的研究進展
人體是一個復雜的系統，存在于這一系統中的生物分子相互關聯、互相依賴。近年來，人們已經意識到生物學的整體復雜性以及基因構成與環境因素之間的復雜交互作用，而對這些交互作用的理解已經不能單單從基因組學、蛋白質組學或轉錄組學水平去揭示。關注生物分子之間途徑及網絡的動態變化和關系的系統生物學（
做好代謝組學研究的關鍵
首先明確代謝組學的核心任務。對小分子代謝物的定性、定量分析并發現差異代謝物：（1）對生物體系中的內源性代謝物及其變化規律進行表征；（2）以差異代謝物作為核心對生命奧秘進行解析。而基于色譜/質譜聯用的分離分析技術具有靈敏度高、選擇性好、動態范圍寬、信息豐富等優點，已成為代謝組學研究的主流技術平臺。其次
“代謝組學”技術與方法研究
【基于質譜的分析方法聯用對”代謝組學”進行研究】 代謝組學”研究可分為：“發現代謝組學”和“靶標代謝組學”，兩者共同組成了“代謝組學”研究的“生態系統”。本文將介紹基于質譜的分析方法聯合統計學分析法對“代謝組學”進行研究。質譜能在一個廣泛的動態范圍內保持極高的檢測靈敏度、高度
“代謝組學”技術與方法研究
【基于質譜的分析方法聯用對”代謝組學”進行研究】 代謝組學”研究可分為：“發現代謝組學”和“靶標代謝組學”，兩者共同組成了“代謝組學”研究的“生態系統”。本文將介紹基于質譜的分析方法聯合統計學分析法對“代謝組學”進行研究。質譜能在一個廣泛的動態范圍內保持極高的檢測靈敏度、高度的穩定性、重現
代謝組學——腫瘤研究的利器
細胞內許多生命活動是發生在代謝物層面的，代謝物更多地反映了細胞所處的環境，比如細胞現在是不是健康？藥物是否起效？環境污染物是不是正在傷害細胞？等等。由此，20世紀90年代，衍生出了一門新學科：代謝組學。它回答了基因組學和蛋白質組學不能回答的問題：細胞到底發生了什么？ 1、腫瘤與代謝組學 腫瘤
長壽的代謝特征代謝組學研究的啟示
長生不老是人類自古以來的夙愿。 中國古代神話故事中，有菩提老祖的大品天仙訣，王母娘娘盛會上的蟠桃，太上老祖煉丹爐里的不老丹，還有妖怪們夢寐以求的唐僧肉都可以實現長生不老。在史學瀚海中，《史記》記載秦始皇東巡碣石，攜童男童女入海求仙，尋求長生不老藥；在現代科學中，衰老仍然是生物醫學領域熱門主題之
中藥基礎物質、代謝及代謝組學研究方案
中藥組成成分復雜、作用環節多樣，中藥藥效物質基礎以及臨床療效機理的闡明，已成為中醫藥現代化研究的重要內容。如何快速地從海量的質譜數據中獲取有價值的信息，減輕繁重的數據處理工作量，成為廣大中醫藥研究工作者的心聲。 賽默飛的Compound Discoverer軟件針對中藥成分鑒定、體內代謝轉化和
代謝組學、脂質組學在病毒研究中的應用（二）
案例三基于代謝組學技術挖掘病毒感染宿主后代謝動態變化情況2019年發表在Viruses雜志上的另一篇文章，采用基于Orbitrap 的非靶標和靶標代謝組學方式研究了麻痹病毒（Cricket paralysis virus, CrPV）感染昆蟲Bm5細胞后宿主代謝的動態變化情況。研究人員發現，CrPV
代謝組學在帕金森疾病研究的一個例子
2015年10月17日，第二屆全國質譜分析學術報告會在浙江大學紫荊港校區體育館盛大開幕，在5位院士的精彩報告后，多位學者做了高水平的大會報告。 香港浸會大學蔡宗葦教授：代謝組學在帕金森疾病研究的一個例子 香港浸會大學蔡宗葦教授做題為《代謝組學在帕金森疾病研究的一個例子》的報告。
代謝組學：一項艱巨的任務
學生化的孩子真是傷不起。糖代謝、脂代謝、核酸代謝，一系列代謝通路，一大堆代謝產物，簡直讓人頭暈眼花。然而，這又不能跳過。畢竟，DNA編碼蛋白質，而蛋白質在小分子上發揮其魔力。但很多時候，科學界對這些分子一無所知。 “如果你測定一滴血中的小分子，大約60% 所檢測到的峰都無法與任何代謝物相匹配，
質譜儀在代謝組學和代謝研究中有著杰出表現
質譜儀以離子源、質量分析器和離子檢測器為核心。離子源是使試樣分子在高真空條件下離子化的裝置。電離后的分子因接受了過多的能量會進一步碎裂成較小質量的多種碎片離子和中性粒子。它們在加速電場作用下獲取具有相同能量的平均動能而進入質量分析器。質量分析器是將同時進入其中的不同質量的離子，按質荷比m/e大小分
大連化物所等肝癌代謝組學研究取得進展
近日，中科院大連化學物理研究所許國旺研究員領導的高分辨分離分析及代謝組學研究團隊(1808組)與上海東方肝膽醫院王紅陽院士課題組合作，將基于液相色譜-質譜用于肝癌組織非靶標代謝組學研究并取得了重要進展，相關研究成果已經在線發表在Cancer Research雜志上。 原發性肝癌是全球最
代謝組學的優勢、應用及研究內容介紹
我們知道細胞內的生命活動由眾多基因、蛋白質、以及小分子代謝產物來共同承擔，而上游的（核酸、蛋白質等）大分子的功能性變化最終會體現于代謝層面，如神經遞質的變化、激素調控、受體作用效應、細胞信號釋放、能量傳遞和細胞間通訊等，所以代謝組處于基因調控網絡和蛋白質作用網絡的下游，所提供的是生物學的終端信息
代謝組學的優勢、應用及研究內容介紹
我們知道細胞內的生命活動由眾多基因、蛋白質、以及小分子代謝產物來共同承擔，而上游的（核酸、蛋白質等）大分子的功能性變化最終會體現于代謝層面，如神經遞質的變化、激素調控、受體作用效應、細胞信號釋放、能量傳遞和細胞間通訊等，所以代謝組處于基因調控網絡和蛋白質作用網絡的下游，所提供的是生物學的終端信息。如
LCMS8060助力廣泛靶向代謝組學研究
mGWAS (metabolome ?Genome-Wide Association ?Study)指基于代謝組學的全基因組關聯分析，是將代謝組數據作為表型，與基因型數據進行關聯分析的一種方法。由于代謝組數據對表型鑒定更為精細，因此關聯分析的精度比傳統GWAS分析更高。?海南大學和華中農業大學的羅杰
代謝組學的優勢、應用及研究內容介紹
我們知道細胞內的生命活動由眾多基因、蛋白質、以及小分子代謝產物來共同承擔，而上游的（核酸、蛋白質等）大分子的功能性變化最終會體現于代謝層面，如神經遞質的變化、激素調控、受體作用效應、細胞信號釋放、能量傳遞和細胞間通訊等，所以代謝組處于基因調控網絡和蛋白質作用網絡的下游，所提供的是生物學的終端信息
代謝組學新工具：METLIN
METLIN是由美國Scripps研究院Gary J Patti和Gary Siuzdak開發出的新型數據庫，將能用于解決代謝組學等領域研究中關于數據處理這個大問題。 超過上萬個代謝物 目前METLIN包括有超過10,000個代謝產物中帶有詳細，高分辨率串聯質譜信息的六萬化合物，
代謝組學技術在臨床醫學中的應用
代謝組學是繼基因組學和蛋白質組學之后新發展起來的一門學科，它通過對人體內小分子代謝物（50~1,500 Da）進行精準定性定量，分析代謝物與人體生理病理變化的關系，研究疾病發生發展、尋找疾病生物標記物、預測疾病預后等。代謝組學在臨床診斷上將有廣闊的發展前景，主要應用方向有四個方面：在臨床診斷（B
Cell提出一個新“組學”：蛋白質代謝小分子互動組學
科學家們提出了一個新的“組學”——一個處理蛋白質和小分子之間相互作用的互動組學（protein-metabolite interactomics）。此前系統生物學家專注于基因組學或蛋白質組學，現在他們日益發現了蛋白質-代謝小分子之間相互作用的重要性。 基因組學針對的是生物體基因的系統分析，而蛋