CellSystems：構建RNA結合蛋白的剪接調控作用預測模型
基因組研究結果顯示，人體內超過90%的基因存在選擇性剪接(alternative splicing)。該過程在不同組織以及不同生理階段受到嚴格的調控，其失調會導致多種疾病的發生。選擇性剪接的體內調控主要由前體mRNA中的順式元件(cis-elements) 招募反式剪接作用因子（trans-acting splicing factors）來實現的。 通常情況下，反式剪接作用因子存在一個模塊化的構成，其包括一個或多個RNA結合域以及不同的功能模塊。但目前科學家對這些功能域的研究還停留在少數幾種典型的剪接因子上，如SR蛋白家族和hnRNP蛋白家族，對廣大的其他RNA結合蛋白中的功能模塊卻知之甚少。而深入理解這些功能模塊會為科學家進一步研究以至從頭合成新型RNA剪接因子提供依據。 2018年11月7日，中科院計算生物學研究所、分子細胞科學卓越創新中心、中科院計算生物學重點實驗室RNA系統生物學課題組王澤峰研究團隊在國際知名學......閱讀全文
Cell－Systems：構建RNA結合蛋白的剪接調控作用預測模型
基因組研究結果顯示，人體內超過90%的基因存在選擇性剪接(alternative splicing)。該過程在不同組織以及不同生理階段受到嚴格的調控，其失調會導致多種疾病的發生。選擇性剪接的體內調控主要由前體mRNA中的順式元件(cis-elements) 招募反式剪接作用因子（trans-a
科研人員開發出RNA基礎語言模型
在真核生物中，RNA轉錄、剪接、翻譯和降解等生物學過程受到順式調控元件、RNA結構和反式作用因子的調控。解析RNA多層次調控，對研究基因表達分子機制和設計RNA藥物具有重要意義。但是，由于調控復雜和數據量不足，構建RNA調控的預測模型面臨挑戰。 近日，中國科學院上海營養與健康研究所研究員張國慶
環狀RNA結合功能蛋白
環狀RNA作為研究持續火熱的明星分子，不同于對其豐富的表達譜研究，環狀RNA功能機制研究還僅僅處在起步階段。環狀RNA研究多為miRNA海綿機制，部分circRNA可競爭性結合miRNA，解除miRNA對靶基因的抑制作用，上調靶基因的表達。其實，環狀RNA可以通過結合不同種類的功能蛋白，分別在轉錄前
英國研究構建葉綠體RNA聚合酶原子模型
葉綠體中的RNA聚合酶比較獨特，它擁有比藍藻還多的亞基，轉錄機制也更復雜。為進一步探究葉綠體RNA聚合酶的結構，英國約翰英納斯中心科研人員使用冷凍電鏡，對從白芥菜提取出來的葉綠體RNA聚合酶樣本進行成像，并研究分析了其中的21個亞基等結構的作用，建立了原子水平的數據模型。該模型揭示了超氧化物歧化
英國研究構建葉綠體RNA聚合酶原子模型
葉綠體中的RNA聚合酶比較獨特，它擁有比藍藻還多的亞基，轉錄機制也更復雜。為進一步探究葉綠體RNA聚合酶的結構，英國約翰英納斯中心科研人員使用冷凍電鏡，對從白芥菜提取出來的葉綠體RNA聚合酶樣本進行成像，并研究分析了其中的21個亞基等結構的作用，建立了原子水平的數據模型。該模型揭示了超氧化物歧化
人工智能新模型實現精準RNA靶向和基因調控
據發表在最新一期《自然·生物技術》雜志上的新研究，美國研究人員開發了一種人工智能模型，可預測RNA靶向CRISPR工具的脫靶活性。該模型可精確地設計向導RNA并調節基因表達，這些精確的基因控制可用于開發基于CRISPR的新療法。 美國紐約大學、哥倫比亞大學工程學院和紐約基因組中心研究人員進行的
RNA蛋白免疫沉淀技術簡介
RIP技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結合蛋白免疫沉淀），是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能幫助我們發現miRNA的調節靶點。RIP這種新興的技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合
推動癌癥發展的RNA結合蛋白
最近，一項關于白血病細胞基因表達的研究，發現了一種RNA結合蛋白，在推動癌癥的發展過程中起著重要的作用。該蛋白通常活躍在胎兒組織，在成年人體內是關閉的，但它在一些癌細胞中被再度活化。這種表達模式使它成為抗癌藥物的一個有吸引力的靶標，因為阻斷它的活動，不太可能造成嚴重的副作用。 這項新的研究，發
關于酪蛋白膠粒的Holt模型介紹
由Holt等（1998，2003）提出，在該模型中，酪蛋白膠粒是由酪蛋白分子纏結在一起，形成一個網狀凝膠結構。在這一結構中，膠體磷酸鈣微簇（colloidal calcium phosphate nanoclusters）對膠粒結構起穩定作用，它與鈣敏性酪蛋白中的磷酸絲氨酸簇結合在一起，形成內部
簡述蛋白質折疊的生長模型
根據這種模型,肽鏈中的某一區域可以形成“折疊晶核”,以它們為核心,整個肽鏈繼續折疊進而獲得天然構象。所謂“晶核”實際上是由一些特殊的氨基酸殘基形成的類似于天然態相互作用的網絡結構,這些殘基間不是以非特異的疏水作用維系的,而是由特異的相互作用使這些殘基形成了緊密堆積。晶核的形成是折疊起始階段限速步
誘騙RNA結合蛋白不與癌細胞中的天然RNA分子結合
科學家也開始變得“狡猾”，開始用欺騙來對抗癌癥。希伯萊大學的研究人員發明了一種誘餌，可以阻止癌癥用于轉移的RNA結合蛋白。 近年來，RNA結合蛋白在腫瘤生長中起著重要作用已經成為不爭的事實。這些蛋白在所有細胞中都很活躍，尤其是在癌細胞中，它們與RNA分子結合，加速癌細胞的生長。不幸的是，目前還
天然RNA文庫篩選與蛋白特異性結合的RNA序列實驗
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 細胞中，蛋白質與 RNA 結合參與多種生理調控和發育過程。在 mRNA 的加帽，多聚腺苷酸化，剪切，核外運，翻譯起始及降解等過程中都存在著蛋白質與 RNA 的直接相互作用。在發育的各個階段，RNA 結合蛋白可以通過與 m
天然RNA文庫篩選與蛋白特異性結合的RNA序列實驗
細胞中，蛋白質與 RNA 結合參與多種生理調控和發育過程。在 mRNA 的加帽，多聚腺苷酸化，剪切，核外運，翻譯起始及降解等過程中都存在著蛋白質與 RNA 的直接相互作用。在發育的各個階段，RNA 結合蛋白可以通過與 mRNA 的相互作用調控基因的表達。本實驗來源「RNA 實驗指導手冊」主編：鄭曉飛
天然RNA文庫篩選與蛋白特異性結合的RNA序列實驗
實驗方法原理 細胞中，蛋白質與 RNA 結合參與多種生理調控和發育過程。在 mRNA 的加帽，多聚腺苷酸化，剪切，核外運，翻譯起始及降解等過程中都存在著蛋白質與 RNA 的直接相互作用。在發育的各個階段，RNA 結合蛋白可以通過與 mRNA 的相互作用調控基因的表達。實驗材料 mRNA寡核苷酸試劑、
學者首次發現植物環狀RNA編碼蛋白
華南農業大學植物保護學院周國輝教授/楊新副研究員團隊在國家自然科學基金等項目的資助下，首次發現植物環狀RNA編碼多肽的功能，并揭示該多肽賦予水稻對多種病原物的廣譜抗性。2月25日，相關成果發表于《新植物學家》（New Phytologist）。水稻條紋花葉病毒的感染促進水稻植株中circ-WRKY9
RIP技術（RNA結合蛋白免疫沉淀）
RIP技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結合蛋白免疫沉淀），是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能幫助我們發現miRNA的調節靶點。RIP這種新興的技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合
簡述極低密度脂蛋白結構模型
極低密度脂蛋白：運輸肝臟中合成的內源性甘油三酯。無論是血液運輸到肝細胞的脂肪酸，或是糖代謝轉變而形成的脂肪酸，在肝細胞中均可合成甘油三酯。在肝細胞內，甘油H酯與APOB100、膽固醇等結合，形成VLDL并釋放入血。在低脂飲食時，腸粘膜也可分泌一些VLDL入血。VLDL入血后的代謝，大部分變成低密
蛋白質結構和功能的基礎模型
蛋白質設計程序使用在體內環境中驅動蛋白質的分子力的計算機模型。為了使問題易于解決，蛋白質設計模型簡化了這些作用力。盡管蛋白質設計程序相差很大，但它們必須解決四個主要的建模問題：設計的目標結構是什么，目標結構允許什么樣的靈活性，搜索中包括哪些序列，以及將使用哪個力場來分數序列和結構。目標結構蛋白質功能
蛋白質折疊的框架模型的介紹
框架模型[4] 假設蛋白質的局部構象依賴于局部的氨基酸序列。在多肽鏈折疊過程的起始階段,先迅速形成不穩定的二級結構單元； 稱為“flickering cluster”,隨后這些二級結構靠近接觸,從而形成穩定的二級結構框架；最后,二級結構框架相互拼接,肽鏈逐漸緊縮,形成了蛋白質的三級結構。這個模型
酪蛋白膠粒的亞膠粒模型基本介紹
酪蛋白結構的亞膠粒模型于1967年由Morr提出，這一模型的主要觀點是： ①酪蛋白膠粒是由許多亞膠粒（sub-micelle）構成的，膠體磷酸鈣（colloidal calcium phosphate，CCP）對亞膠粒和膠粒的形成起關鍵作用； ②構成酪蛋白膠粒的亞膠粒有兩類，一類為不含κ-c
科學家首次展示RNA剪接分子時鐘精確原子模型
? ?西湖大學生命科學學院施一公教授研究組題為《ATP水解酶/解旋酶Prp2及其激活因子Spp2催化剪接體激活過程中結構重塑的分子機理》的論文，11月27日在《科學》雜志以長文形式發表。此文報道了釀酒酵母處于激活狀態的剪接體2.5埃的高分辨率電鏡結構，該結構是目前報道的最高分辨率的剪接體結構，首次展
健康所在RNA結合蛋白調節信使RNA翻譯研究中取得新進展
近日，國際學術期刊Molecular and Cellular Biology在線發表了中科院上海生命科學研究院/上海交通大學醫學院健康所核酸與分子醫學研究組的最新研究進展：AU-Rich Element-Dependent Translation Repression Requires the
TRIzol法同時提取RNA、DNA、蛋白質
TRIzol試劑適用于從細胞和組織中快速分離RNA。TRIzol試劑有多組分分離作用，與其他方法如硫氰酸胍/酚法、酚/SDS法、鹽酸胍法、硫氰酸胍法等相比，最大特點是可同時分離一個樣品的RNA\DNA\蛋白質.TRIzol使樣品勻漿化，細胞裂解，溶解細胞內含物，同時因含有RNase抑制劑可保持RNA
TRIzol法同時提取RNA、DNA、蛋白質
TRIzol試劑適用于從細胞和組織中快速分離RNA。TRIzol試劑有多組分分離作用，與其他方法如硫氰酸胍/酚法、酚/SDS法、鹽酸胍法、硫氰酸胍法等相比，最大特點是可同時分離一個樣品的RNA\DNA\蛋白質.TRIzol使樣品勻漿化，細胞裂解，溶解細胞內含物，同時因含有RNase抑制劑可保持RNA
預測蛋白質序列的新AI模型問世
瑞士洛桑聯邦理工學院開發了一種名為CARBonAra的新型人工智能（AI）驅動模型。該模型可以根據不同分子環境所施加限制的主鏈支架預測蛋白質序列，有望在蛋白質工程及包括醫學和生物技術在內的多個領域帶來重大進展。這一成果發表在最新一期《自然·通訊》雜志上。CARBonAra是在一個包含約370000個
蛋白質折疊的拼版模型的介紹
此模型[9]的中心思想就是多肽鏈可以沿多條不同的途徑進行折疊,在沿每條途徑折疊的過程中都是天然結構越來越多,最終都能形成天然構象,而且沿每條途徑的折疊速度都較快,與單一途徑折疊方式相比,多肽鏈速度較快,另一方面,外界生理生化環境的微小變化或突變等因素可能會給單一折疊途徑造成較大的影響,而對具有多
預測蛋白質序列的新AI模型問世
瑞士洛桑聯邦理工學院開發了一種名為CARBonAra的新型人工智能（AI）驅動模型。該模型可以根據不同分子環境所施加限制的主鏈支架預測蛋白質序列，有望在蛋白質工程及包括醫學和生物技術在內的多個領域帶來重大進展。這一成果發表在最新一期《自然·通訊》雜志上。CARBonAra是在一個包含約370000個
極低密度脂蛋白結構模型的介紹
極低密度脂蛋白：運輸肝臟中合成的內源性甘油三酯。無論是血液運輸到肝細胞的脂肪酸，或是糖代謝轉變而形成的脂肪酸，在肝細胞中均可合成甘油三酯。在肝細胞內，甘油H酯與APOB100、膽固醇等結合，形成VLDL并釋放入血。在低脂飲食時，腸粘膜也可分泌一些VLDL入血。VLDL入血后的代謝，大部分變成低密
預測蛋白質序列的新AI模型問世
瑞士洛桑聯邦理工學院開發了一種名為CARBonAra的新型人工智能（AI）驅動模型。該模型可以根據不同分子環境所施加限制的主鏈支架預測蛋白質序列，有望在蛋白質工程及包括醫學和生物技術在內的多個領域帶來重大進展。這一成果發表在最新一期《自然·通訊》雜志上。使用CARBonAra進行序列預測（示意圖
預測蛋白質序列的新AI模型問世
使用CARBonAra進行序列預測（示意圖）。圖片來源：瑞士洛桑聯邦理工學院科技日報北京8月8日電 （記者張佳欣）瑞士洛桑聯邦理工學院開發了一種名為CARBonAra的新型人工智能（AI）驅動模型。該模型可以根據不同分子環境所施加限制的主鏈支架預測蛋白質序列，有望在蛋白質工程及包括醫學和生物技術在內