研究發展出新型三維基因組成像系統
4月7日，《細胞研究》發表了中國科學院生物物理研究所劉光慧課題組和徐濤課題組，以及中科院動物研究所曲靜課題組合作的題為Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究論文（封面故事）。該研究發展了一種新型三維基因組活細胞成像工具TTALE，并利用該系統實現了對端粒縮短和著絲粒構象變化等衰老伴隨的染色質結構改變的精準成像。此外，該研究發現了核仁區核糖體DNA拷貝數減少可以作為人類衰老的新型分子標志物。上述成果為在遺傳和表觀遺傳水平認識人類衰老的本質奠定了基礎。 近年來，CRISPR/Cas9和TALE等新型核酸結合蛋白的發現和廣泛應用使得對基因組特定序列的精準成像成為可能。然而，目前基于dCas9和TALE的成像系統尚存在一定的不足：dCas9系統的主要問題是由于其涉及多種蛋白和RNA元件，且dC......閱讀全文
基因組的三維結構
摘要： 闡明染色質復雜結構的技術有染色質構象捕獲(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技術4C、5C，這些提供了長距離的染色質相互作用，但不能擴展到整個染色質相互反應組。在2009年末，兩種新方法的迸發，有望繪出全基因組范圍的相互作用圖譜。
Nature：三維計算機方法成功構建基因活性三維圖譜
一種三維計算機模型（或者說算法）使得科學家們能夠快速地確定哪些基因在哪些細胞中有活性，以及它們在器官中的精確位置。在一項新的研究中，德國亥姆霍茲協會馬克斯-德爾布呂克分子醫學中心的Nikolaus Rajewsky教授、以色列希伯來大學的Nir Friedman教授及其團隊近期在Nature期刊
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-S
哺乳動物基因組三維結構首次確定
英國醫學研究理事會網站日前報道稱，英國科學家從單個細胞中確定出完整保存的哺乳動物基因組的首個3D結構，顯示了細胞核內所有染色體中的DNA是如何復雜地折疊在一起的。該項研究成果發表在近日出版的《自然》雜志上。 很多人對于呈現“X”形狀的染色體十分熟悉，但事實上，染色體僅在細胞分裂時呈現這種形態。
哺乳動物基因組三維結構首次確定
英國醫學研究理事會網站日前報道稱，英國科學家從單個細胞中確定出完整保存的哺乳動物基因組的首個3D結構，顯示了細胞核內所有染色體中的DNA是如何復雜地折疊在一起的。該項研究成果發表在近日出版的《自然》雜志上。 很多人對于呈現“X”形狀的染色體十分熟悉，但事實上，染色體僅在細胞分裂時呈現這種形態。
Cell－Res封面文章：新型三維基因組成像系統
來自中科院生物物理研究所，中科院動物研究所等處的研究人員發展了一種新型三維基因組活細胞成像工具TTALE，并利用該系統實現了對端粒縮短和著絲粒構象變化等衰老伴隨的染色質結構改變的精準成像。此外，該研究發現了核仁區核糖體DNA拷貝數減少可以作為人類衰老的新型分子標志物。上述成果為在遺傳和表觀遺傳水
Cell：基因組三維結構存在細胞異質性
美國國家癌癥研究所、哈佛大學、馬薩諸塞大學和麻省理工學院聯合開展的一項研究發現，不同細胞和不同等位基因之間的基因組組織結構存在很大差異。這項研究成果于本周發表在《Cell》雜志上。 研究人員利用高通量的染色質構象捕獲（Hi-C）和高通量的熒光原位雜交（hiFISH）光學圖譜繪制來分析人包皮成纖
研究發展出新型三維基因組成像系統
4月7日，《細胞研究》發表了中國科學院生物物理研究所劉光慧課題組和徐濤課題組，以及中科院動物研究所曲靜課題組合作的題為Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
研究發展出新型三維基因組成像系統
4月7日，《細胞研究》發表了中國科學院生物物理研究所劉光慧課題組和徐濤課題組，以及中科院動物研究所曲靜課題組合作的題為Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究
擬南芥基因組加倍導致的三維染色質結構及基因表達調控
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物分子遺傳國家重點實驗室方玉達研究組題為The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
研究揭示核纖層蛋白塑造三維基因組空間秩序機制
核纖層是緊貼內核膜內側的蛋白網狀結構，主要由核纖層蛋白（lamins）及其結合蛋白構成。人類的lamins在發育、衰老及疾病過程中扮演關鍵角色，分為由LMNA基因編碼的A型和分別由LMNB1和LMNB2編碼的B型。目前，在LMNA基因中已鑒定出超600種致病突變，這些突變可導致兒童早衰癥、擴張型心肌
揭示重復序列對三維基因組區隔化的調控作用
Cell Research | 沈曉驊/孫育杰課題組合作揭示重復序列對三維基因組區隔化的調控作用 哺乳動物基因組DNA全長近2 m，經過多層有序組織與折疊后分布于直徑5-10 μm的細胞核中。染色質高級結構對基因表達，細胞分化和胚胎發育起著至關重要的作用。其中，基因組A/B區隔化（A/B c
三維脫色搖床
三維脫色搖床是一款常用的實驗室設備，主要用于蛋白電泳的脫色過程、考馬斯藍染色、脫色時的振蕩晃動，硝酸銀染色的固定、染色、顯影等。裝上搖瓶架后，可用于細胞、微生物的培養及各種需振蕩、混勻、培養的實驗和研究。 基本操作：將需要振蕩容器放置在托盤上，然后接通電源，打開電源開關，根據需要調節定時旋鈕，順時
三維熒光分析
三維熒光光譜是近幾十年中發展起來的一種新熒光技術。普通熒光分析所得的光譜是二維譜圖，包括固定激發波長而掃描發射波長所獲得的發射光譜，和固定發射波長而掃描激發波長所獲得的激發光譜。但是實際上熒光強度應該是激發和發射這兩個波長變量的函數。描述熒光強度同時隨激發和發射波長變化的關系譜圖，就是三維熒光光譜。
科學家繪制出人類基因組三維圖像
據美國物理學家組織網1月4日報道，美國南加利福尼亞大學多恩希夫文理學院的科學家，開發出一種繪制DNA（脫氧核糖核酸）之間接觸位點的新方法，并利用計算機模型繪制出一個細胞中的完整DNA鏈——基因組的精確三維圖像。相關論文預先發表在《自然·生物技術》網站上。 細胞內的基因組就像一碗細絲面，不同
揭示基因“無用”序列穩定染色質三維結構及細胞穩態機制
人類基因組中的非編碼序列在多種生物學過程中發揮著至關重要的作用，如非編碼RNA、啟動子、增強子和轉座子等。作為在基因組中占比約98%的非編碼區域，仍有大量是功能未知的，這些曾被認為是基因組中“垃圾”的區域，已被逐漸證實存在重要功能。基因組的三維結構會影響基因的轉錄調控或其他細胞生命活動，然而，除
重磅！首個北京鴨三維基因組研究登頂Nature子刊
相關研究成果An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks于7月17日在自然子刊《Nature Communications》在線發表，并被列為該期
研究揭示擬南芥基因組加倍導致的三維染色質結構
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物分子遺傳國家重點實驗室方玉達研究組題為The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
雜交豬單倍型分辨率三維基因組特征成功解析
我國是世界第一養豬大國，2023年出欄生豬7.27億頭，占全球總量54.89%。生豬在國計民生、糧食安全和社會穩定中具有重要地位和作用。篩選并鑒定影響豬重要經濟性狀的關鍵基因組變異，挖掘育種靶點，創新性運用到實際育種中，能有效加速優質高產豬新品種（系）的培育進程。因此，系統鑒定豬基因組中的調控元件并
Nature－Methods－|－鄭曄開發三維基因組數據高保真模擬新工具
染色體構象捕獲3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）測序技術已經逐漸成熟，成為研究遠距離基因調控機制的重要方法。越來越多的學者提出分析Hi-C
Nature子刊：癌癥基因組三維結構和拷貝數變異關系
來自北京大學生命科學學院，清華-北大生命科學聯合中心等處的研究人員發表了題為“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的
AFM－三維形貌觀測
?三維形貌觀測通過檢測探針與樣品間的作用力可表征樣品表面的三維形貌，這是AFM?最基本的功能。AFM?在水平方向具有0.1-0.2nm?的高分辨率，在垂直方向的分辨率約為0.01nm。盡管AFM?和掃描電子顯微鏡（SEM）的橫向分辨率是相似的，但AFM?和SEM?兩種技術的最基本的區別在于處理試樣深
電鏡三維重構理論
?電鏡三維重構理論D.De Rosier和A.Klug提出的三維重構理論是借助一系列沿不同方向投影的電子顯微像來重構被測物體的立體構型；他們提出利用計算機數字圖像處理技術進行電子顯微像三維重構測定生物大分子結構的概念和方法。電鏡三維重構思想的數學基礎是傅立葉變換的投影與中央截面定理。中央截面定理的含
三維離子阱簡介
三維離子阱，由一對環形電極（ring electrod）和兩個呈雙曲面形的端蓋電極（end cap electrode）組成。在環形電極上加射頻電壓或再加直流電壓，上下兩個端蓋電極接地。逐漸增大射頻電壓的最高值，離子進入不穩定區，由端蓋極上的小孔排出。因此，當射頻電壓的最高值逐漸增高時，質荷比從
工業CT三維掃描
工業CT是工業用計算機斷層成像技術的簡稱，采用輻射成像原理，實現對產品的非接觸式三維高精度掃描成像，可獲得產品內部高精度的三維斷層數據和材料數據，清晰、準確、直觀地展示被檢測物體內部的結構、組成、材質及缺損狀況。目 的：在不破壞零件的前提下通過CT技術重建零件的三維模型，進行材料缺陷分析、無損測量、
三維熒光光譜
三維熒光光譜（Three-dimensional?excitation?emission?matrix?fluorescence?spectroscopy,?3DEEM），也可稱為總發光光譜或激發－發射矩陣圖，與常規熒光光譜技術的主要區別是能夠普獲得激發波長和發射波長同時變化時的熒光強度信息。三維熒
中科院發表Cell－Res文章：三維基因組組裝重要新機制
來自上海交通大學系統生物醫學研究院比較生物醫學中心，中科院北京生物物理所的研究人員發表了題為“Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites”的文章，闡明了染色質架構蛋
三維染色質結構與基因組功能及進化的關系獲揭示
辣椒是世界上種植最廣泛的蔬菜之一，也是重要的調味料作物。近日，華南農業大學園藝學院辣椒課題組研究揭示了辣椒三維染色質結構與基因組功能及進化的關系。相關研究發表于Nature Communications。 我國辣椒生產和消費量居全球之首，種植面積超過3000萬畝，產量4000多萬噸，年逾700