北京生科院提出基因組重復區域組裝新算法
2016年12月，國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive genome assembly 的最新研究成果。該研究基于序列重疊部分構建了contig的直接連接信息圖，并在其配對連接信息的幫助下，解決了由短片段重復序列造成的基因組拼接碎片化問題，在保證準確性的前提下延伸了序列的長度，獲得了更完整、間隙更少的基因組序列。 一直以來，重復序列都是基因組拼接的主要限制因素，而富含短片段重復序列區域的組裝更是難以跨越的障礙。這部分序列的缺失會導致基因斷裂，使某些關鍵遺傳信息在后續的研究分析中被遺漏。此前的序列組裝算法僅僅使用配對連接信息，忽視了contig本身的連接關系，不僅使算法難度增加，而且拼接結......閱讀全文
新算法TRFill解決生物基因組重復序列組裝難題
近日，中國農業科學院農業基因組研究所農業基因組學技術研發與應用創新團隊開發出了一種新算法——TRFill，解決了現有工具無法完全填補基因組間隙的難題，顯著提升了基因組質量。相關研究成果發表在《基因組生物學》（Genome Biology）上。 動植物基因組的許多區域存在大量高度重復的DNA片段
關于真核基因組的高度重復序列的介紹
1、真核基因組的高度重復序列— 簡介 高度重復序列在基因組中重復頻率高，可達10^3以上，因此復性速度很快。在基因組中所占比例隨種屬而異，約占10-60%，在人基因組中約占20%。高度重復順序又按其結構特點分為三種。 2、真核基因組的高度重復序列—倒位重復序列 這種重復順序復性速度極快，即
低度重復序列的概念
低度重復序列在單倍體基因組中只出現一次或數次，因而復性速度很慢。單拷貝順序在基因組中占50-80%，如人基因組中，大約有60-65%的順序屬于這一類。單拷貝順序中儲存了巨大的遺傳信息，編碼各種不同功能的蛋白質。尚不清楚單拷貝基因的確切數字，但是是有其在單拷貝順序中只有一小部份用來編碼各種蛋白質，其他
中度重復序列的概念
中度重復序列(moderately repetitive sequence )一般是非編碼序列，有十個到幾百個拷貝，如?rRNA基因和?tRNA?基因等。這類重復序列的平均長度大約為 300bp ，往往構成序列家族，常以回文序列形式出現在基因組的許多位置上，有些同單一序列間隔排列。大部分中度重復序列
反向重復[序列]的定義
存在于雙鏈核酸分子中排列順序方向相反的一段核苷酸序列。
串聯重復[序列]的定義
中文名稱串聯重復[序列]英文名稱tandem repeat定 義首尾相連的重復序列。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
簡單重復序列的概念
簡單重復序列（Simple Sequence Repeat，簡稱SSR），是指重復單位長度和堿基組成基本一致，只 有少數基因出現微小的差異的一類短串聯重復序列。
重復[DNA]序列的概念
中文名稱重復[DNA]序列英文名稱repetitive [DNA] sequence定 義DNA分子中重復出現的核苷酸序列。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
高度重復序列的概念
高度重復序列是一組基因序列，在基因組中重復頻率高，可達百萬(10^6)以上，因此復性速度很快。在基因組中所占比例隨種屬而異，約占10-60%，在人基因組中約占20%。
Alu重復序列的概念
中文名稱Alu重復序列英文名稱Alu repetitive sequence;Alu family定 義哺乳動物和人基因組中的一種中等重復序列，因該序列中有限制性內切酶Alu的切點而得名。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
散在重復序列的概念
散在重復序列是與串聯重復序列的組織形式不同的另一類重復序列，是散在方式分布于基因組內的散在重復序列。
散在重復序列的定義
散在重復序列是與串聯重復序列的組織形式不同的另一類重復序列,是散在方式分布于基因組內的散在重復序列。
同向重復[序列]的概念
中文名稱同向重復[序列]英文名稱direct repeat定 義核苷酸排列次序一致的重復序列。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
簡單重復序列的功能特點
SSR 標記具有高度重復性、豐富的多態性、共顯性、高度可靠性等優點，但由于其需要對所研究物種的一系列微衛星位點進行克隆和測序分析，以便設計相應的引物，這是非常費時、費力和代價昂貴的工作，沒有足夠的投資、人力和時間，是不可能實現的，因而給它的利用帶來了一定困難。
長末端重復序列的定義
長末端重復序列(long terminal repeats,LTRs)是相同的DNA序列,重復數百或數千次發現在兩端retrotransposons或前病毒的DNA由反轉錄的RNA逆轉錄病毒。
高度重復序列的結構特點
倒位（反向）重復序列這種重復順序復性速度極快，即使在極稀的DNA濃度下，也能很快復性，因此又稱零時復性部分，約占人基因組的5%。反向重復序列由兩個相同順序的互補拷貝在同一DNA鏈上反向排列而成。變性后再復性時，同一條鏈內的互補的拷貝可以形成鏈內堿基配對，形成發夾式或“+”字形結構。倒位重復（即兩個互
末端反向重復[序列]的定義
中文名稱末端反向重復[序列]英文名稱inverted terminal repeat;ITR定 義排列順序相反的、等同的或密切相關的核苷酸序列。常出現于某些轉座子的末端。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
揭示重復序列對三維基因組區隔化的調控作用
Cell Research | 沈曉驊/孫育杰課題組合作揭示重復序列對三維基因組區隔化的調控作用 哺乳動物基因組DNA全長近2 m，經過多層有序組織與折疊后分布于直徑5-10 μm的細胞核中。染色質高級結構對基因表達，細胞分化和胚胎發育起著至關重要的作用。其中，基因組A/B區隔化（A/B c
長散在重復序列的概念
中文名稱長散在重復序列英文名稱long interspersed repeated sequences定 義以散在方式分布于基因組中的較長的重復序列。重復序列的單元長度在1000bp以上。常具有轉座活性。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
細胞化學詞匯末端反向重復[序列]
中文名稱：末端反向重復[序列]英文名稱：inverted terminal repeat;ITR定 義：排列順序相反的、等同的或密切相關的核苷酸序列。常出現于某些轉座子的末端。應用學科：生物化學與分子生物學（一級學科），核酸與基因（二級學科）
短散在重復序列的概念
中文名稱短散在重復序列英文名稱SHORT INTERSPERSED REPEATED SEQUENCE定 義以散在方式分布于基因組中的較短的重復序列。重復序列單元長度在50BP以下。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
生物物理所揭示基因組重復序列Alu調控轉錄新機制
7月12日，中國科學院生物物理研究所薛愿超團隊在《自然》（Nature）上，在線發表了題為Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究論文。 轉錄調控在維持細胞功能和正常發育過程中起著關鍵作用。其中，增
基因組內簡單重復序列在對蝦適應性進化中的作用
近日，由中國科學院海洋研究所李富花課題組主導完成的科研論文Simple sequence repeats drive genome plasticity and promote adaptive evolution in penaeid shrimp，在Communications Biolog
簡單重復序列多態性的概念
中文名稱簡單重復序列多態性英文名稱simple sequence repeat polymorphism;SSRP定 義由組成比較簡單的(如二、三核苷酸或四核苷酸序列)串聯重復所具有的拷貝數不同而造成的多態現象。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），方法與技術（二級學科）
重復序列長度多態性的定義
中文名稱重復序列長度多態性英文名稱repeat sequence length polymorphism定 義亞種、品系或個體間相同或相似重復單元的重復拷貝數不同而造成的多態現象。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
高度重復序列的主要功能
a.參與復制水平的調節反向序列常存在于DNA復制起點區的附近。另外，許多反向重復序列是一些蛋白質（包括酶）和DNA的結合位點。b.參與基因表達的調控DNA的重復順序可以轉錄到核內不均一RNA分子中，而有些反向重復順序可以形成發夾結構，這對穩定RNA分子，免遭分解有重要作用.c.參與轉位作用幾乎所有轉
基因組所重復序列與哺乳動物內含子擴張關系研究獲進展
近日，在中國科學院北京基因組研究所副所長、基因組科學與信息重點實驗室主任于軍研究員和“百人計劃”雷紅星研究員的指導下，基因組所王大鵬博士、博士研究生蘇堯等科研人員在哺乳動物基因組內含子擴張與基因功能關系研究，以及突變和自然選擇在基因組進化中的作用研究中取得新進展。相關學術論文在Ev
散在重復序列的結構分布特點
散在重復序列是與串聯重復序列的組織形式不同的另一類重復序列，是散在方式分布于基因組內的散在重復序列。
基因組序列草圖的概念
中文名稱基因組序列草圖英文名稱draft genome sequence定 義已測定序列占到90%以上、測序精度在1%的基因組序列圖。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
解析現代月季基因組序列
科學家研究現代月季基因。圖片來源：monticelloshop.org 近日，法國農業科學研究院、里昂大學、法國國家科學研究中心的研究人員解密了現代月季的基因組序列。現代月季擁有獨特的顏色與香味，廣受稱贊，這項研究幫助人們從分子角度了解這背后的基因和代謝流程。4月30日，相關論文在線刊登于《自然