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    發布時間:2013-05-31 10:57 原文鏈接: JCI:應用FISH技術檢測腫瘤microRNA

      霍華德?休斯醫學研究所(HHMI)的研究人員通過微調熒光探針的設計以及RNA固定技術,開發出一種檢測和定量腫瘤活檢樣本中microRNA分子的方法。這種新的熒光原位雜交(FISH)技術實現了腫瘤類型的鑒定。《The Journal of Clinical Investigation》雜志近日刊登了這一成果。

      文章的通訊作者,霍華德?休斯醫學研究所的研究員Thomas Tuschl認為:“之前人們開發出RNA FISH方法,但它存在很多問題。我認為這篇文章是一個新的基礎,說明過去許多觀點是錯誤的,但沒有化學家進入這一領域,真正優化這些方法。”

      對于microRNA的檢測,實時定量PCR等方法較為常用,但會抹去組織樣本中寶貴的空間信息。在 FISH技術中,熒光探針與特定RNA或DNA序列結合,產生熒光,可通過顯微鏡檢測。由于許多癌癥包含獨特的microRNA或microRNA組合,故這些分子的檢測也許有助于癌癥診斷。然而,應用FISH技術來檢測腫瘤microRNA卻一直進展緩慢。

      研究人員從福爾馬林固定、石蠟包埋(FFPE)的組織樣本中獲得了低水平的熒光,推斷是RNA降解影響了結果。然而,Tuschl領導的研究小組在實驗前后測定了樣本中的核糖體RNA,發現信號弱并非由于RNA降解。實際上,microRNA未正確固定,且探針也未充分優化。

      于是,Tuschl的同事Pavol Cekan設計并檢驗了不同版本的探針。他發現,最好使用一個與半抗原相連的較長接頭,這樣的探針放大后可獲得強的熒光信號。而市售的產品通常不起作用,因為接頭太短。

      為了評估Cekal的探針,洛克菲勒大學的研究人員Neil Renwick檢驗了這種新方法是否能區分兩種組織形態相似的皮膚癌:基底細胞癌(BCC)和梅克爾細胞癌(MCC)。每種癌癥都有一個獨特的microRNA,便于判斷。

      利用5個BCC腫瘤和13個MCC腫瘤中的兩種關鍵microRNA水平,研究小組正確鑒定出每個樣本的腫瘤類型。

      如今,Tuschl和Cekal已增加了每次能檢測的RNA數量。他們在一個實驗中同時測定7個RNA以及DAPI,即8種熒光。Tuschl表示:“這僅僅是開始。我們利用rRNA探針的對照實驗說明了這也能轉換到其他RNA。”

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