鯉科魚類散在重復序列研究取得新進展

　　4月29日，BMC Evolutionary Biology發表了研究論文 “Multiple source genes of HAmo SINE actively expanded and ongoing retroposition in cyprinid genomes relying on its partner LINE” （BMC Evolutionary Biology 2010, 10:115），報道了鯉科魚類散在重復序列研究取得的新進展。該文章是由中國科學院水生生物研究所魚類系統學與生物地理學學科組博士研究生童超波等人在何舜平研究員的指導下完成的。

　　童超波等之前在BMC Genomics (Tong et al.，2009) 發表的論文中，報道了一種將磁珠分選系統應用于散在重復序列的分離的方法，在鰱和鳙中分離了一個年輕的SINE家族（HAmoSINE）及其反轉座所依附的LINE家族（HAmoLINE2），發現該SINE家族借助于其基因組內HAmo LINE2編碼的反轉座酶系統實現自身近期的不斷增殖。

　　本篇論文承接之前的研究，進一步研究HAmoSINE和HAmoLINE在整個鯉科魚類12個亞科的17個代表物種基因組中的進化模式。基于磁珠分選技術大規模捕獲鯉科魚類17個代表物種基因組中的散在重復序列，根據特征性的診斷性核苷酸的存在，發現四個HAmoSINE源基因（亞家族）活躍增殖于整個鯉科魚類或特定譜系中，HAmoSINE在這些魚類中的拷貝數從104到106不等。探討了這些亞家族在斑馬魚基因組中的情況及其物種分布情況。該論文的結果表明，HAmoSINE在整個鯉科魚類中通過反轉座寄生于HAmoLINE得到了大規模的擴張。