主要加工方式是切斷。
真核細胞的rRNA基因（rDNA）屬于一種被稱為豐富基因（redundant gene）族的DNA的序列，即染色體上一些相似或完全一樣的縱列串聯基因（tandem gene）單位的重復。由不能轉錄的間隔區（spacer）把這些單位分隔開。在這里，間隔區與內含子是不同的概念。在分類上，rDNA這種類型的序列被稱為高度重復序列（highly repeat sequence）DNA。在不同的種屬生物中，rDNA的大小不一，重復單位由數百個至數千個以上。每個重復單位的可轉錄段從7kb至13kb不等，間隔區為數千bp。雖然有間隔區與重復單位的大小不同，但是真核生物最后轉錄出來的rRNA大小相同。真核生物核蛋白體中有18S、5.8S、28S及5SrRNA。5SrRNA獨立于其他三種rRNA的基因轉錄，在成熟過程中加工甚少。45SrRNA前體中包含18S、5.8S、28srRNA。45S rRNA經剪接后，先分離出屬于核蛋白小體的18S-rRNA。余下部分在拼接成5.8S和28S的rRNA。rRNA成熟后，在核仁上裝配，與核蛋白體蛋白一起形成核蛋白體，輸出胞漿。靜止狀態的細胞，rRNA的壽命較短，而生長中的細胞，rRNA比較穩定。
1982年，T.R.Ceck在研究一種叫四膜蟲（Tetrahymena）的簡單真核生物rRNA剪接中發現rRNA前體剪接是一種自我剪接（self-splicing）方式，即RNA本身也有催化作用。一般而言，剪接的化學反應過程包括磷酸二酯鍵的斷裂和再連接。大多數的mRNA剪接需要并接體參與，這種核蛋白起酶的作用。但在四膜蟲rRNA的剪接過程中，去除所有蛋白質，剪接仍可迅速完成。通過研究rRNA的結構，發現了一定的規律，就是根據四膜蟲的rRNA一級結構繪出的二級結構。圖2中用粗線表示5’-端和3’-端要被剪切刪除的部分,并列出l了5’-端的部分堿基序列。，在圖2上可見到形成眾多的局部雙鏈區，這是由于線性的RNA分子有很多的反向互補序，此為能進行自我剪接的結構基礎。
rRNA的剪接不需要任何蛋白質參與即可發生，這就說明了RNA本身即具有酶的催化作用。因而把具有酶促活性的RNA命名為核酶(ribozyme)。
已知的一個最簡單的能進行自我剪接的RNA的結構，如圖3所示。因為二級結構與錘頭相似，因此將其命名為錘頭結構（hammer－head structure）,這是核酶能起作用的結構基礎。這屬于分子內催化，同一分子上包括有催化部分和底物部分，催化部分即為錘頭結構，至少3個莖（stem），1至3個環（loop）。堿基部分至少13個是一致性（consensus）序列，用A，C，G，U標出，其余書寫為N的是指任何堿基均可。底物部分即為箭頭所示附近的核苷酸，含有GU序列。1983年S.Altman等又發現RnaseP中RNA組分可以催化tRNA前體的加工。通過以上研究工作，認為RNA具有酶活力，此發現具有重大生物學意義。首先，打破了酶是蛋白質的傳統觀念，對傳統酶學提出挑戰，對于如何給酶下一個更準確的定義，還有待進一步探討；其次，對于在生命起源中，為先有核酸，還是先有蛋白質這一有爭議的問題，提供了線索。
具有實際意義的是：人們根據核酶的特殊結構，設想用人工合成的小片段RNA，配合在欲破壞其結構的RNA或DNA分子上，使其成為錘頭結構，此即為人工設計的核酶。人工核酶用于研究上，把核酸分子切成特異性片段，已經獲得了成功。進一步設想，用人工設計的核酶來破壞一些有害基因轉錄出的mRNA或其前體，從而抗癌及抗病毒。因此，核酶的發現有廣闊的應用前景。