microRNA(miRNA)綜述1

RNA一度被認為僅僅是DNA和蛋白質之間的“過渡”，但越來越多的證據清楚的表明，RNA在生命的進程中扮演的角色遠比RNA我們早前設想的更為重要。RNA干擾（RNA interference）的發現使得人們對RNA調控基因表達的功能有了全新的認識，更因為可以簡化替代基因敲除而成為研究基因功能的有力工具，因此格外引人注意，在2002年度Science評選的10大科學成就中RNAi名列榜首。隨著對小分子RNA研究的不斷深入，研究人員開始認識到：小分子 RNA的世界一點都不小。有人推測：小分子RNA可能代表發現了一個新層次上的基因表達調控方式。已經有很多文章介紹有關siRNAs以及其在RNA干擾中的作用以及研究應用方法，在這里將介紹另一種越來越引人注目――micro RNA。
什么是miRNA

Micro RNAs (miRNAs)是一種大小約21―23個堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發夾結構的約70-90個堿基大小的單鏈RNA前體經過Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關。據推測，這些非編碼小分子RNA（miRNAs）參與調控基因表達，但其機制區別于介導的降解。第一個被確認的是在線蟲中首次發現的lin-4和let-7，隨后多個研究小組在包括人類、果蠅、植物等多種生物物種中鑒別出數百個miRNAs。

miRNA的特征

已經被鑒定的miRNAs據推測大都是由具有發夾結構、約70個堿基大小形成發夾結構的單鏈RNA前體經過 Dicer酶加工后生成的，有5'端磷酸基和3'羥基，大小約21―25nt的小分子RNA片斷，定位于RNA前體的3'端或者5'端。

最近3個研究小組分別從線蟲、果蠅和Hela細胞中鑒定的100個新miRNAs中，有15%跨越線蟲、果蠅和哺乳動物基因組具有高度的保守性（只有有1―2個堿基的區別），Lau和Bartel實驗室的同事更加認為：所有的miRNAs可能在其他物種中具有直向同源物（Ortholog，指那些起源于同一祖先，在不同生物體中行使同一功能的基因群就可比作為一個門類，這些類似的基因被稱為“直向同源物”）。

Bantam最早被認為是果蠅中參與細胞增殖的一個基因位點。已知幾個包含增強子的轉座子插入跨越這個位點的一段 12.3kb區域會導致果蠅的眼和翅重復生長，而由轉座子介導的一段跨越該位點的23kb片斷缺失則導致突變果蠅個體小于野生型果蠅。Cohen和同事用一段3.85kb的片斷導入21kb片斷缺失的果蠅中使其恢復原來的大小。但是奇怪的是表達這個3.85kb片斷中的EST卻沒有同樣的效果。Cohen 將這個片斷和瘧蚊Anopheles gambiae的同源序列進行比較，發現一段90bp的高度保守區，經過RNA folding program (mfold)發現這個保守序列可以形成發夾結構，使得這個區段很象是一個miRNA的前體。這個結果經過Northernblot證實突變果蠅的幼體缺少一個21bp的bantam miRNA，用這個90bp的mRNA前體經過一系列的“功能缺失”―“功能恢復”實驗，證實bantam miRNA在細胞增殖中的作用。研究人員用計算機程序檢索在hid mRNA的3'非編碼區找到了bantam的3個潛在的結合位點（hid是果蠅中一個誘導凋亡的基因），并證實bantammiRNA抑制hid的翻譯而非轉錄。

miRNAs的表達方式各不相同。部分線蟲和果蠅的miRNA在各個發育階段的全部細胞中都有表達，而其他的 miRNA則依據某種更為嚴謹的位相和時相的表達模式（a more restricted spatial and temporal expression pattern）――在不同組織、不同發育階段中miRNA的水平有顯著差異。

miRNA的功能

對microRNAs(miRNAs)的研究正在不斷增加，原因是科學家開始認識到這些普遍存在的小分子在真核基因表達調控中有著廣泛的作用。在線蟲，果蠅，小鼠和人等物種中已經發現的數百個miRNAs中的多數具有和其他參與調控基因表達的分子一樣的特征――在不同組織、不同發育階段中miRNA的水平有顯著差異，這種miRNAs表達模式具有分化的位相性和時序性（differential spatial and temporal expression patterns），提示miRNAs有可能作為參與調控基因表達的分子，因而具有重要意義。

第一個被確認的miRNA――在線蟲中首次發現的lin-4和let-7，可以通過部分互補結合到目的mRNA靶的3'非編碼區(3'UTRs)，以一種未知方式誘發蛋白質翻譯抑制，進而抑制蛋白質合成，通過調控一組關鍵mRNAs的翻譯從而調控線蟲發育進程 (reviewed in Pasquinelli 2002)。

Bantam miRNA是第一個被發現有原癌基因作用的miRNA。除了lin-4、let-7，已知還有一些miRNAs可能參與在細胞分化和組織發育過程中起重要作用的基因的轉錄后調控，例如mir-14、mir-23等。

在植物miRNAs的研究中有兩條線索提示miRNAs可能參與植物的發育過程。一是在carpel factory (car)突變株中3個miRNAs的表達水平顯著下降。CARPEL FACTORY是一個類似Dicer的酶，參與植物的發育，其缺失突變株表現為胚胎和葉片發育的缺陷。實驗結果提示這種缺陷是由于缺少miRNAs加工而造成的。多數的植物miRNAs在某些特定組織中高水平表達也提示他們可能參與了植物組織的發育。

對一部分miRNAs的研究分析提示：miRNAs參與生命過程中一系列的重要進程，包括早期發育 (Reinhart 2000)，細胞增殖，細胞凋亡，細胞死亡(Brennecke 2003)，脂肪代謝（Xu 2003）和細胞分化(Kawasaki 2003)。此外，一個研究表明，2個miRNAs水平的下降和慢性淋巴細胞白血病之間的顯著相關，提示miRNAs和癌癥之間可能有潛在的關系 (Calin 2002)。

由于miRNAs存在的廣泛性和多樣性，提示miRNAs可能有非常廣泛多樣的生物功能。盡管對miRNA的研究還處于初級階段，據推測miRNAs在高級真核生物體內對基因表達的調控作用可能和轉錄因子一樣重要。有一種看法是：miRNAs可能代表在一個新發現的層次上的基因表達調控方式。

然而，大多數miRNAs的功能仍然是個謎。