mRNA是翻譯的模板。在原核生物和真核生物細胞內，mRNA的化學基礎有所差異。
原核生物mRNA
在原核細胞內，參與翻譯的mRNA具有以下特點：
（1）具有多個開放閱讀框（ORF），即多順反子，意味著同一條mRNA可以編碼多個蛋白。特別注意可讀框之間不重疊（除移碼翻譯涉及終止密碼子和起始密碼子的2個堿基重疊）。
（2）具有較為保守的核糖體結合位點（RBS）GGAGG，位置大概在起始密碼子上游的3~9個堿基。
（3）自身可通過RBS招募小亞基核糖體RNA（16S·rRNA）。
（4）存在移碼編譯。在一些情況下，第一個ORF的終止密碼子UGA和第二個ORF的AUG重疊，形成一個序列AUGA。當核糖體遇到UGA終止翻譯后可以隨即重啟，向后移動-1位至起始密碼子AUG，開始第二個ORF的翻譯。如此的生物學意義是當且僅當第一個ORF成功翻譯后，才會開啟第二個ORF的翻譯。 [2]
真核生物mRNA
相比原核細胞mRNA，真核細胞內參與翻譯的mRNA具有以下不同：
（1）總是單ORF的（即每條鏈只能編碼一個蛋白），即單順反子。
（2）沒有核糖體結合位點（僅有部分含有較為保守的Kozak序列：G/A——AUGG，其功能尚不完全明確）。
（3）核糖體的招募需要5'端的特殊結構（5'端加帽），加帽的反應過程可以簡要表示如下：
PPP-→PP-+Pi
PP-+GMP→G-PPP-
總式：PPP-+GMP→G-PPP-+Pi
（4）起始因子結合5'端帽子結構（詳見翻譯的起始）以招募核糖體。
（5）核糖體從5'端開始掃描，直到遇到AUG開始翻譯（以往認為大多是遇到第一個AUG即開始翻譯，后續觀點認為這種情況并不常見，具體機制尚不完全明確）。