案例解析
案例1：ctDNA甲基化可作為肝癌診斷和進程的分子標志物
原文：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma
期刊：Nature Materials 影響因子：39
本篇文章由美國加州大學圣地亞哥分校教授張康與廣州中山大學附屬腫瘤醫院院長徐瑞華團隊一同合作完成，通過對比肝癌患者血漿、組織及健康人白細胞中ctDNA甲基化分布情況，發現肝癌患者體內血漿和組織一致性很高。通過1,098位肝癌患者和835位健康者的ctDNA甲基化情況及病理信息為資源庫，建立了疾病預測分析模型，結果顯示該模型基因的特異性、敏感性與腫瘤狀態、診斷反應和時期顯著相關（P＜0.001）。與此同時，作者還構建了診斷結果預測模型，該模型的基因可用于預測疾病診斷和生存時期的分子標志物（P＜0.001）。總的來說，ctDNA甲基化作為分子標志物，在肝癌診斷、患者生存和進展過程中發揮著重大意義。
圖1. 在前期建模結果中找到10個差異甲基化基因，用于肝癌的早期診斷檢測，特異性高達85.7%以上
圖2. 聚類圖顯示ctDNA甲基化可區分疾病和正常組
圖3. ctDNA甲基化應用：區分疾病與正常組、成瘤與否、治療前后對比、手術后是否復發、癌癥的分期和進一步確定傳統分子標志物的準確性
案例2：ctDNA羥甲基化可作為人類癌癥診斷的分子標志物
原文：5-Hydroxymethylcytosine signatures in circulating cell-free DNA as diagnostic biomarkers for human cancers
期刊：Cell Research 影響因子：15
本篇文章由復旦大學華山醫院的劉杰教授課題組與芝加哥大學何川教授課題組合作，檢測了不同癌癥樣本中ctDNA羥甲基化分布和水平。本文通過ctDNA羥甲基化檢測技術，在全基因組范圍內，檢測癌癥與健康人中ctDNA羥甲基化的水平。檢測的癌癥類型包括腸癌、胃癌、胰腺癌、肝癌、甲狀腺癌，檢測組織類型包括癌癥及癌旁組織、血漿和白血球。結果發現，5hmC主要分布在基因組的轉錄活性區，可能與開放染色質和允許組蛋白修飾相關。同時，5hmC對特定癌癥類型高敏感，如腸癌和胃癌。總的來說，ctDNA羥甲基化檢測為日后僅通過血漿樣本進行無創診斷奠定了良好的基礎。
圖1. 不同類型疾病，ctDNA羥甲基化都可用于分子標志物研究
圖2. ctDNA羥甲基化可區分組織類型
圖3. 在腸癌和健康組中，單個基因羥甲基化水平的一致性很高
圖4. 腸癌的不同分期中，ctDNA羥甲基化水平不同
圖5. 胃癌及腸癌的ctDNA羥甲基化檢出率很高
樣本要求
1）樣品類型：血清、血漿、體液等。其他樣本類型請詳詢。
2）樣品量：
血清或血漿：≥5mL;
體液：請詳詢。
3）樣品保存：
血清、血漿、體液樣品，可用液氮速凍后-80℃保存，樣品保存期間避免反復凍融。
4）樣品運輸：樣品置于1.5 mL管中，封口膜封好，干冰運輸。