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    發布時間:2019-08-10 14:57 原文鏈接: cDNA文庫組標準流程二:mRNA的分離

    1.Oligotex mRNA Kits  (QIAGEN)法

     準備工作:

    1.將Oligotex Suspension 置于37℃水浴中,旋轉混勻,溶解Oligotex.,然后置于室溫。

    2.將OBB Buffer置于37℃水浴中,旋轉混勻,重溶沉淀物,然后置于室溫。

    3.將OEB Buffer 置于70℃水浴中,待用。

     

    試驗步驟:

     

    表3:加入試劑量據此表

    Total RNA

    RNase-free Water to:

    Buffer OBB

    (ul)

    Oligotex

    Suspension  (ul)

    Prep size

    <=0.25mg

    250ul

    250ul

    15

    Mini

    0.25-0.5mg

    500ul

    500ul

    30

    Midi

    0.5-0.75mg

    500ul

    500ul

    45

    Midi

    0.75-1.00mg

    500ul

    500ul

    55

    Midi

     

    1.      Total RNA 量不要多于1mg,用移液器取出所需RNA量到1.5ml離心管中,加RNase-free water 補足到500ul

    2.      根據表3加入適當體積的OBB Buffer和Oligotex Suspension, 輕彈1.5ml離心管徹底混勻

    3.      置于70℃水浴中3min

    4.      取出置于室溫(20℃-30℃)10min

    5.      13000rpm室溫離心 2min,用移液器吸出上清到一個新的1.5ml離心管中,保留上清直到polyA被結合上。

    6.      用移液器取400ul OW2 Buffer混勻沉淀物,將混合物轉移到 Spin Column中,RT ,13000rpm,離心1min

    7.      將Spin Column 轉移到一個新的1.5ml離心管中,加400ul OW2,RT,  13000rpm,離心1min

    8.      將Spin Column 轉移到一個新的1.5ml管中,取出25ulOER Buffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次樹脂,室溫 13000rpm,離心1min。

    9.      取出25ul OER Buffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次樹脂,室溫 13000rpm,離心1min。

    10.  測OD,并電泳定量。

    2.磁珠法分離mRNA

    1. 在RNase-free的Eppendorf 管中加入0.1~1.0mg的總RNA和RNase-free水至終體積為500ul.

    2.  65oC加熱10分鐘。

    3. 加入3ul生物素標記的Oligo(dT)和13ul 20×SSC于RNA中,輕輕混合,室溫放置逐漸冷去至室溫,一般需10 分鐘左右。

    4. 同時配0.5×SSC 1.2ml和0.1×SSC 1.4ml.

    5. 將磁珠(SA-PMPs)輕晃散開,放入磁性分離架上,使SA-PMPs集中于管的一側(約30sec),小心去上清,切不可離心。用0.3ml 0.5×ssc漂洗SA-PMPs,用磁性分離架集中磁珠,去除上清,重復3次。

    6. 將漂洗后的SA-PMPs重新懸浮于0.1ml 0.5Xssc,注意漂洗后的SA-PMPs應在30分鐘內使用。

    7. 將(3)中的oligo(dT)/mRNA退火反應物全部加入含漂洗好的SA—PMPs管中,輕輕搖勻,室溫下放10 分鐘。

    8. 用磁性分離架捕獲SA-PMPs,小心去上清,但不要棄去。

    9.    用0.1×SSC,每次0.3ml洗3次,每次都晃至SA-PMPs懸浮,最后一次漂洗后盡可能多的吸取水相,而不損壞SA-PMPs.

    10.將SA-PMPs重新懸浮在0.1ml RNase-free水中,反復顛倒,使SA-PMPs散開,洗脫mRNA。

    11.用磁性分離架捕獲SA-PMPs,將洗脫的mRNA吸入另一個新的Eppendorf管中。

    12.將SA-PMPs再懸浮于0.15ml RNase-free的水中,洗脫,與(11)步洗脫液合并。

    13.將得到的mRNA溶液取幾微升跑電泳,若mRNA濃度不足以進行下一步的反轉錄,則需將得到的mRNA溶液濃縮(濃縮步驟見14-18)。

    14.加0.1體積的3mol/l NaAc和1.0體積的異丙醇于洗脫液中,-20oC沉淀過夜。

    15.4oC,13000g離心60 分鐘。去上清,加入500ul 70%乙醇混勻。

    16.4oC,7500g離心10 分鐘。

    17.去上清,真空或空氣中自然風干,但不要太干,加適量RNase-free水溶解。

    18.重復步驟5-12,將步驟8保留下的樣品重新上柱

    注意事項:

    1.所有操作均需要嚴格戴手套,戴口罩進行

    2.如果total RNA質量高,雜質少,就選擇Oligotex的方法分離mRNA,相反則可以用磁珠法。

    3.mRNA的電泳圖是smear。


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