cDNA文庫構建技術cDNA鏈的反轉合成
構建cDNA文庫是一種獲得目標基因并進一步進行基因重組,基因克隆的重要方法,而在該文庫構建中有mRNA 逆轉錄出cDNA是一步極為關鍵的操作。mRNA的逆轉錄主要由MMLV、AMV兩種逆轉錄酶催化合成cDNA，在這個逆轉錄過程中，模板mRAN及逆轉錄酶是兩個最重要的影響因素。對于mRNA來講，一是豐度，二是純度，豐度愈高，純度越好，合成效率越好。在逆轉錄酶作用下，以Oligo(dT)或寡聚６核苷酸(隨機)為引物，進行cDNA第一鏈的合成。而第二鏈的合成有自身引物合成,外加引物合成及置換合成,本實驗采用置換合成法進行,即在RNaseH作用下，部分降解RNA，再用DNA多聚酶Ⅰ產生的DNA片段取代，以合成第二條鏈。一：儀器：恒溫水浴,離心機、電泳儀、電泳槽、紫外觀測儀二：試劑：cDNA合成試劑盒、飽和酚、氯仿/異丙醇、EDTA、乙醇、3M NaAC pH 5.2、TE緩沖液三：操作１：第一鏈的合成：a:在滅菌的DEPC處理Epp......閱讀全文
關于cDNA文庫的簡介
cDNA文庫（cDNA library）：是指某生物某一發育時期所轉錄的mRNA全部經反轉錄形成的cDNA片段與某種載體連接而形成的克隆的集合。 cDNA文庫是以特定的組織或細胞mRNA為模板，逆轉錄形成的互補DNA（cDNA）與適當的載體（常用噬菌體或質粒載體）連接后轉化受體菌形成重組DNA
cDNA文庫的構建1
分為六個階段：階段1：反轉錄酶催化合成cDNA第一鏈階段2：cDNA第二鏈的合成階段3：cDNA的甲基化階段4：接頭或銜接子的連接階段5：Sepharose CL-4B凝膠過濾法分離cDNA階段6：cDNA與λ噬菌體臂的連接 [階段1：反轉錄酶催化合成cDNA第一鏈] 1.在置于冰上的無菌微
cDNA文庫的構建3
接頭-銜接子與cDNA的連接8.將下列試劑加入到已削成平末端的DNA中：10×T4噬菌體DNA聚合酶修復緩沖液 2μl800~1000 ng 的磷酸化接頭或銜接子 2μlT4噬菌體DNA連接酶（105 Weiss單位/ml） 1μl10 mmol/L ATP 2μl混勻后，在16℃溫育8~12h。9
cDNA文庫組標準流程八:pBlueScript－cDNA庫擴增
1．試劑及配方：2 x LB （1升）：??????? 20g??? 氯化鈉??????? 20g??? 蛋白提取物??????? 10g??? 酵母提取物????? 加入蒸餾水至1升，用NaOH調pH值至7.0，高壓滅菌2 x LB－甘油（12.5%）（200ml）175ml? 2 x LB液體2
RLMRACE法合成雙鏈cDNA
實驗概要掌握合成雙鏈cDNA的RLM-RACE技術，可構建高質量的cDNA文庫。主要試劑1.?酶類及分子量標準?? 1)? 高保真酶Easy-A high fidelity cloning enzyme,Merck公司Stratagene系列；?? 2)?Taq DNA Polymerase，上海申
cDNA第一鏈的合成的方法
所有合成cDNA第一條鏈的方法都要用依賴于RNA的DNA聚合酶(反轉錄酶)來催化反應，主要有兩個關鍵因素，一個是mRNA模板，另一個是反轉錄酶 。商品化反轉錄酶有從禽類成髓細胞瘤病毒純化到的禽類成髓細胞病毒（AMV）逆轉錄酶和從表達克隆化的Moloney鼠白血病病毒反轉錄酶基因的大腸桿菌中分離到的鼠
關于cDNA第一鏈的合成介紹
所有合成cDNA第一條鏈的方法都要用依賴于RNA的DNA聚合酶(反轉錄酶)來催化反應,主要有兩個關鍵因素,一個是mRNA模板,另一個是反轉錄酶 [3] 。商品化反轉錄酶有從禽類成髓細胞瘤病毒純化到的禽類成髓細胞病毒（AMV）逆轉錄酶和從表達克隆化的Moloney鼠白血病病毒反轉錄酶基因的大腸桿菌
cDNA第二鏈的合成方法
cDNA第二鏈的合成方法有以下幾種：（1）自身引導法。合成的單鏈eDNA3’端能夠形成一短的發夾結構，這就為第二鏈的合成提供了現成的引物。當第一鏈合成反應產物的DNA—RNA雜交鏈變性后利用大腸桿菌DNA聚合酶I Klenow片段或反轉錄酶合成eDNA第二鏈，最后用對單鏈特異性的S1核酸酶消化該環，
cDNA合成技術
實驗材料RNA試劑、試劑盒α32PdNTPmRNA甲基氫氧化汞β-巰基乙醇RNase抑制劑引物01igo dTTris-HClMgCl2KCl逆轉錄酶EDTA酚-氯仿乙醇瓊脂糖HepesDTTDNA聚合酶核酸酶S1儀器、耗材SephadexG-100離心柱層析離心管恒溫水浴鍋電泳儀低溫離心機實驗步驟
cDNA－合成實驗
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 二硫蘇糖醇 dNTP 隨機引物 來自方案 4 的 RNA 樣品 RNasin 反轉錄緩沖液
cDNA合成技術
? ? ? ? ? ? 實驗材料 RNA 試劑、試劑盒 α32PdNTP mRNA 甲基氫氧化汞 β-巰
cDNA合成技術
實驗材料 RNA試劑、試劑盒 α32PdNTPmRNA甲基氫氧化汞β-巰基乙醇RNase抑制劑引物01igo dTTris-HClMgCl2KCl逆轉錄酶EDTA酚-氯仿乙醇瓊脂糖HepesDTTDNA聚合酶核酸酶S1儀器、耗材 SephadexG-100離心柱層析離心管恒溫水浴鍋電泳儀低溫離心機實
cDNA－合成實驗
試劑、試劑盒二硫蘇糖醇dNTP隨機引物來自方案 4 的 RNA 樣品RNasin反轉錄緩沖液儀器、耗材PCR 管子熱循環儀實驗步驟一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑0.1mol/L 二硫蘇糖醇dNTP(每種 2.5 mmol/L)隨機引物（20~40U/ml)(1034731，RocheApplied
cDNA的合成
一 原理 逆轉錄PCR?(RT-PCR) 具有靈敏度高、專一性好、簡便快捷等優點，其不僅是定量檢測微量樣品和表達水平低的基因的一種有效方法，同時也是從真核生物中獲得目的基因的一條重要途徑。 cDNA的合成是RT-PCR的重要環節。以mRNA為模板，在逆轉錄酶的催化下，隨機引物、oligo(dT)或基
cDNA－合成實驗
試劑、試劑盒 二硫蘇糖醇dNTP隨機引物來自方案 4 的 RNA 樣品 RNasin反轉錄緩沖液儀器、耗材 PCR 管子 熱循環儀實驗步驟 一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑0.1mol/L 二硫蘇糖醇dNTP(每種 2.5 mmol/L)隨機引物（20~40U/ml)(1034731，RocheAp
cDNA文庫組標準流程6
2．pBlueScriptII的雙酶切消化 1．以如下體系進行EcoRI酶切： pBSK(+) X μl（6μg） ddH2O 174-X μl 10×Buffer E 20 μl 混勻，加入限制性內切酶： EcoRI （10U/ μl） 6 μl 總體積為200 μl。 2．輕彈管壁或用槍頭輕輕吹
cDNA文庫組標準流程7
2．檢測：（PCR方法）取適量PCR薄壁管，置于冰上，按以下體系依次加入：各試劑均加好后，離心機上甩一下，使之沉底，置于PCR儀上待 PCR反應進入4℃后，取下PCR薄壁管，取7ulPCR產物加入3ul溴芬蘭跑電泳，同時上1Kb DNA ladder半小時后照相，觀察膠圖：insert、vector
關于cDNA文庫的原理介紹
一、定義 （cDNA Library）某種生物基因組轉錄的全部mRNA經反轉錄產生的cDNA片段分別與克隆載體重組，并將其引入到相應的宿主細胞中（一般為E.coli.）繁殖和擴增，理論上此群體就包含有該物種的全部mRNA信息，稱該生物基因組的cDNA文庫。 二、原理 經典cDNA文庫構建的
cDNA文庫組標準流程5
4EcoRIadaptor加接:1.往雙鏈 cDNA沉淀中加入9ulEcoRI adaptor(400ng/ul),4℃至少放置30分鐘以充分溶解cDNA沉淀;2.溶解完成后,順序加入下列試劑:1.2ul 10×Ligase Buffer1ul 10mMrATP1ul T4DNA Ligase(4U
cDNA文庫的構建和篩選
材料許多生物是疾病研究或探索使細胞和機體應對和存活于不同刺激下的分子適應機制的優良模型。 cDNA 文庫的構建和隨后目的基因的篩選可促使研究者發現在調節和響應某些外部特定環境壓力中有重要作用，而在其他體系中可能不表達或者不存在的新基因。確定這些新基因的可讀框，進一步分析其編碼蛋白質的功能可以開創全新
差減cDNA文庫法3
[大量制備生產單鏈噬菌體DNA]1.新鮮過夜培養的宿主菌XLI-Blue，以1：20稀釋在LB培養液中，在37℃培養擴增2小時。2.加1ml含單鏈cDNA的上清液。3.再于37℃繼續培養2小時。4.然后將全部溶液轉到500~1000mlLB中，生長5~6小時。5.9500rpm離心60分鐘，除去細菌
cDNA文庫組標準流程4
三．cDNA雙鏈合成1.SupersciptII —RT合成第一鏈:1.在一RNase-free的0.2mlPCR管中,加入xul mRNA(大約500ng)1ul XhoIPrimer(1.4ug/ul)(5’GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTT
cDNA文庫組標準流程1
一.Total RNA的提取 (一) 試劑配制 準備工作： 1.研缽、5ml/10ml/ 25ml移液管、100ml/250ml量筒、250ml /100ml容量瓶、藥匙、 試劑瓶等玻璃制品均用錫紙包裹口部，置于烤箱內,180℃，烤6小時。 2.50ml/1.5ml離心管、槍頭等塑料
cDNA文庫組標準流程3
二.mRNA的分離 1.Oligotex mRNA Kits (QIAGEN）法 準備工作： 1.將Oligotex Suspension 置于37℃水浴中，旋轉混勻，溶解 Oligotex.,然后置于室溫。 2.將OBB Buffer置于37℃水浴中，旋轉混勻，重溶沉淀物，然后置于室溫。 3.將
cDNA文庫組標準流程2
(二)動物組織totalRNA的提取 1．根據表1選擇適當的組織量和相應的變性裂解液量，將變性裂解液分裝到RNase-free的50ml無菌離心管中，冰浴5分鐘。 2．將組織樣品放入變性裂解液中，在高速下勻漿15-30秒/次，直到看不見組織和細胞碎片。 3．根據表1加入適量2M的乙酸鈉（pH4.0）
差減cDNA文庫法2
[cDNA末端磷酸化]1.70℃滅活反應后，稍微離心一下，置室溫5分鐘。2.在反應混合物（10μl）中加入：1μl10×連接緩沖液2μl10mMATP1μl（10μ）DNA激酶 [限制性內切酶消化]以得到粘性末端 1.限制性內切酶消化DNA和載體。 2.在37℃保溫1~5小時，然后冷卻到
差減cDNA文庫法1
[第一條鏈cDNA合成] 1.合成第一條cDNA鏈時，所有試劑應按下列順序依次加入： 10×第一條鏈合成緩沖液5.0μl 10mMdNTPMix(1.4μg/μl)2.5μl(終濃度1.25mM) Linkerprimer(1.4μl，終濃度100μg/μl) DEP
cDNA合成技術3
2. 電泳分析(1) 用50mM NaCl， 1mM EDTA制備1.4%的堿性瓊脂糖電泳， 并置堿性電泳緩沖液中30分鐘。(2) 取樣品液， 用TE調整體積， 使第一鏈和第二鏈產率測定液的體積相同，加入等體積的2×樣品緩沖液(20mmol/L NaOH， 20%甘油，0.025%溴粉蘭）。(3)
cDNA合成技術2
3. 第一鏈產量測定第一鏈摻入率(%)= 摻入cpm/總cpm ×100%摻入dNTP(nmol)=2nmol dNTP/μl ×反應體積(μl)×(第一鏈摻入率)設330為每mol dNTP的平均分子量合成cDNA量(ng)=摻入dNTP (nmol)×330ng/nmolmRNA向cDNA轉變率
cDNA合成技術1
Promega公司的RibocloneR M-MLV(H- ) cDNA合成系統采用M-MLV反轉錄酶的RNase H缺失突變株取代AMV反轉錄酶，使合成的cDNA更長。該系統的第一鏈合成使用M-MLV反轉錄酶，cDNA第二鏈合成采用置換合成法，采用 RNaseH和DNA聚合酶Ⅰ進行置換合成