洗脫劑的使用
洗脫劑的極性可用薄層層析來確定，一般以待分離樣品 Rf 值為 0.2-0.3 為宜。選擇的洗脫劑應該使兩相鄰物質 Rf 值之差最大化。不要認為在板上爬得高分離的效果就比較好，如果 Rf 在 0.6，即使相差 0.2 也不容易在柱子上分開，因為柱子是一個多次爬板的過程，可以通過公式的比較：0.6/0.8 一次的分離度，肯定不如（0.2/0.3） 的三次方或四次方大。
有時雖然在薄層板上看到分離的效果很好，但過柱層析時還是很難分開。這主要的原因就是薄層層析用硅膠比柱層析用硅膠要細得多，所以分離效果好。
解決的辦法就是降低洗脫劑的極性，一般柱層析用洗脫劑比薄層層析用的展開劑極性要再降低一倍可以達到比較好的分離效果。當所分離物質極性跨度較大時， 可用采梯度洗脫的方法， 即逐漸增加溶劑的極性，使吸附在硅膠上的不同化合物逐個洗脫下來。
常用的展開劑極性小的用乙酸乙酯：石油醚系統；極性較大的用甲醇：氯仿系統；極性大的用甲醇：水：正丁醇：醋酸系統；拖尾可以加入少量氨水或冰醋酸。對于很難分離的化合物，一是增加柱子的長度和直徑，二是減小洗脫劑的極性，這樣可以很好地將混合物分開。
在同樣能洗脫的情況下，盡量使用毒性小的洗脫劑。例如，乙酸乙酯：石油醚系統和二氯甲烷：石油醚系統， 在同樣都能洗脫的情況下，應該用毒性小的乙酸乙酯：石油醚系統。
另外洗脫劑在過柱子后最好也回收使用，一方面環保，另一方面也能節省部分經費，缺點是要消耗一定的人工。
這里要注意的是，一般在過柱同時進行的是減壓旋蒸，混合溶劑的比例由于揮發度的不同會導致極性的變化， 一般會使得極性變大，在梯度淋洗時比較合適。還有一般回收的溶劑中會有少量水分，使用前先要用干燥劑干燥好才能使用。