）標記探針檢測
取標記產物和普通PCR擴增產物各1μl，1.0%的瓊脂糖凝膠電泳。由于大分子量的DIG摻入，標記產物泳動速度比普通PCR產物要慢。所以根據電泳圖就可以判斷是否標記上和有沒有非特異標記！其余標記產物-20℃保存。
如果要準確檢測標記效率（一般不必），取標記產物1μl和Dig標記的對照DNA，用DNA稀釋液按
10倍系列稀釋后點樣于帶正電荷尼龍膜上。用紫外交聯儀或真空烘烤固定DNA探針，按雜交檢測方法進行信號檢測，然后與膜條上的Dig標記的對照DNA信號強度對比，推算出標記的探針濃度。如初始模板量較大，可取1μl標記產物稀釋10~100倍后定量。
五、基因組DNA 酶切
限制性內切酶(RE)可裂解雙鏈DNA，每種酶的特點是具有高度特異性的DNA裂解點和不同電離子強度的特殊反應條件。不同產品其反應條件不同，應根據說明書操作。單位(U)RE活性是在37℃
1小時內能將1μg
DNA所有特異性位點切斷的酶用量。若用兩種以上不同的內切酶，要注意RE的最適鹽濃度，要由低向高逐級添加適量鹽逐個進行DNA切割。
通常，10個單位的內切酶可以切割1μg不同來源和純度的DNA。
在正式酶切之前先用20μl小體系預酶切看是否切得動，然后用大體系37℃酶切過夜。
1、酶切體系：
| 組份 | 加量 |
| 10×buffer | 4.5μl |
| HindШ 內切酶 | 6.5μl |
| 樣品DNA | 25μg |
| ddH2O | 補足水至45μl，于37℃水浴中酶切20h |
每一種酶都有其相應的最佳緩沖液，以保證最佳酶活性，使用時的緩沖液濃度應為1×。有的酶要求100μg/ml的BSA以實現最佳活性。不需要BSA的酶如果加了BSA也不會受太大影響
酶切完后，取5μl 酶切DNA樣品于1%的瓊脂糖凝膠上檢測酶切是否充分。如果酶切充分，灌制1%的agrose膠，加入上樣buffer后，在25-30V穩壓電泳 12-24hrs（包括DNA Marker）。
2、電泳
1%濃度瓊脂糖凝膠、TBE buffer（EB 染料電泳后染）
100ml TBE buffer中加入10μl 10mg/ml溴化乙錠（EB）,將凝膠放置其中染色30分鐘, 照相。
六、轉膜
1、將膠裁成9.8cm×8.0cm 大小，于平皿中用蒸餾水沖洗一次；（此步一定記好膠的大小，后面裁紙/膜以及雜交液體積的選擇都要用到）
2、加入100ml 0.25 mol/L 的鹽酸脫嘌呤，室溫振蕩15~30 min，至溴酚藍完全變成黃色。（如果限制性片段＞10kb，酸處理時間可適當延長；若限制性片段很小，此步可省略）
3、用蒸餾水沖洗2 次。加入變性液（1.5mol/L NaCl、0.5mol/L NaOH）室溫振蕩20~30min；至溴酚藍完全恢復到原來的藍色。
4、用蒸餾水沖洗2 次。加入中和液（1.5mol/L NaCl、1.0mol/L Tris-Cl ， pH7.4）室溫振蕩2×15min；
5、用蒸餾水沖洗2 次。加入2×SSC 平衡凝膠和尼龍膜 5min；
6、虹吸印記法轉膜26 小時
1) 在方盤上放置一平板，其上放置一濾紙，濾紙兩端搭入盤內浸入2×SSC中，用玻璃棒趕走濾紙和平板之間的氣泡。
2) 將凝膠倒置于平臺上, 正面朝下，切掉右下角，并用保鮮膜封閉四周以防止吸水紙接觸凝膠的邊緣從而接觸平板造成液流的短路。
3) 將尼龍膜放于膠上，趕走氣泡。
4) 膜上放兩張濾紙，其上再放20層吸水紙。
5) 吸水紙上放一平板，其上放500g左右的重物，目的是建立液體從液池經凝膠向尼龍膜的上行通路，以洗脫凝膠中的DNA 并使其聚集到尼龍膜上。
6) 室溫下過夜轉膜，持續16小時以上，期間換紙2-3次。
7）完成轉膜后，膠染色，觀察轉膜效果。并標記好序號、加樣孔位置和對應分子量標準的位置，尼龍膜和凝膠直接接觸的一面為正面。
8）用2×SSC漂洗尼龍膜一次，濾紙吸干，紫外交聯儀下照射固定DNA(5000μJ /cm2)5min。
七、雜交
1）預雜交：取8.0ml 65℃預熱的Hyb
高效雜交液（Hyb-100），加入雜交管中，排盡氣泡，65℃雜交爐中預雜交2h（8-15轉/分）。（此步中高效雜交液的用量根據
9.8cm×8.0cm計算所得，1ml高效雜交液/10cm2膠，9.8×8.0=78.4 ）
2）探針變性：將已標記好的探針沸水浴中變性10 分鐘，立即放冰水浴冷卻10min(探針一經變性，立即使用)。