1．SDS與蛋白質的結合按質量成比例(即：1.4g SDS /g蛋白質)，蛋白質含量不可以超標，否則SDS結合量不足。
2．用SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳法測定蛋白質相對分子量時，必須同時作標準曲線。不能利用這次的標準曲線作為下次用。并且SDS—PAGE 測定分子量有10%誤差，不可完全信任。
3．有些蛋白質由亞基(如血紅蛋白)或兩條以上肽鏈(Q一胰凝乳蛋白酶)組成的，它們在巰基乙醇和SDS的作用下解離成亞基或多條單肽鏈。因此，對于這一類蛋白質，SDS一聚丙烯酰胺凝膠電泳法測定的只是它們的相對分子量。
4．有的蛋白質(如：電荷異常或結構異常的蛋白質；帶有較大輔基的蛋白質)不能采用該法測相對分子量。
5．如果該電泳中出現拖尾、染色帶的背景不清晰等現象，可能是SDS不純引起。