Rf基因可對 CMS 基因轉錄本的穩定性、轉錄后加工、翻譯及翻譯后加工、甚而基因的結構產生影響。對 CMS 小麥(T.timopheevi)的研究表明，CMS 相關片段 orf256 與線粒體基因 coxI 形成嵌合基因 orf256/coxI共轉錄，在 CMS 系中轉錄起始點位于 orf256 的5"非翻譯區，orf256 完整轉錄能編碼 Mr為7000的蛋白質，其結合于線粒體膜上，直接影響花粉育性。而通過雜交引入 Rf 基因后，嵌合基因的轉錄本變小，且起始點位于 orf256 編碼區內不能翻譯形成蛋白質。細胞質來源于 1s1112c 的 CMS 高梁在其線粒體上的不育相關片段 orf107 編碼 Mr為11800的蛋白質在線粒體內大量積累，而在雜交引入 Rf 基因后 orfl07 的轉錄本被加工成小片段，從而無全長轉錄本產物的存在，育性得以恢復。Rf 基因對 CMS 相關基因轉錄后加工的影響在胞質源于 Chinsurah boroII的水稻中找到了例證。Chinsurah boroII CMS 水稻線粒體中有兩類 atp6 基因，N-atp6 與正常胞質的相同，S-atp6 為不育系所特有，二者編碼區相同只是在3"非編碼區有差異。在不育系中 S-atp6 轉錄本為2.0 kb，不能被進一步加工形成1.5 kb的正常轉錄本，編碼形成不正常的 ATP6 蛋白，抑制或競爭正常的 ATP6 蛋白使線粒體功能受損。而在引入Rf基因后 S-atp6 2.0 kb的轉錄本被有效加工，形成正常轉錄本。此外在 pol 型 CMS 油菜、S-CMS 玉米、CMS 細香蔥及 CMS 芥菜等中都發現 Rf 基因對 CMS 相關基因轉錄及轉錄后加工的影響。因此認為 Rf 基因對 CMS 基因轉錄水平的影響是 Rf 基因常見的一種作用方式。在對 CMS 菜豆的研究發現，其育性恢復可通過核基因上的兩個恢復基因 Rf1、Rf2 通過不同的機制來完成。Rf1 可直接取消與不育對應的3.7 kb的 pvs 片段。從而永久性的恢復育性。而Rf2 通過在翻譯后水平影響線粒體不育片段 pvs 編碼多肽 ORF239 的穩定性，對育性進行調節。Ogura 型胞質不育蘿卜的 Rf 基因對線粒體嵌合讀碼框 orf138 的作用方式也是如此。總之， Rf 基因對 CMS 的影響是確實存在的，它可以對 CMS 相關基因在各個層次上進行調控。但 Rf 基因的分子本質到底如何，這顯然更吸引研究者的興趣。