熒光定量pcr的體系配置和普通PCR沒什么區別，因為qPCR的關鍵在于熒光物質的加入，擴增的過程中會產生大量攜帶熒光信號的PCR產物。所有的定量PCR儀器都有三個共同的組成部分：檢測器、光路系統、熱循環模塊。每個循環結束后，熒光定量PCR儀通過光學系統記錄熒光信號的增加。最后，定量PCR軟件計算出數據，用于實驗結果的分析。
首先在PCR擴增反應的最初數個循環里，熒光信號變化不大，接近一條直線，這樣的直線即是基線，這條線是可以自動生成也可以手動設置的。之后反應會進入指數增長期，這個期間擴增曲線具有高度重復性，在該期間，可設定一條熒光閾值線，它可以設定在熒光信號指數擴增階段任意位置上，但一般會將熒光閾值的缺省設置是 3-15 個循環的熒光信號的標準偏差的10 倍。每個反應管內的熒光信號到達設定的閾值時所經歷的循環數被稱為CT值，這個值與起始濃度的對數成線性關系，且該值具有重現性。
*線性圖譜
Ct值最大的意義就是用來計算目的基因的表達量，此時就有兩個概念容易被提及，那就是絕對定量和相對定量，絕對定量的目的是測定目的基因在樣本中的分子數目，即通常所說的拷貝數。相對定量的目的是測定目的基因在兩個或多個樣本中的含量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的拷貝數。
Ct值誠然可以被利用來計算這兩種定量結果，但是絕對定量實驗必須使用已知拷貝數的絕對標準品，必須做標準曲線。相對定量可以做標準曲線，也可以不做標準曲線。絕對標準品制作困難難以獲取，實驗室基本都是選擇相對定量的方法來計算相對基因表達量。