MLPA(Multiples ligation-dependent probe amplification)，多重連接依賴探針擴增，是一種在同一反應管內檢測多達50個核苷酸序列的拷貝數變化的方法。MLPA可以快速同時鑒定幾十個基因的缺失和插入，可用于血液，腫瘤樣本的DNA，mRNA的表達譜分析。而且，MLPA方法可用于甲基化分析。MLPA已經證實是可信而可靠的方法，目前已廣泛應用于全世界900多個實驗室，使用該技術發表的論文已近千篇。
MLPA目前的應用領域：
1.檢測小的重排：BRCA1，BRCA2，MSH2，MLH1，DMD，APC，SMA，NF1，NF2，VHL，TSC1/2，MECP2，NSD1，LDLR，FBN1，CFTR，DPYD，COOL5A1，CACNA1A，PKHD1，BRIP1，SLC26A4，LNM1B，PRSS1，FRMD7，TPMT，FLCN，DNAI1，EP300，DNAH5，UBE3A，PCCA，PCDH15等。
2.檢測大范圍的染色體重排：williams syndrome，prader-willi/angelman syndrome，digeorge syndrome，cri du chat，pelizaeus-merzbacher，CMT1，HNPP等。
3.檢測亞端粒區的拷貝數改變。
4.檢測染色體非整倍體改變，（包括羊水樣本）。
5.腫瘤診斷：ALL，CLL，Oligodendrogliomas，melanomas，neuroblastomas等病的拷貝數改變。
6.甲基化定量檢測：Parader-willi、angelman syndrome，beckwith wiedemann，MGMT，MLH1，Fragile X，抑癌基因的失活。
7.mRNA分析細胞凋亡和炎癥反應。
MLPA的特點：
1.基于PCR的反應，一個反應同時檢測多達50個基因組DNA序列的拷貝數。
2.樣本量要求：只需20 ng 人DNA，羊水0.5 ml 約3000個細胞。
3.能區分一個堿基的差異的核酸序列。
4.反應條件優化，所有試劑盒基本適用同一反應條件，試劑盒包含了所有必需試劑。
5.高通量：24小時內得到結果。
6.儀器要求：只需普通PCR儀和測序儀。
7.檢測范圍：從點突變到大染色體缺失/插入均能檢測。
MLPA反應條件（one-tube MLPA protocol）：
1.DNA變性：98度加熱5分鐘。
2.雜交：加入SALSA探針混合物和buffer于95度孵育1分鐘，然后于60度雜交16個小時。
3.連接：加連接酶和buffer于54度孵育15分鐘。再于98度加熱5分鐘使連接酶失活。
4.加引物：dNTP，聚合酶，然后開始PCR擴增。
5.毛細管電泳：輸出片段長度和峰面積，軟件分析結果。
MLPA的優點：
1.MLPA技術能用于檢測許多不同的疾病，差別只是探針不同而已。
2.MLPA是多重反應，一個反應提供了將近50個靶位點。
3.MLPA反應費用較低。
4.MLPA重復性好，簡單易操作，可以同時檢測多個樣本。
5.MLPA敏感性高，僅需20 ng 人DNA，結果不受樣品DNA量的影響。
6.MLPA能區分單個堿基的差異，能檢測少量的拷貝數改變，如2個，3個拷貝數改變。
7.MLPA可以檢測單一外顯子的缺失和插入突變。
8.所需儀器易得到