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    發布時間:2021-03-01 22:40 原文鏈接: KAPAHyperChoice探針在200Mb的人類基因組區域定制的應用

    KAPA HyperChoice / KAPA HyperExplore 定制設計

    KAPA HyperChoice探針支持高達200 Mb的人類基因組區域定制, KAPA HyperExplore探針支持高達200 Mb的非人類基因組或復雜區域的定制。羅氏久經驗證的專有算法,加上我們在探針排布和設計領域近20年的經驗積累,能幫您解鎖基因組困難區域。結合優化的KAPA HyperCap工作流程V3.0,KAPA靶向富集探針可大大提高捕獲均一性,并減少有效識別基因組變異所需的測序數據量。

     

     

    精益設計

     

     

    高性能KAPA靶向富集探針,快速、高效地覆蓋目標區域

    ? 依靠羅氏專有算法和久經驗證的探針排布及設計,改善目標覆蓋度,提高測序效率,使樣本數據利用最大化。

    ? 支持上傳基因名稱和bed文件,手動輸入基因組坐標,或從常用基因名列表中進行選擇。

    羅氏設計專家在線指導和支持

    ? 有關您的特殊設計需求或非人類物種定制,羅氏專業設計團隊將為您提供專屬服務。我們的設計專家將傾聽您的需求, 以優化您的探針設計和選擇。

    僅需幾步,理想設計唾手可得

    ? 羅氏的專業設計能力、卓越的高保真探針合成工藝、優化的KAPA HyperCap工作流程,是您從第一次設計開始就能體驗到的高品質產品與服務。

     

     

    KAPA HyperChoice / KAPA HyperExplore 定制設計探針

    ? 使用KAPA高保真聚合酶合成,經羅氏專有算法設計。

    ? 基于NGS方法的質量控制體系,保證質量穩定。

    ? 更高的均一性和更低PCR重復率,達到更好的目標區域覆蓋

     

     

    圖1. 未經優化的KAPA靶向富集探針,性能已然優于SeqCap EZ Prime探針。對比試驗中,兩種方法均依照各自的標準HyperCap Workflow操作指南,樣本使用coriell DNA。每個捕獲反應混合8個DNA文庫,并根據panel大小在MiSeq系統上以2 x 100 bp測序。為了同等比較兩種不同技術的性能,HyperChoice Panel根據SeqCap EZ Neurodegenerative進行設計,但并沒有像SeqCap EZ panel那樣經過優化。結果表明,KAPA HyperChoice探針以更高的均一性和更好的目標區域覆蓋度超出SeqCap EZ版本探針。

     

     

    在NovaSeq6000系統測序,結果顯示出非常低的PCR重復率,高均一性(Fold80低)和高目標區域覆蓋(≥30X堿基覆蓋率)。兩種設計均按照KAPA HyperCap Workflow v3.0,樣本為100 ng NA12891 DNA。數據指標為6個重復,單樣本捕獲的平均值


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