一、主機室環境溫度和濕度的控制，溫度在15～25℃，濕度<70%。
二、主機24小時運行，做實驗前先檢查真空情況，要求主機鏡筒真空高于2×10-5Pa，并且高壓指示燈（綠燈）亮后，方可加高壓。另外打開氮氣閥，供主機氣閥用。
三、加高壓必須按如下程序進行，即20→100KV為2min，等待3 min，100→160KV為6min，等待5min，160→180KV為8min，等待5min，180→200KV為15min，等待5min。
四、將液氮加入冷井（小心燙傷）
五、根據實驗要求選定試樣臺（單傾或雙傾），將觀察試樣小心裝上試樣臺。插入試樣臺前檢查主機工作參數顯示屏上試樣臺的參數條件，選定參數后，插入試樣臺進行預抽真空，等待綠燈亮后過15min，完全插入試樣臺，再過2min后加燈絲電流。
六、試樣觀察分析
1、1～5合軸；
2、小心移動試樣臺，觀察分析試樣；
3、根據要求選擇、調整聚光鏡、物鏡和選區的光欄；
4、聚焦、拍照，
5、在高倍條件下需進行電壓中心和像散調整。
七、試樣觀察完畢后，將放大倍數設定在40K，束流聚焦在觀察屏中心，關掉燈絲電流，復位試樣臺至“0”，然后小心拉出試樣臺。
八、實驗完畢后，先退下高壓至20KV（200→20KV為2min），然后關掉高壓。
九、置ACD模式，將冷井中剩余的液氮加熱。
十、離開實驗室前，認真檢查空調和除濕機的運行情況。
十一、維護保養
1、檢查高壓箱、電子槍的SF6氣壓（一星期一次）；
2、檢查機械泵的油面和清潔度（兩星期一次）；
3、檢查冷卻水箱液面高度和清潔度（一星期一次）；
4、空氣壓縮機放水（一星期一次）；
5、空調過濾網清洗（每月一次）。