1.故障:調諧時,沒有出現參考峰
原因（1）：參考標樣全氟只丁氨瓶中沒有參考標樣
解決方法（1）：在質譜儀內置的參考樣瓶中添加參考標樣全氟硯丁氨
原因（2）：堵塞了參考標樣的管路
解決方法（2）：將管路拆下并用丙酮超聲清洗
原因（3）：空氣泄漏
解決方法（3）：對空氣峰m/z28的高度進行檢查，如果比0%氦氣峰m/z4的高度大，那么說明有空氣泄漏,將丙酮用注射器往各接口處滴加，泄漏的確切位置通過觀察丙酮的分子離子峰m/z58的強度變化來進一步的查明。
2.故障：m/z1828、32峰比10%氣峰m/4大
原因（1）：空氣泄漏
解決方法（1）：檢漏，對柱子的連接情況進行檢查
原因（2）：即將用氦氣，雜質富集于氣瓶內
解決方法（2）：對載氣瓶進行更換，并對脫氣裝置進行安裝
原因（3）：新近清洗的離子源沒有烘干
解決方法（3）：設置250攝氏度的離子源溫度對離子源烘烤
原因（4）：污染了柱子
解決方法（4）：對柱子進行老化
3.故障：當調諧參數改變時,調諧峰強度的變化滯后
原因：（1）污染了離子源
解決方法（1）：依次用甲醇、丙酮超聲漬洗離子源15分鐘。
原因（2）：污染了預四級桿
解決方法（2）：依次用甲醇、丙酮超聲漬洗預四級桿15分鐘。
原因（3）：離子源部件的安裝沒有到位，沒有接通電路
解決方法（3）：拆下離子源，重新安裝
4.故障：調諧參數改變時,儀器響應不明顯
原因：未接通電路或離子源短路
解決方法：將離子源取出，對各部件間的電路用萬用表測量，從而判斷電路連接是否正常。