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    發布時間:2020-02-01 23:52 原文鏈接: E.coli基因文庫的分類和選擇

    文庫種類

    Dharmacon 大腸桿菌資源庫包括大腸桿菌Keio基因敲除文庫,監測基因表達的啟動子-GFP融合文庫,以及用于研究蛋白質-蛋白質相互作用的標記ORF文庫。

    大腸桿菌(E.coli)基因cDNA&ORF文庫 

    (1)大腸桿菌Keio基因敲除文庫(E.coli Keio Knockout Collection)

    大腸桿菌Keio基因敲除文庫包含一組大腸桿菌K-12中所有非必需基因的單基因敲除突變體。共計3985個基因,每個基因有兩個獨立的缺失菌株,共產生7970個菌株;每一個被刪除的基因被一個卡那霉素抗性盒所取代,該盒側翼帶有FRT位點可被FLP重組酶識別并切除。大腸桿菌Keio文庫不僅是系統功能基因組學的資源,而且可以作為一些反向遺傳學方法的工具。與突變體表型與相應基因相關的正向遺傳方法相反,Keio文庫允許分析與基因功能完全喪失相關的后果。

    (2)大腸桿菌啟動子文庫(E.coli Promoter Collection)

    Weizmann Institute of Science的研究人員建立了大腸桿菌菌株庫,能夠在活細胞中實時檢測基因表達。每個報告菌株都標記了明亮的、快速折疊的綠色熒光蛋白(GFP),融合到低拷貝質粒中大腸桿菌啟動子的全長拷貝上。這個文庫包括大腸桿菌K12菌株MG1655的1900多個啟動子(整個基因組有2500個啟動子),并且能夠以高精度和重復性地實時檢測基因表達。使用FACS或延時熒光顯微鏡在多孔板中進行實驗,測量單個細胞中的基因表達,靈敏度高。

    (3)大腸桿菌標記ORFs(E.coli Tagged ORF)

    多倫多大學的Andrew Emili和Jack Greenblatt實驗室發布的Dharmacon? SPA-and-TAP標記的大腸桿菌文庫,旨在促進蛋白質-蛋白質相互作用的研究。共成功標記了857個蛋白,包括198個必需蛋白和保守蛋白。超過四分之一的蛋白質已被源實驗室成功純化。

    參考文獻:

    1.  K.A. Datsenko, B.L. Wanner, One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products. PNAS. 97, 6640-6645 (2000).

    2. S. Kalir et al., Ordering genes in a flagella pathway by analysis of expression kinetics from living bacteria. Science.292, 2080–2083 (2001).

    3. A. Zaslaver et al., Just-in-time transcription program in metabolic pathways. Nature Genetics.36, 486–491 (2004).

    4. G. Butland et al.,Interaction network containing conserved and essential protein complexes in Escherichia coli. Nature. 433, 531–537 (3 February 2005).


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