又稱基因疫苗或核酸疫苗。將能編碼引起保護性免疫應答的病原體免疫原基因片段和質粒重組，重組體直接注入宿主機體，使體內持續表達該抗原，進而誘導出保護性體液免疫和細胞免疫的新型疫苗。這種核酸既是載體，又能在真核細胞中表達抗原，刺激機體產生特異而有效的免疫反應。其優點：免疫效果好，可激發機體全面免疫應答，免疫力持久，制備簡單成本低廉，便于儲存運輸，既能聯合免疫，又具預防和免疫治療雙重功能，缺點是安全性需進一步研究證實。
