當在預電泳時，即可進行樣品的制備，將反應完畢的樣品在沸水浴中加熱1～3分鐘，立即置于冰上即可。如果樣品長時間不用，則應重新處理。可使用4～6%聚丙烯酰胺凝膠，膠厚0.4 mm。厚度小于0.4 mm的膠可能導致信號太弱。加樣時不必吸去上層覆蓋的礦物油，但要小心地吸取礦物油下的藍色樣品。
