DNA探針根據其來源分為3種:
一種來源于基因組中的基因本身,稱為基因組探針(genomic probe),可以是基因的全序列,或者基因上的一段序列;
另一種是從相應的基因經轉錄獲得mRNA,再通過逆轉錄得到的探針,稱為cDNA探針(cDNA probe);
此外,還可在體外人工合成20～50個堿基的與基因序列互補的DNA片段,稱為寡核苷酸探針。
