基因組DNA探針的獲得有賴于分子克隆技術的發展和應用。要得到一種特異性DNA探針,常常是比較煩瑣的。以細菌為例,細菌的基因組大小約為5×106堿基,約含3000個基因。要獲得某細菌特異的核酸探針,通常要采取建立細菌基因組DNA文庫的辦法,即將細菌DNA切成小片段后(如用限制性內切酶做不完全水解)分別克隆得到包含基因組的全信息的克隆庫,然后用多種其他菌種的DNA探針來篩選,產生雜交信號的克隆被剔除,最后剩下的不與任何其他細菌雜交的克隆則可能含有該細菌特異性DNA片段。
cDNA探針是從相應的基因經轉錄獲得mRNA,再通過逆轉錄酶的作用得到的探針,不含內含子序列。
在體外通過機器可以合成小片段單鏈寡核苷酸探針。寡核苷酸探針穩定、特異性高,在非常嚴格的條件下.用寡核苷酸探針進行的雜交試驗能檢測單個堿基突變和單個堿基的錯配,但寡核苷酸探針短,帶有的標記物少,敏感性較低。