很多，其反應本質是先切斷DNA的磷酸二脂鍵，改變DNA的鏈環數之后再連接之，兼具DNA內切酶和DNA連接酶的功能．然而它們并不能連接事先已經存在的斷裂DNA，也就是說，其斷裂反應與連接反應是相互耦聯的。拓撲異構酶（包括Ⅰ型和II型）都可以用符號轉化模型進行解釋
除了DNA拓撲異構酶可以產生異構變化以外，很多能夠嵌入相鄰堿基之間影響堿基堆集作用的試劑，特別是片狀的染料分子．也能改變DNA的拓撲狀態，最明顯的例子就是溴化乙錠(ethidium bromide)。例如以SV40的CCC分子與溴化乙錠的結合試驗為例，當沒有染料時，此DNA為負超螺旋，具有較高的沉降常數(21S)；當加入染料分子與核苷酸之比為0.05時，沉降數降至l6S，此時DNA為沒有超螺旋的松弛形式；當染料分子和核苷酸的比值增加到0.09時，沉降常數又上升到大約21S，此時DNA分子為正超螺旋。不過要注意的是，溴化乙錠并沒有改變Lk值，只不過是由溴化乙錠分子的嵌入，增加了局部DNA二級結構的緊纏狀態。因而，隨著嵌入染料分子數的增多，起初表現為負超螺旋的減少與消失，隨后便是正超螺旋的增加。這與單鏈DNA結合蛋白促進負超螺旋轉變為泡狀結構的情況是類似的。
拓撲異構酶（topoisomerase）:通過切斷DNA的一條或兩條鏈中的磷酸二酯鍵，然后重新纏繞和封口來改變DNA連環數的酶。DNA促旋酶。