對于基因探針的克隆尚有更快捷的途徑。這也是許多重要蛋白質的編碼基因的克隆方法。
該方法的第一步是分離純化蛋白質，然后測定該蛋白的氨基或羥基末端的部分氨基酸序列，然后根據這一序列合成一套寡核苷酸探針。用此探針在DNA文庫中篩選，陽性克隆即是目標蛋白的編碼基因。值得一提的是真核細胞和原核細胞DNA組織有所不同。真核基因中含有非編碼的內含子序列，而原核則沒有。
因此，真核基因組DNA探針用于檢測基因表達時雜交效率要明顯低于cDNA探針。
DNA探針（包括cDNA探針）的主要優點有下面三點：
①這類探針多克隆在質粒載體中，可以無限繁殖，取之不盡，制備方法簡便。
②DNA探針不易降解（相對RNA而言），一般能有效抑制DNA酶活性。
③DNA探針的標記方法較成熟，有多種方法可供選擇，如缺口平移，隨機引物法，PCR標記法等，能用于同位素和非同位素標記。