在給定細胞中,表觀遺傳學信號可以決定基因的表達情況。科學家們開發了一種新分析法,對表觀遺傳學標簽進行了系統性研究。
多細胞生物的每個細胞都攜帶著相同的遺傳學信息。不過,不同類型的細胞只激活功能所需的特定基因。舉例來說,肌肉細胞和神經細胞中的基因表達情況就大不相同。哪些基因在何時被激活,很大程度上是由組蛋白上的化學修飾決定的。人們將添加和去除組蛋白標簽的酶分別稱為“writer”和“eraser”。這些酶受到表觀遺傳學信號通路的控制,對細胞局部環境發生的改變進行應答。“擾亂這些信號通路就會引發疾病,比如癌癥或阿爾茨海默癥,”德國慕尼黑大學(LMU)的Peter Becker教授說。Becker教授與博士生Christian Feller深入分析了參與組蛋白乙酰化信號通路的酶,這項研究發表在Cell旗下的Molecular Cell雜志上。
四種類型的組蛋白相互作用,將細胞核里的DNA緊緊地包裝起來。這樣的緊密包裝能夠有效阻止酶讀取DNA上的遺傳信息。然而,乙酰基連到組蛋白上能削弱它們對DNA的占據。因此局部乙酰化能暴露出相應的基因,讓它們更容易激活。“這樣的組蛋白乙酰化已經廣為人知,但我們對組蛋白上的乙酰化靶位點并不了解,”Becker解釋道。
組蛋白乙酰化是由乙酰轉移酶介導的。人類基因組編碼有六十多種組蛋白乙酰轉移酶,果蠅擁有四十多種組蛋白乙酰轉移酶,其中大多數與人類非常相似。“然而,迄今為止人們還沒能明確單個乙酰轉移酶對乙酰化模體生成的影響,”Becker說。
研究人員在組蛋白片段化和質譜技術的基礎上,定量分析了單個組蛋白修飾及其組合。他們在果蠅細胞中,對各乙酰轉移酶(和去乙酰酶)進行了遺傳學抑制,確定了這些酶對不同乙酰化模體的貢獻。研究還顯示,附近出現乙酰化和其他修飾,會對對許多酶的識別位點產生很大的影響。
“最令我們意外的發現是,去除某個乙酰轉移酶之后,其識別位點附近往往會出現新的乙酰化標簽,因此總體乙酰化水平與正常情況是很接近的,”Feller說。人們早就認識到生物學系統有著超強的補償能力。“然而組蛋白乙酰化系統的這種補償程度令我們非常驚訝,”Becker補充道,“由此看來,表觀遺傳學信號通路之間的連接回路相當復雜。”
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