親和標簽已成為后基因組學時代純化重組蛋白常用手段。此方法無需了解蛋白質的生化特性或生理活性,就可通過帶標簽的重組融合蛋白選擇性地與層析基質上的配體結合,從而得以純化任何蛋白質。此方法與常規的層析方法不同之處在于,針對不同的蛋白質需要開發特定的配體和方法。采用保護蛋白質結構和功能完整性的溫和條件,已成功地通過一步親和層析從粗提物中純化出了多種重組蛋白,純度達 90%以上。(Arnau et al. 2006)。
然而,對于蛋白質的結構研究和治療或診斷試劑的應用,我們期望獲得天然的無標簽蛋白,以避免親和標簽所帶來的潛在干擾(Arnau et al. 2006, Bucher et al. 2002)。因此需要用蛋白酶剪切純化的融合蛋白,然后再經親和層析去除蛋白酶和切除的融合標簽從而獲得天然純品。然而針對某些特定的融合蛋白,此剪切過程比較困難。另一體系采用內含肽對融合蛋白進行自我剪切從而獲得天然 N端的重組蛋白。然而,這一自我剪切過程很緩慢并大大依賴于內含肽與目的蛋白連接處的氨基酸序列( Waugh 2005),因此限制此方法應用于重組蛋白的純化。