該疾病原發灶的處理主要是區域性根治性切除。為防止復發，手術應在距腫瘤1cm以外的正常組織內進行腫瘤切除。腮腺高分化黏液表皮樣癌首次手術治療者，不管病期如何，一般采用保留面神經的腮腺全切除術；低分化型浸潤面神經的機會較多，如面神經受累，應行犧牲面神經的腮腺全切術，如果及的面神經長度較大，可以在切除一段神經后做神經移植。發生在頜下腺的黏液表皮樣癌，應行頜下三角清掃術。發生在腭部者，應做部分上頜骨切除術。如腫瘤已侵犯周圍組織，應做擴大切除術。
其病灶區域的淋巴結轉移率較低，除低分化型可考慮選擇性頸淋巴清掃術，高分化者一般不做選擇性頸淋巴清掃術。Perzik等強調，只有在切除原發腫瘤時確定頸淋巴結有轉移者，才做頸淋巴結清掃術。
該疾病對放射治療不敏感，但對低分化型術后可配合使用放射治療，有可能提高療效或減少復發。