1.急性移植物抗宿主病的預防
（1）供者選擇 盡量選擇供受者間HLA相合程度高的移植。
（2）無菌 加強環境保護，置受者于層流病室及移植前行腸道無菌處理。
（3）免疫抑制劑 移植后選擇有效的免疫抑制藥物預防。環孢菌素A和甲氨蝶呤是最基礎的藥物，近幾年又在此基礎上再加用一種新藥，如他克莫司、麥考酚酸酯，可提高效果。也可將甲氨蝶呤去除，選用環孢菌素A加上述2種新藥之一。
（4）去除T淋巴細胞 移植物中去除T淋巴細胞（加用抗T細胞的單克隆抗體）。雖可減輕移植物抗宿主病，但易造成白血病復發。因為移植物中的T淋巴細胞雖是造成相應靶器官損傷的主要責任者，但也是移植物抗擊體內殘留白血病細胞的主力軍。
（5）補充丙種球蛋白 大劑量靜脈注射丙種球蛋白。
2.慢性移植物抗宿主病的預防
移植后延長免疫抑制劑的使用時間，如環孢菌素A在移植半年后繼續應用可降低慢性移植物抗宿主病的發生率。移植物進行去T細胞(用抗CD3單抗)處理可降低慢性移植物抗宿主病的發生，危險性可減少50%，但由于減少慢性移植物抗宿主病后，與之并存的抗白血病效應(簡稱GVL)同樣降低，易導致白血病的復發，故總體生存率并未提高。因此，移植物去T細胞處理仍有爭議，未廣泛采用。