兩個相同原子或基團在雙鍵或脂環的同側的為順式異構體，也用 cis- 來表示。
兩個相同原子或基團在雙鍵或脂環的異側的為反式異構體，也用 trans- 來表示。
用順反異構命名法命名的有機化合物例舉
順反異構命名舉例
順反命名法命名存在一個缺陷：若雙鍵上兩個碳原子上連有四個完全不同的原子或基團，就無法命名，因此國際規定了標準的Z-E命名法。但Z-E異構命名法不適用于因脂環引起的順反異構的命名，這是因為脂環中的任一個碳原子已經連有兩個相同的原子（碳原子），不存在連接四個完全不同基團的可能性。
兩個碳原子上沒有全連有四個相同的原子或基團的順反異構體，既可以用Z-E命名法，也可以用順反異構命名法。但需要注意的是，順反異構體的命名與Z-E構型的命名不是完全相同的。這是兩種不同的命名法，故順式不一定就是Z型，反式不一定就是E型。
國際統一規定：按“順序規則”分別比較每個碳原子上連接的兩個原子或基團，若兩個較優基團在π鍵平面同側者為Z型異構體，在異側者為E型異構體。Z和E分別取自德語單詞“Zusammen”和“Entgegen”的首位字母，前者意思是“在一起”，后者的意思是“相反，相對”。
現假設下圖構型式中的基團的次序是
，則它們的構型取決于a和d是在同側還是異側：
對于多烯烴的Z-E異構，每個雙鍵的構型均須要標出。對雙鍵的第一個原子進行標號，并寫在構型符號前面。雙鍵若從兩邊編號構型相同且編號加總數不變時，Z型先標出。
用Z-E命名法命名的有機化合物舉例
ZE命名法
1.由碳上直接相連的兩個原子的原子序數的大小來決定，原子序數大者為優。如I>Br>Cl>O>C>H。
若兩個原子為同位素時，則比較相對原子質量數大小，質量高的為較優基團。如T>D>H。
2.若與碳原子直接相連的第一個原子相同，要依次比較第二個甚至第三個原子，依此類推，直到比較出優先順序為止。
如甲基和乙基，甲基的第一個碳原子上連接了3個H原子，乙基的第一個碳原子連接了2個H原子和一個C原子，C的原子序數比H大，所以乙基為“較優”基團。
同理，如下圖，三級碳原子>二級碳原子>一級碳原子。
3.當與碳原子相連的是不飽和基團時，如羰基，羧基，醛基等看作是和O連了兩次，碳氮三鍵看作是和N連了三次。如下圖，故羧基>醛基>羥甲基
4.若與雙鍵碳原子相連的基團互為順反異構時，Z型先于E型。
5.若參與比較順序的原子的鍵不到4個，例如氮原子，則可以補充適量的原子序數為零的假想原子，假想原子的排序放在最后。例如CH3CH=NCH3，這個N原子上除雙鍵外有一個甲基，則假設它的第二個基團為一個原子序數為0的假想原子CH3->假想原子。
常見基團次序表
