根據菌絲中是否存在隔膜，可把霉菌菌絲分成兩種類型：無隔膜菌絲和有隔膜菌絲。無隔膜菌絲中無隔膜，整團菌絲體就是一個單細胞，其中含有多個細胞核。這是低等真菌所具有的菌絲類型。有隔膜菌絲中有隔膜，被隔膜隔開的一段菌絲就是一個細胞，菌絲體由很多個細胞組成，每個細胞內有1個或多個細胞核。在隔膜上有1至多個小孔，使細胞之間的細胞質和營養物質可以相互溝通。這是高等真菌所具有的菌絲類型。
