逆轉錄轉座子都需要RNA中間物，但LTR逆轉錄轉座子和無LTR逆轉錄轉座子在轉座的具體步驟上有很大的差別。
LTR逆轉錄轉座子進行轉座時，形成cDNA的過程與逆轉錄病毒合成cDNA相同，雙鏈cDNA通過剪切一黏接轉座插入靶序列。無LTR逆轉錄轉座子的轉座過程較復雜，以LINE為例，轉座的基本過程如下：
①在RNA polⅡ的催化下，由LINE-DNA轉錄生成LINE-mRNA。
②LINE-mRNA進入細胞質，翻譯生成逆轉錄酶和內切核酸酶。
③LINE-mRNA與翻譯產物一起返回細胞核，結合到受體DNA富含T的靶位點，復合體中的內切核酸酶在靶位點切開DNA的一條鏈，產生3'—OH和5‘—磷酸基，并形成RNA—DNA雜合分子短片段。
④逆轉錄酶在靶位點的3'—OH上，以LINE-mRNA為模板，啟動逆轉錄，開始合成cDNA的第一條鏈。
⑤靶位點上的第二條鏈被內切酶或宿主細胞內的核酸酶切開，產生3'—OH和5‘—磷酸基。新合成的cDNA第一條鏈與靶位點上的另一條鏈形成雙鏈短片段，以靶位點上的3'—OH為引物，合成cDNA的第二條鏈。
⑥靶位點上的缺口被宿主DNA聚合酶填補，最終在受體DNA中新插入一個LINE。