雷帕霉素在動物實驗和臨床應用中的給藥方式較多，有腹腔內注射、靜脈注射及口服等。口服用藥后約1.5—2小時可達峰值，口服后的平均生物利用度在腎移植受者為15%，半衰期為62小時。藥物吸收入血后，95%分布于紅細胞內，血漿中含量只占3%，游離狀態存在的藥物極少。因此臨床上以全血標本來監測雷帕霉素的血藥濃度。血藥的Cmax和AUC值與劑量成正比。
檢測血藥濃度的最好方法是高效液相色譜法（HPLC），該方法靈敏度高。Serkova等在猴肺移植實驗中檢測到雷帕霉素在組織中的分布以膽囊、胰腺、移植肺、小腦、腎、脾最高。在人類雷帕霉素的濃度分布以肺、心、腎、胰腺、脾、肝等臟器中較高。RAPA主要經細胞色素P450系統代謝，并經膽汁排出，故對細胞色素P450系統有影響的藥物，可對雷帕霉素的藥物動力學產生影響。