免疫化學法測定酶蛋白濃度的優缺點與傳統的酶活性測定法相比，免疫化學測定法的優點主要有：①靈敏度高，靈敏度達到ng/L至μg/L的水平，能測定樣品中用原有其他方法不易測出的少量或痕量酶；②特異性高，幾乎不受體液中其他物質，如酶抑制劑、激活劑等的影響，不受藥物的干擾；③能用于一些不表現酶活性的酶蛋白的酶測定，如各種酶原或去輔基酶蛋白，或因遺傳變異而導致合成無活性的酶蛋白，以及失活的酶蛋白等；④在某些情況下，與酶活性測定相結合，計算免疫比活性，能提供更多的具有臨床應用和研究價值新的資料和信息。⑤特別適用于同工酶的測定。
酶的免疫化學測定也有其局限性。主要表現在：①要制備足夠量的提純酶作為抗原和具有免疫化學性質的抗血清常常是很困難的，而且工作量很大；②測定步驟多，操作繁瑣；③測定成本高。因此，必須熟練掌握免疫化學技術，掌握抗原抗體復合物形成的最佳條件，不斷降低成本，才能既保證測定結果準確，又能在臨床廣泛推廣使用。