1、原生質體融合
將不同物種的原生質體進行融合，可實現兩種基因組的結合。也可將一種細胞的細胞器，如線粒體或葉綠體與另一種細胞融合，此時，是一種細胞的細胞核處于兩種細胞來源的細胞質中，這就形成了胞質雜種（cybrid）。
2、花粉管通道法
在授粉后向子房注射含目的基因的DNA溶液，利用植物在開花、受精過程中形成的花粉管通道，將外源DNA導入受精卵細胞中，并進一步整合到受體細胞的基因中，隨受精卵的發育而成為轉基因新個體。該方法是由中國學者在20世紀80年代提出的。中國推廣面積最大的轉基因抗蟲棉就是采用花粉管通道法培育出來的。