作物的留種與否，與是否采用轉基因技術無關。不能留種的作物大部分是采用雜交技術生產的，種植雜交第一代種子，需要年年配制雜交第一代種子用于大田生產。雜交第一代種所產的種子便是雜交第二代，如果將雜交第二代種子用于大田生產，田間長出的植株便出現嚴重分離，株型各異，抗蟲性能、產量、品質都大幅降低。由于遺傳學基本定律，雜交種后代會發生性狀分離，導致雜種優勢喪失，因此雜交種無法正常留種，農民每年必須購買新的雜交種子。
目前并沒有生物學上無法留種的轉基因作物上市，一些所謂的不留種的轉基因作物只是公司為了保護知識產權而簽的法律協議約束。而且這些協議只在部分國家生效。
隨著科學技術的進步，利用基因編輯技術敲除了其中4個水稻生殖相關基因，使雜交稻產生了無融合生殖性狀，并產生了與雜交稻一樣的克隆種子；團隊進一步檢測確定，通過克隆種子培育的子代植株與一代雜交稻高度相似。從而有望解決雜交水稻無法留種的問題。
關于轉基因技術導致作物不能留種的說法，戴景瑞院士表示，此說法純屬謠言，轉基因作物對其能否繁殖、留種、發芽不會起到任何影響。